En el gen de la proteïna priònica, o PRNP, hem observat que el particular patró de variació que hem trobat basant-nos en dades de seqüenciació en humans es deu a selecció positiva, i que el mètode utilitzat per detectar selecció és crític. Utilitzant dades basades en SNPs es pot introduir un biaix al aplicar tests de neutralitat basats en diversitat de seqüències, i això pot portar a conclusions errònies. A més, hem vist que els polimorfismes en els codons 129 i 219 presenten gran diferències de freqüència en diferents poblacions humanes i també hem vist que aquestes posicions estan fixades en ximpanzés. La variació trobada en controls ha estat comparada amb el patró de variació existent en pacients per la mateixa regió. La reseqüenciació del gen PRNP en un gran nombre de mostres humanes i de ximpanzés ens ha permès obtenir un gran nombre d´informació d´aquest gen. / In the prion gene or PRNP, we have observed that the particular pattern of variation that we have found in this gene based on sequencing data in humans is due to positive selection, and that the method and the approach used to detect this selection critical. Ascertainment bias can be introduced by using SNP data and applying neutrality tests based on sequence diversity, therefore leading to anomalous conclusions being drawn. Moreover, we have seen that polymorphisms in codon 129 and 219 have big differences in frequency in different human populations and we have also seen that these positions are fixed in chimpanzees. The normal variation that we found in controls have been then compared with patients for the same region. The resequencing of PRNP in a very large sample of humans and chimpanzees has provided a great deal of information on this gene.

The aim of this thesis is the characterization of a protein involved in apoptosis. Our group has identified an early step common to different forms of intrinsic apoptosis stimuli. This step requires de novo synthesis of a novel Cyclin, Cyclin O, that upon apoptosis induction in lymphoid cells forms active complexes, primarily with Cdk2. Cyclin O expression precedes glucocorticoid and gamma radiation-induced apoptosis in vivo in mouse thymus and its overexpression induces apoptosis in cultured cells. Knocking down the endogenous expression of Cyclin O by shRNA leads to the inhibition of glucocorticoid and DNA damage-induced apoptosis while leaving CD95 death receptor mediated apoptosis intact. This data demonstrates that apoptosis induction in lymphoid cells is one of the physiological roles of Cyclin O and it does not act by perturbing a normal cellular process such as the cell cycle. In addition we have identified c-Myb a substrate of Cdk2-Cyclin O complexes and we show that c-Myb is downregulated during apoptosis of lymphoid cells. / L'objectiu d'aquesta tesi és la caracterització d'una proteïna involucrada en l'apoptosi. El nostre grup ha identificat un pas primerenc comú en diversos estímuls apoptòtics de la ruta intrínseca. Aquest pas requereix la síntesi de novo d'una nova Ciclina, Ciclina O, que quan s'indueix apoptosi en cèl·lules limfoides forma complexes actius majoritàriament amb Cdk2. L'expressió de la Ciclina O és prèvia a l'apoptosi induïda per glucocorticoids i radiació gamma i la seva sobreexpressió indueix apoptosi en cultius cel·lulars. La baixada dels nivells d'expressió de la Ciclina O endògena amb shRNA provoca una inhibició de l'apoptosi induïda per glucocorticoids o agents que danyen el DNA, mentre que l'apoptosi mediada pel receptor CD95 es manté intacta. Aquests resultats demostren que la inducció d'apoptosi en cèl·lules limfoides és una de les funcions fisiològiques de la Ciclina O i que no es deu a una pertorbació de processos cel·lulars normals com ara el cicle cel·lular. A més a més, hem identificat c-Myb com a substrat dels complexes Cdk2-Ciclina O i demostrem que els nivells de c-Myb baixen durant l'apoptosis de cèl·lules limfoides.

