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Vers l'identification de la voie de réparation des cassures endogènes de la spermatideActeau, Geneviève January 2012 (has links)
Au cours de la spermiogenèse, les spermatides entreprennent une importante étape de remodelage de chromatine au cours de laquelle nous avons précédemment observé chez la souris, la présence de cassures transitoires d’ADN dans toutes les spermatides, un résultat qui fût également observé par notre groupe chez l’humain. De plus, il a été démontré qu’une fraction importante de ces cassures étaient bicaténaires. Compte tenu du caractère haploïde des spermatides, la recombinaison homologue ne peut avoir lieu, ne laissant recours qu’à des mécanismes de jonction d’extrémités connus pour les insertions, les délétions ainsi que les translocations chromosomiques qu’elles occasionnent. Nous avons donc proposé que ces cassures, intrinsèques au processus de maturation de cette cellule, puissent représenter une nouvelle source de variabilité génétique. Certains cas pathologiques dans lesquels la réparation d’ADN se ferait de façon dysfonctionnelle pourraient même mener à l’infertilité ou encore à la perte d’embryon. Étant donné la nouveauté de ces observations, les objectifs principaux furent d’effectuer un premier survol pour l’identification du ou des système(s) de réparation impliqué(s) durant le remodelage de chromatine et de tenter de préciser la voie de signalisation qui en est responsable. D’après la présence des protéines clés des voies de réparation possiblement impliquées dans les spermatides allongeantes murines, le D-NHEJ serait le système de réparation principalement utilisé dans la réparation de ces dernières, des expériences qui ne furent pas aussi concluantes chez l’humain. En parallèle, deux versions de MRE11 recombinantes ont été produites dans le but d’effectuer sous peu des tests fonctionnels de purification de complexes protéiques. La forme endogène de cette protéine est recrutée de façon précoce à tous les sites de cassures bicaténaires d’ADN, en faisant ainsi une excellente candidate pour confirmer les résultats obtenus chez la souris. Des analyses de colocalisation effectuées entre certaines protéines clés et yH2AFX, un marqueur normalement associé aux cassures bicaténaires d’ADN dans les cellules somatiques, n’ont pas été convaincantes. Ce résultat suggère que ce dernier ait une fonction autre dans les spermatides allongeantes. Comme notre groupe a préalablement obtenu des évidences suggérant que la TOPOIip soit à l’origine des cassures dans les spermatides allongeantes, cette hypothèse fut vérifiée en tentant de diminuer leur création en incubant les spermatides en présence de merbarone, un inhibiteur de TOPOII présélectionné in vitro.Encore quelques travaux restent à faire étant donné que l’entrée de la merbarone dans les noyaux des spermatides n’a pas pu être confirmée mais la persistance de yH2AFX dans les spermatides allongeantes malgré l’inhibition des TOPOII tend à soutenir l’hypothèse proposée. Ces travaux constituent les premiers pas vers une meilleure compréhension de l’implication des systèmes de réparation d’ADN ainsi que du variant d'histone H2AFX durant le remodelage de chromatine de la spermiogenèse. Une meilleure caractérisation du système de réparation impliqué permettra de mieux comprendre les conséquences de ce processus endogène sur l’intégrité génétique du gamète mâle et sur sa contribution à l’ajout de polymorphisme dans la population.[ symboles non conformes]
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Évaluation in vitro de la cytogénotoxicité du cadmium (II) dans les lymphocytes humains à des doses équivalentes à celles retrouvées dans l'environnement par la technique de marquage terminal in situ en microscopie électronique (EM-ISEL)Cojocaru, Marilena January 2002 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Digitalt socialt arbete som lösning på digitala problem : En kvalitativ flerfallstudie av stödorganisationers digitala sociala arbete vid barns sexuella utsatthet på internet / Digital social work as a solution to digital problems : A qualitative multi-case study of organizations’ digital social work concerning children's sexual vulnerability onlineSkött, Elin, Wiik, Hilma January 2022 (has links)
Denna kvalitativa flerfallsstudie syftar till att skapa en fördjupad förståelse av digitalt socialt arbete. Vi vill undersöka det digitala kunskapshöjande arbetet och det digitala stödet så som det beskrivs på stödorganisationerna Bris, ECPAT och Storasyster hemsidor, avseende barns sexuella utsatthet på internet. Studiens material analyseras med hjälp av tematisk analys .Resultatet presenteras genom två centrala teman, digital informationsspridning och digitala praktiska åtgärder med tillhörande fem subteman. I diskussionen diskuteras stödorganisationernas digitala arbete utifrån teorin om nätverks- och informationssamhälle. Slutsatsen visar att stödorganisationernas informationsspridning på deras hemsidor görs i nätverkssamhället där individer kopplas samman via nätverk. Storasysters “onlinesyster” och“onlinebror” är mer lik massamhällets uppbyggnad med starkare kontakter, medan ECPATs“ snabbhjälpen” och Bris “brisboten” är mer lik nätverkssamhällets ideal med minimal kontakt. Uppsatsen har skapat en fördjupad förståelse av variationer av digital informationsspridning samt av digitalt stöd. / This qualitative multi-case study aims to create an in-depth understanding of digital socialwork. We want to examinate the digital knowledge-raising work and digital support as described on the support organizations Bris, ECPAT and Storasyster websites, regarding children's sexual vulnerability on the internet. The material of the study consists of supportorganizations’ websites and digitally published texts that are analyzed using thematic analysis. The discussion highlights the support organizations’ digital work with the theory ofnetwork and information society. The conclusion shows that the support organizations’ dissemination of information on their websites is done in the network society where individuals are connected via networks. “Onlinesyster" are more similar to the mass society with stronger contacts, while "snabbhjälpen" and "brisboten" are more similar to the ideal ofthe network society with minimal contact. The thesis has created an in-depth understanding of variations in digital information dissemination as well as digital support.
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Gräsligt enligt vem? : En komparativ och kvalitativ analys av kostymdramat Familjen Bridgerton (2020) / Hideous according to whom? : A comparative and qualitative analysis of the costume drama Bridgerton (2020)Svensson, Emilia January 2024 (has links)
This study focuses on how taste can be perceived visually between two families in the first season of Netflix’s Bridgerton (2020) with a focus on costume, color and taste. Through the use of qualitative, comparative and semiotic methods, taken from a contemporary Western perspective, screenshots from two separate scenes will be analyzed to examine how the families convey a difference in taste and class based on theory by; Beverley Skeggs, Maria Sturken & Lisa Cartwright, Pierre Bourdieu and Gunther Kress & Theo Van Leeuwen. The results convey that taste and class is perceived depending on how the families’ costumes, focusing on color and fabric, work together with each other. One family shows a consistent use of color and fabric that portray a sense of unity, while the other family focuses on displaying individuality and personality traits through their costumes. Additionally, visual parallels are drawn between Bridgerton and the 2015 adaptation of Cinderella, particularly in how the costumes of Cinderella and her stepfamily may subconsciously influence the audience's interpretation of the characters in Bridgerton. This paper includes a design documentation after page 38 with the name “Mångfald i illustrationer” that is a fictional project in the form of an image bank for the organization Bris. The purpose was to create new illustrations for their website under the section "Vanliga ämnen" that were relatable to the target audience; teenagers between the ages of 13-18. The result is twelve illustrations that can be used in various ways in relation to the section "Vanliga ämnen", that feel inviting and contemporary for the target audience.