Substantial research has been carried out on evaluating the physician-patient interaction and on launching policy initiatives to improve patient-centred care. However, the organizational uptake of strategies to improve patient-centredness has received less attention in research and practice. Against this background, this thesis pursues the question whether strategies to improve patient centred care are associated with, and can be facilitated by quality improvement in European hospitals. The findings suggest that strategies to improve patient-centredness and hospital quality improvement systems are to some extent associated; however, hospital's quality improvement systems are not sufficient in ensuring organization-wide implementation of patient-centred care. Gaps between strategic level and ward level implementation and confounding factors suggest that additional factors facilitate or exert pressure on hospitals to adapt a patient-centred approach. Tools addressing selected domains of patient information, education and health promotion can be embedded into existing quality improvement systems in order to facilitate implementation. / Nombrosos estudis han avaluat la interacció metge-pacient en l'atenció sanitària i es van iniciar múltiples accions de la política de salut per millora l'atenció centrada en el pacient. No obstant això, la implantació d'estratègies per millorar l'atenció centrada al pacient a nivell organitzacional va rebre menys atenció en recerca i en la pràctica. En aquest context aquest estudi pretén avaluar si les estratègies per la millora de l'atenció centrada al pacient estan associades i/o facilitades pels sistemes de la millora de la qualitat en hospitals Europeus. Les troballes d'aquest treball suggereixen que les estratègies de l'atenció centrada al pacient i els sistemes de millora de la qualitat estiguin parcialment associades però, els últims no són suficients per garantir la implantació de les estratègies de l'atenció centrada al pacient per tota la organització hospitalària. Diferències entre la implantació al nivell estratègic i al nivell del departament apunten a altres factors facilitadors o factors externs que potencialment influeixen l'adaptació d'un enfocament centrada al pacient. L'ús d'eines pràctiques per a la millora de la informació, educació i promoció de salut del pacient pot completar els sistemes de millora de la qualitat assistencial existents. / Números estudios han evaluado la interacción médico-paciente en la atención sanitaria y se iniciaron múltiples acciones de la política de salud para mejorar la atención centrada al paciente. No obstante, la implantación de estrategias para mejorar la atención centrada al paciente al nivel organizacional recibió menos atención en investigación y la práctica. En este contexto, este estudio pretende evaluar si las estrategias para la mejora de la atención centrada al paciente están asociadas y/o facilitadas por los sistemas de la mejora de la calidad en hospitales Europeos. Los hallazgos del presente trabajo sugieren que las estrategias de la atención centrada al paciente y los sistemas para la mejora de la calidad asistencial están parcialmente asociadas, sin embargo, los últimos no son suficientes para garantizar la implantación de las estrategias de la atención centrada al paciente por toda la organización hospitalaria. Diferencias entre la implantación al nivel estratégica y al nivel del departamento apuntan a otros factores facilitadores o factores externos que potencialmente influyen la adaptación de un enfoque centrada en el paciente. El uso de herramientas prácticas para la mejora de la información, educación y promoción de salud del paciente puede complementar los sistemas de la mejora de la calidad asistencial existentes.

The scope of the present work was to investigate whether the protective role of the traditional Mediterranean diet (TMD), and virgin olive oil (VOO) rich in phenolic compounds (PC), towards cardiovascular disease can be mediated through gene expression changes. Two trials were performed to assess the in vivo nutrigenomic effects of TMD and VOO in healthy volunteers. The results point out: a) significant gene expression changes of those genes related with cardiovascular-risk processes after VOO ingestion; b) a down-regulation in the expression of atherosclerosis-related genes after a 3-month intervention with a TMD; and c) an olive oil PC health-protective nutrigenomic effect within the frame of the TMD. Changes in gene expression were concomitant with decreases in oxidative damage and systemic inflammation markers. Data from our studies provide further evidence to recommend both the TMD and the VOO as a useful tool for the prevention of atherosclerosis. / El objetivo de este estudio es investigar si el papel protector de la dieta Mediterránea tradicional (TMD) y del aceite de oliva virgen (VOO), rico en compuestos fenólicos (PC), puede ser mediado a través de cambios en la expresión génica. Se realizaron dos ensayos clínicos para evaluar los efectos nutrigenómicos de la TMD y del VOO, in vivo, en voluntarios sanos. Los resultados mostraron a) cambios en la expresión génica de genes relacionados con el riesgo cardiovascular tras la ingestión del aceite virgen de oliva, b) una infra-expresión en la expresión de genes relacionados con el proceso aterosclerótico tras una intervención con TMD de 3 meses y c) que los compuestos fenólicos del aceite de oliva ejercen un efecto nutrigenómico protector en el marco de la TMD. Los cambios en la expresión génica fueron coherentes.

The present dissertation aims at analyzing the interplay between initial acoustic biases and language exposure during acquisition of language in the first year of life. This is a critical period in development because it is when phonetic categories are attuned to the native language. This goal is addressed by integrating the results from two developmental studies. The first study explores the presence of asymmetries in vowel perception in infants from 4 to 12 months of age, as a function of the acoustic salience and distributional properties in the test language. The second study investigates the previous contrasting results on vowel perception in 8-month-old infants growing in bilingual environments, and in particular and their relationship with task demands and the properties of the bilingual input. The results emerging from these studies point to two developmental trends. On one hand, asymmetries in vowel perception are modulated by acoustic biases before and during perceptual reorganization, and by distributional cues after perceptual reorganization. On the other hand, discrimination abilities of 8-month-old bilinguals parallel those of monolinguals when tested with an Anticipatory Eye Movement procedure, highlighting the importance of task demands in determining infants' performance. / L'objectiu d'aquesta tesis és analitzar la dinàmica que s'estableix entre els biaixos acústics i l'experiència amb el llenguatge durant el primer any de vida. Aquest és un període decisiu durant el qual les categories fonètiques s'ajusten a les propietats de la llengua materna. Aquest objectiu s'assoleix integrant els resultats de dos estudis. En el primer estudi s'explora la presència d'asimetries en la percepció de les vocals en bebès de 4 a 12 mesos d'edat, en funció de la saliència acústica i les propietats distribucionals de la llengua. El segon estudi investiga els resultats contradictoris obtinguts amb bebès de 8 mesos d'edat bilingües, i la seva relació amb les demandes de la tasca i les propietats de l'input bilingüe. Els resultats d'aquests estudis indiquen dos tendències al desenvolupament. Per una banda, que les asimetries en la percepció de les vocals són modulades per biaixos acústics abans i durant la reorganització perceptiva i per les propietats distribucionals després de la reorganització perceptiva; per l'altra banda, els resultats mostren que les habilitats de discriminació dels bilingües de 8 mesos d'edat són corresponents a les dels monolingües quan es fa servir un procediment d'anticipació de la mirada, posant en rellevància la importància de les demandes de la tasca en determinar el rendiment dels bebès.

En los estudios sobre la percepción de los sonidos del habla es fácil encontrar diversos ejemplos que muestran que algunas características de la señal resultan más notorias que otras. En general estas diferencias no han sido incorporadas en los modelos de reconocimiento de palabras. En este trabajo se muestran evidencias de los sesgos en la percepción de vocales en adultos utilizando la técnica de los potenciales evocados. Independientemente de la lengua materna de los participantes, el fonema /i/ resulta mejor discriminado (i.e. respecto a /e/). Además se estudia el papel que la notoriedad de los estímulos juega en la representación y el acceso léxico. El juicio léxico realizado sobre no-palabras se ve acelerado cuando estas contienen como vocal crítica la /i/ (vs. /e/). / In speech perception literature, it is easy to find examples of some characteristics in the signal hich are more salient than others. However, such differences have generally not been incorporated in word recognition models. In this dissertation, evidence of adult vowel perception biases is shown by means of the event-related potentials (ERP) technique. We show that, regardless of the participants' native language, the /i/ phoneme is recognised more easily (relative to the /e/ phoneme). In addition the role that salience plays in lexica representation and access is studied. We find that lexical judgement in non-words is speeded when these contain /i/ as a critical vowel (vs. /e/).