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Étude de protection conférée par vaccination ADN dans un modèle murin d’hépatite auto-immuneHabel, Catherine 08 1900 (has links)
La vaccination ADN à l’aide de plasmides codant pour des autoantigènes s’est avérée efficace dans la protection contre plusieurs maladies auto-immunes. Le but de ce mémoire était dans un premier temps d’établir si un protocole de vaccination ADN composé de 3 injections de pCMV-CTLA-4-NP et de pVR-IL-12 à deux semaines d’intervalle avait un effet protecteur contre le développement d’une hépatite auto-immune chez la souris TTR-NP, un modèle murin transgénique de la maladie et précédemment développé au laboratoire. Dans un deuxième temps, le but était d’élucider, le cas échéant, les mécanismes sous-tendant la protection conférée par la vaccination ADN. Les hypothèses initiales étaient qu’une protection allait effectivement être conférée par la vaccination ADN et que celle-ci pouvait être attribuable à une déviation de la réponse typiquement Th1 de la maladie vers une réponse Th2, à un épuisement des cellules immunitaires et/ou à l’activation et à l’induction de prolifération de cellules régulatrices. Les résultats montrent que la vaccination ADN induit une protection transitoire contre le développement d’infiltrations lymphocytaires au foie. Cette protection se ferait via un épuisement des cellules CD4+, CD8+ et CD19+ se retrouvant à la rate et exprimant PD 1 dans une plus forte proportion à 3 mois, et ne serait médiée ni par les lymphocytes T régulateurs CD4+CD25+FoxP3+, ni par les cellules CD8+FoxP3+. Une déviation de la réponse Th1 vers une réponse Th2 demeure une explication supplémentaire plausible à la protection conférée mais nécessiterait une caractérisation en situation plus physiologique avant de pouvoir inférer sur son implication réelle. La vaccination ADN n’influe ni sur la présence d’autoanticorps, ni sur les niveaux d’alanine aminotransférase, deux marqueurs de la maladie. / DNA immunizations were proven effective in a range of autoimmune diseases. The first goal of this master’s thesis was thus to evaluate if a protocol of 3 intramuscular plasmidic injections of pCMV-CTLA4-NP and pVR-IL-12, at 2 weeks apart, would protect TTR-NP mice, a transgenic murine model previously developed in the laboratory, against the development of an autoimmune hepatitis. The second goal was, if the protection was indeed conferred by DNA vaccination, to elucidate the mechanisms underlying this effect. The initial hypotheses were that DNA vaccination would indeed elicit a protection against autoimmune hepatitis, and that this could be attributed to a skew from the typical Th1 response to a more tolerogenic Th2 response, to the exhaustion of the immune cells and/or to the activation and the proliferation of regulatory T cells. Results show that DNA vaccination induces a transient protection against lymphocytic infiltrates in the liver. This protection is thought to be caused by the exhaustion of the CD4+, CD8+ and CD19+ cells found in the spleen and expressing PD-1 in greater proportion at 3 months, and not to be mediated by CD4+CD25+FoxP3+ or CD8+FoxP3+ regulatory T cells. An immunomodulation from a Th1 to a Th2 response could still be a plausible explanation by the protection conferred by the DNA vaccination, but additional experimentations in a more physiological setting would be necessary to infer on its real implication. DNA vaccination had no effect on autoantibodies or on alanine aminotransferase levels, which are two biological markers of the disease.
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Étude de protection conférée par vaccination ADN dans un modèle murin d’hépatite auto-immuneHabel, Catherine 08 1900 (has links)
La vaccination ADN à l’aide de plasmides codant pour des autoantigènes s’est avérée efficace dans la protection contre plusieurs maladies auto-immunes. Le but de ce mémoire était dans un premier temps d’établir si un protocole de vaccination ADN composé de 3 injections de pCMV-CTLA-4-NP et de pVR-IL-12 à deux semaines d’intervalle avait un effet protecteur contre le développement d’une hépatite auto-immune chez la souris TTR-NP, un modèle murin transgénique de la maladie et précédemment développé au laboratoire. Dans un deuxième temps, le but était d’élucider, le cas échéant, les mécanismes sous-tendant la protection conférée par la vaccination ADN. Les hypothèses initiales étaient qu’une protection allait effectivement être conférée par la vaccination ADN et que celle-ci pouvait être attribuable à une déviation de la réponse typiquement Th1 de la maladie vers une réponse Th2, à un épuisement des cellules immunitaires et/ou à l’activation et à l’induction de prolifération de cellules régulatrices. Les résultats montrent que la vaccination ADN induit une protection transitoire contre le développement d’infiltrations lymphocytaires au foie. Cette protection se ferait via un épuisement des cellules CD4+, CD8+ et CD19+ se retrouvant à la rate et exprimant PD 1 dans une plus forte proportion à 3 mois, et ne serait médiée ni par les lymphocytes T régulateurs CD4+CD25+FoxP3+, ni par les cellules CD8+FoxP3+. Une déviation de la réponse Th1 vers une réponse Th2 demeure une explication supplémentaire plausible à la protection conférée mais nécessiterait une caractérisation en situation plus physiologique avant de pouvoir inférer sur son implication réelle. La vaccination ADN n’influe ni sur la présence d’autoanticorps, ni sur les niveaux d’alanine aminotransférase, deux marqueurs de la maladie. / DNA immunizations were proven effective in a range of autoimmune diseases. The first goal of this master’s thesis was thus to evaluate if a protocol of 3 intramuscular plasmidic injections of pCMV-CTLA4-NP and pVR-IL-12, at 2 weeks apart, would protect TTR-NP mice, a transgenic murine model previously developed in the laboratory, against the development of an autoimmune hepatitis. The second goal was, if the protection was indeed conferred by DNA vaccination, to elucidate the mechanisms underlying this effect. The initial hypotheses were that DNA vaccination would indeed elicit a protection against autoimmune hepatitis, and that this could be attributed to a skew from the typical Th1 response to a more tolerogenic Th2 response, to the exhaustion of the immune cells and/or to the activation and the proliferation of regulatory T cells. Results show that DNA vaccination induces a transient protection against lymphocytic infiltrates in the liver. This protection is thought to be caused by the exhaustion of the CD4+, CD8+ and CD19+ cells found in the spleen and expressing PD-1 in greater proportion at 3 months, and not to be mediated by CD4+CD25+FoxP3+ or CD8+FoxP3+ regulatory T cells. An immunomodulation from a Th1 to a Th2 response could still be a plausible explanation by the protection conferred by the DNA vaccination, but additional experimentations in a more physiological setting would be necessary to infer on its real implication. DNA vaccination had no effect on autoantibodies or on alanine aminotransferase levels, which are two biological markers of the disease.
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Slöjan i mångfaldens ljus : En diskursanalys av hur svenska företag hanterar jämlikhetskritikGyunda, Amanda January 2023 (has links)
Denna uppsats undersöker hur svenska företag hanterar jämlikhetskritik genom en analys av två parters kritiserade reklamkampanjer där kvinnor i sjal representeras. Jämlikhetens konflikt med kapitalismen är central och i studien behandlas frågor om makt, representation, genus och ras. Företaget Mathem tog efter kritik på sociala medier hösten år 2022 ner en kampanj där en slöjbärande kvinna syntes. Företaget Arla och barnrättsorganisationen Bris försvarade däremot sin gemensamma kampanj som vintern år 2023 kritiserades på liknande grunder. Genom en diskursanalys syftar jag till att undersöka hur slöjan framställs i aktörernas uttalanden, vilken kritik företagen får och hur de hanterar denna varumärkeskris. Studien tar sin teoretiska grund i postkolonial feminism, intersektionalitet och kapitalbegreppen. I analysen undersöks förgivettaganden och subjektspositioner utifrån aktörernas kommunikation och tolkade föreställningar. Studiens material består främst av uttalanden på sociala medier, debattartiklar och pressmeddelanden från de olika parterna. Analysen visar att reklamaktörerna uttalar sig efter kritik och att alla tre betraktar mångfald som positivt för verksamheten. De har dock olika syn på demokrati, frihet och sin sociala ansvarsroll. Företagen förstärker en pågående diskurs där slöjan tolkas som kontroversiell eller anser att den symboliserar mänskliga rättigheter och yttrandefrihet. Kritiken mot kampanjerna menar att sjalen symboliserar sexistiskt förtryck och våld samt positionerar sjalen som icke-västerländsk. Mathem kritiseras framförallt för en okänslig annons i förhållande till iranska kvinnors kamp mot slöjtvång medan Arla och Bris genom sin reklam påstås skrämma upp barnen de verkar för. Utifrån det postkoloniala och intersektionella perspektivet framgår det att kritiken ingår i en västerländsk feministisk diskurs som genom att betrakta kvinnoförtryck som universellt osynliggör de svenska slöjbärande kvinnornas position och förbiser postkoloniala strukturer. En tydlig konflikt framträder mellan reklamaktörernas jämlikhetsprinciper och primära vinstmål. Analysen visar att Arla, Bris och Mathem i sin hantering behöver balansera symboliskt, socialt och ekonomiskt kapital samt att de positionerar sig olika genom sina ageranden. Studien diskuterar dessutom den växelverkande relationen mellan konsument och företag eller organisation. Där konsumenterna ingår i en meningsskapande process och i sin konsumtion och kommunikation med företagen också är med och påverkar varumärkesbilden.