Despite some great success, many human diseases cannot be effectively treated, prevented or cured, yet. Moreover, prescribed drugs are often not very efficient and cause undesired side effects. Hence, there is a need to investigate the molecular basis of diseases and adverse drug reactions in more detail. For this purpose, relevant biomedical data needs to be gathered, integrated and analysed in a meaningful way. In this regard, we have developed novel integrative analysis approaches based on both perspectives, classical multivariate statistics and systems biology. A novel multilevel statistical method has been developed for exploiting molecular and pharmacological information for a set of drugs in order to investigate undesired side effects. Systems biology approaches have been used to study the genetic basis of human diseases at a global scale. For this purpose, we have developed an integrated gene-disease association database and tools for user-friendly access and analysis. We showed that modularity applies for mendelian, complex and environmental diseases and identified disease-related core biological processes. We have constructed a workflow to investigate adverse drug reactions using our gene-disease association database. A detailed study of currently available pathway data has been performed to evaluate its applicability to build network models. Finally, a strategy to integrate information about sequence variations with biological pathways has been implemented to study the effect of the sequence variations onto biological processes. In summary, the developed methods are of immense practical value for other biomedical researchers and can aid to improve the understanding of the molecular basis of diseases and adverse drug reactions.A pesar de que existen tratamientos eficaces para las enfermedades, no hay todavía una cura o un tratamiento efectivo para muchas de ellas. Asimismo los medicamentos pueden ser ineficaces o causar efectos secundarios indeseables. Por lo tanto, es necesario investigar en profundidad las bases moleculares de las enfermedades y de los efectos secundarios de los medicamentos. Para ello, es necesario identificar y analizar de forma integrada los datos biomédicos relevantes. En este sentido, hemos desarrollado nuevos métodos de análisis e integración de datos biomédicos que van desde el análisis estadístico multivariante a la biología de sistemas. En primer lugar, hemos desarrollado un nuevo método estadístico multinivel para la explotación de la información molecular y farmacológica de un conjunto de drogas a fin de investigar efectos secundarios no deseados. Luego, hemos usado métodos de biología de sistemas para estudiar las bases genéticas de enfermedades humanas a escala global. Para ello, hemos integrado en una base de datos asociaciones entre genes y enfermedades y hemos desarrollado herramientas para el fácil acceso y análisis de los datos. Mostramos que las enfermedades mendelianas, complejas y ambientales presentan modularidad e identificamos los procesos biológicos relacionados con dichas enfermedades. Hemos construido una herramienta para investigar las reacciones adversas a los medicamentos basada en nuestra base de datos de asociaciones entre genes y enfermedades. Realizamos un estudio detallado de los datos disponibles sobre los procesos biológicos para evaluar su aplicabilidad en la construcción de modelos dinámicos. Por último, desarrollamos una estrategia para integrar la información sobre las variaciones de secuencia de genes con los procesos biológicos para estudiar el efecto de dichas variaciones en los procesos biológicos. En resumen, los métodos presentados en esta tesis constituyen una herramienta valiosa para otros investigadores y pueden ayudar a mejorar la comprensión de las bases moleculares de las enfermedades y de las reacciones adversas a los medicamentos.

Germ-line mutations in the breast cancer susceptibility gene BRCA1 strongly increase the risk of developing breast and ovarian cancer in women. Different hypothesis have been proposed to explain this tissue specificity. One of the most argued hypothesis is the one that proposes a link between BRCA1 and ovarian hormones' action. Much data have been published in the last years pointing to an important role of progesterone receptor (PR) in inducing normal mammary development and also breast cancer formation. This study aimed to search for a functional relationship between BRCA1 and PR in breast cancer cells. We have found that BRCA1 inhibits the transcriptional activity of PR. We have investigated in more detail the mechanism of this effect. BRCA1 and PR interact in vivo in a ligand-independent fashion. Most importantly, BRCA1 alters the ligand-independent and dependent degradation of PR protein through its ubiquitination and this might have a direct effect on the level of PR recruitment on regulated promoters. BRCA1 is recruited to the hormone-responsive regions of PR-target genes and affects the presence of histone deacetylase activity and the level of monoubiquitinated histone H2A, linking BRCA1 action with chromatin status. These findings support a connection between BRCA1, the principal tumour suppressor responsible for familial breast cancer, and the progesterone receptor transcriptional activity. This relationship can be hypothesized to be reflected in the BRCA1-related breast tumourigenesis. / Mutaciones germinales en el gen breast cancer susceptibility gene BRCA1 aumentan altamente el riesgo de padecer cáncer de mama y ovario en mujeres. Se han propuesto diferentes hipótesis para explicar esta especificidad de tejido. Una de las hipótesis más argumentadas es la que propone una relación entre BRCA1 y la acción de las hormonas ováricas. En los últimos años se han publicado numerosos datos señalando al papel esencial del receptor de progesterona (PR) en la inducción del desarrollo normal de la mama y en la formación del cáncer de mama. Este estudio pretendía buscar una relación funcional entre BRCA1 y PR en células de cáncer de mama. Hemos demostrado que BRCA1 inhibe la actividad transcripcional de PR. Hemos investigado en más detalle el mecanismo de este efecto. BRCA1 y PR interaccionan in vivo de una manera independiente de ligando. Y lo que es más, BRCA1 altera la degradación independiente y dependiente de ligando de PR a través de su ubiquitinización y esto podría tener un efecto directo en el nivel de reclutamiento de PR en promotores regulados. BRCA1 es reclutado a las regiones de respuesta a hormona de genes diana de PR y afecta la presencia de actividad histona desacetilasa y el nivel de histona H2A monoubiquitinada, estableciendo un enlace entre la acción de BRCA1 y el estado de la cromatina. Estos hallazgos apoyan una conexión entre BRCA1, el principal supresor de tumor responsable del cáncer de mama hereditario, y la actividad transcripcional del receptor de progesterona. Se puede hipotetizar que esta relación se ve reflejada en el proceso de tumorigénesis BRCA1-dependiente.