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Caractérisation fonctionnelle du suppresseur de tumeurs BAP1Yu, Helen 01 1900 (has links)
La déubiquitinase BAP1 (« BRCA1-Associated Protein1 ») a initialement été isolée pour sa capacité de promouvoir la fonction suppressive de tumeurs de BRCA1. BAP1 est muté de manière homozygote dans plusieurs cancers (tel que le cancer du rein, de la peau, de l’oeil et du sein) suggérant fortement que cette déubiquitinase est un suppresseur de tumeurs. Effectivement, la surexpression de BAP1 réduit la prolifération cellulaire et la croissance tumorale dans des modèles de xénogreffe de souris. Toutefois, la fonction biologique et le mécanisme d’action de cette déubiquitinase restent encore marginalement connus. Ainsi, les objectifs de cette thèse sont de caractériser la fonction biologique de BAP1 et de révéler les bases moléculaires de sa fonction suppressive de tumeurs.
Pour déterminer la fonction biologique de BAP1, nous avons immuno-purifié et identifié les protéines associées à BAP1, qui s’avèrent être principalement des facteurs et co-facteurs de transcription. Ensuite, nous avons démontré que BAP1 est un régulateur de la transcription. Parallèlement, un autre groupe a montré que BAP1 chez la drosophile, Calypso, régule l’ubiquitination de H2A et la transcription génique. D’autre part, nos résultats d’analyse d’expression génique globale suggèrent que BAP1 jouerait un rôle important dans la réponse aux dommages à l’ADN. Effectivement, des expériences de gain et de perte de fonction (méthode de l’ARNi, modèle de cellules KO en BAP1 et de cellules déficientes en BAP1 re-exprimant BAP1) ont révélé que cette déubiquitinase régule la réponse aux bris double brin d’ADN par la recombinaison homologue.
Nos résultats suggèrent que BAP1 exerce sa fonction suppressive de tumeurs en contrôlant la réparation sans erreur de l’ADN via la recombinaison homologue. En cas d’inactivation de BAP1, les cellules deviendront plus dépendantes du mécanisme de réparation par jonction d'extrémités non-homologues, qui est potentiellement mutagénique causant ainsi l’instabilité génomique. D’autres études seront nécessaires afin de déterminer le rôle exact de BAP1 dans la transcription et de comprendre comment la dérégulation de l’ubiquitination de H2A contribue au développement du cancer. Définir les mécanismes de suppression tumorale est de grand intérêt, non seulement pour comprendre la carcinogénèse mais également pour le développement de nouvelles thérapies contre cette maladie. / The deubiquitinase BAP1 (BRCA1-Associated Protein1) is a nuclear member of the ubiquitin C-terminal hydrolase (UCH) family, previously isolated for promoting the function of the tumor suppressor BRCA1. Importantly, homozygous inactivating mutations of BAP1 have been found in mesothelioma, renal, melanoma and breast cancers strongly suggesting that this deubiquitinase is a tumor suppressor. Indeed BAP1 overexpression reduces cell proliferation and tumor growth in xenograft models. Nonetheless, the biological function and the mechanism of action of this deubiquitinase remain poorly defined. The goals of this thesis are to characterize the biological function of BAP1 and to reveal the molecular basis of its tumor suppressive function.
To provide insights into BAP1 biological function, we conducted a tandem affinity immunopurification of BAP1-associated proteins and found that most interacting partners are transcription factors and cofactors. Next, we demonstrated that BAP1 is indeed a transcription regulator. Concomitantly, another group showed that the drosophila BAP1, Calypso, is a Polycomb Group protein that regulates the ubiquitination levels of H2A and gene expression. Indeed, our global gene expression analysis suggests that BAP1 plays important role in DNA damage response. Consistently, loss- and gain- of function experiments (RNAi approach, DT40 chicken B cells KO model and re-introduction of BAP1 in BAP1 null-cells) revealed that BAP1 promotes homologous recombination-mediated DNA double strand break repair.
Our data suggest that BAP1 exerts its tumor suppressor function by controlling error-free DNA repair by homologous recombination. Thus, in a situation of BAP1 inactivation, cells might become more reliant on non-homologous end joining, an error-prone DNA repair mechanism, which would result in the accumulation of mutations and chromosomal aberrations, causing genomic instability. Further studies are required to delineate the exact role of BAP1 in transcription and to define how deregulation of H2A ubiquitination pathway contributes to cancer. Defining the mechanisms of tumor suppression is of great interest, not only for understanding cancer development, but also for designing rational cancer therapies.