En aquest treball s'ha dissenyat un mètode ràpid i fiable de tinció amb fluorocroms per a l'anàlisi de la integritat i viabilitat espermàtiques a partir del marcatge de la beina mitocondrial amb MitoTracker®Green FM, de l'acrosoma amb la lectina Trypsin inhibitor from Soybean (SBTI) conjugada amb el fluorocrom Alexa Fluor®488 específic per la proacrosina i del nucli amb els fluorocroms bis-benzimida (específic per a cèl·lules viables) i iodur de propidi (específic per a cèl·lules no viables). També s'ha determinat l'efecte de la filtració de dosis seminals de mascles astentoteratonecrospèrmics en columnes de Sephadex neutre i de dosis de mascles amb baixa qualitat espermàtica per filtració en columnes de Sephadex iònic, llana de vidre i glass beads sobre la qualitat espermàtica dels diferents grups de mascles analitzats. Els resultats obtinguts han mostrat que diversos paràmetres de qualitat espermàtica milloren després de la filtració en les diferents reïnes segons la patologia que presentin. / In this work, a quick and reliable method of staining with fluorochromes was designed for the assessment of the sperm integrity and vitality by marking the mitochondrial sheath with MitoTracker®Green FM, the acrosome with the lectine Trypsin inhibitor from Soybean (SBTI) conjugated with the fluorochrome Alexa Fluor ® 488m, specific for the proacrosine, and the nucleus with the fluorochromes bis-benzimida (specific for viable cells) and propidium iodide (specific for non-viable cells).Moreover, in this work, the effects of filtration of seminal doses from asthenoteratonecrospermic boars through columns of Sephadex neuter and seminal doses from boars with low sperm quality through ionic Sephadex, glass wool and glass beads columns on sperm quality were tested. The results obtained showed that some sperm quality parameters improved after filtration through the different matrixes depending on the pathology that the males presented before filtration.

Glycosphingolipids (GSLs), composed of a polar saccharide head and a lipophilic ceramide tail, are ubiquitous components of the plasma membrane of eukaryotic cells. They serve in many regulatory capacities and have antigenic properties towards natural killer T (NKT) cells of the innate immune system. Critical to the recognition of glycosylceramides by NKT cells are antigen presenting cells (APC), such as dendritic cells, which are responsible for binding, processing, and delivery of ligands to these lymphocytes. This event is mediated by CD1d, a major histocompatibility complex-like protein expressed on the surface of APCs, which binds GSL antigens by the ceramide moiety and presents the polar group to the T cell receptors of CD1d-restricted cells. The subsequent immune response involves NKT cell proliferation and emission of numerous cytokines, such as interferon-gamma (IFN-gamma) and interleukin-4 (IL-4), resulting in the stimulation of the innate and adaptive immune systems through maturation of APCs, activation of T cells, and secretion of antibodies by B cells. To understand the structure-activity relationship between GSLs and NKT cell activity and the requirements for intracellular processing of antigens, analogs of the model compound alphaGalCer (KRN-7000) have been synthesized. These include fluorophore-appended 6”-amino-α-galactosylceramides and N-alkenoyl GSLs, such as PBS-57, a potent alphaGalCer surrogate useful in NKT cell stimulation studies. A nonantigenic beta-C-galactosylceramide has also been prepared as an inhibitor of these innate lymphocytes. To probe the potential for using NKT cells to bias the immune system between the proinflammatory TH1 response or the immunomodulatory TH2 mode, versions of alphaGalCer with shortened ceramides have been created. One of these truncated analogs, PBS-25, has successfully been cocrystallized with CD1d and the binary complex structure solved by X-ray crystallography. Synthetic glycosphingolipids derived from Novosphingobium capsulatum and Sphingomonas paucimobilis have also been made. In assays with classical Valpha14i/Valpha24i NKT cell lines, these Gram-negative bacterial antigens were recognized directly and specifically by host immune systems through CD1d-restriction, unlike GSL-deficient microbes (e.g., Salmonella typhimurium). A search for other GSL-bearing alpha-proteobacteria led to the discovery of another natural glycosphingolipid, an N-alkenoylphytosphingoid-alpha-galactoside, isolated from the outer membrane of Ehrlichia muris.