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Caractérisation biochimique du complexe Smc5-6Roy, Marc-André 11 1900 (has links)
Les membres de la famille SMC (Structural Maintenance of Chromosomes), présents dans tous les domaines de la vie, sont impliqués dans des processus allant de la cohésion des chromatides-sœurs jusqu’à la réparation de l’ADN. Chacun des membres de cette famille, composée de 6 membres (Smc1 à Smc6), s’associe avec un autre membre ainsi qu’à des sous-unités non-SMC pour former 3 complexes : cohésine, condensine et Smc5-6. L’implication du complexe Smc5-6 dans plusieurs aspects du maintien de l’intégrité génomique est bien démontrée. Néanmoins, une question fondamentale concernant ce complexe demeure encore sans réponse: comment peut-il être impliqué dans autant d’aspects de la vie d’une cellule? Encore à ce jour, il est difficile de répondre à cette question en raison du manque d’information disponible au sujet des activités biochimiques de ce complexe. C’est pourquoi l’objectif de ce travail consiste en la caractérisation biochimique du complexe Smc5-6.
La biochimie de cohésine et condensine suggère diverses possibilités en ce qui a trait aux activités biochimiques du complexe Smc5-6. La première étape de mon projet fut donc d’élaborer une procédure pour la purification de Smc5 et Smc6 après surexpression en levure. Après plusieurs expériences, il apparut clair que les deux protéines possèdent une activité de liaison à l’ADN simple brin (ADNsb) ainsi qu’à l’ADN double brins (ADNdb) et que, même si les protéines peuvent se lier aux deux types d’ADN, elles possèdent une plus grande affinité pour l’ADNsb. De plus, ces expériences permirent de démontrer que l’interaction entre Smc5 ou Smc6 et l’ADNsb est très stable, alors que l’interaction avec l’ADNdb ne l’est pas. Suite à l’obtention de ces résultats, la seconde étape fut la détermination de la ou des partie(s) de Smc5 et Smc6 permettant la liaison à l’ADN. Pour répondre à cette question, une dissection moléculaire fut réalisée, suivi d’une caractérisation des différents domaines constituants Smc5 et Smc6. De cette façon, il fut possible de démontrer qu’il existe deux sites de liaison à l’ADN sur Smc5 et Smc6 ; le premier site se trouvant dans le domaine «hinge» ainsi que dans la région adjacente du domaine «coiled-coil» et le second au niveau de la tête ATPase des deux protéines. Bien que les deux domaines puissent lier l’ADNsb, il fut démontré qu’une différence majeure existe au niveau de leur affinité pour ce type d’ADN. En effet, le domaine «hinge» possède une affinité plus forte pour l’ADNsb que la tête ATPase. De plus, cette dernière est incapable de lier l’ADNdb alors que le domaine «hinge» le peut. L’identification des sites de liaison à l’ADN sur Smc5 et Smc6 permettra de créer de nouveaux mutants possédant un défaut dans la liaison à l’ADN. Ainsi, l’étude du complexe Smc5-6 durant la réparation de l’ADN in vivo sera facilité. / The Smc5-6 complex is part of the SMC (Structural Maintenance of Chromosomes) family and is involved in the maintenance of genome integrity. This complex is required for the replication and repair of DNA. Unfortunately, the DNA substrates recognized by the Smc5-6 complex are still unknown. To address this gap, I used a biochemical approach to purify and functionally characterize the core of the Smc5-6 complex represented by the two SMC proteins. Subsequently, I wanted to understand which part(s) of Smc5 or Smc6 mediate their binding to DNA.
I show here that Smc5 and Smc6 bind to all types of DNA tested. Despite this ability to associate with several types of nucleic acids, they have a clear preference for single-stranded DNA (ssDNA). The ability of Smc5 and Smc6 to link DNA independently of each other suggests that both SMC proteins have the potential to target the Smc5-6 complex to its DNA substrates in vivo. Furthermore, the minimal length of ssDNA required for the binding of Smc5 or Smc6 is between 45 to 75 nucleotides. This length of ssDNA is shorter than the size of ssDNA intermediates created during DNA repair or replication reactions. In addition to having a preference for ssDNA, the binding of both SMC proteins to this type of DNA is stronger than their binding to double-stranded DNA (dsDNA). Finally, the molecular dissection of SMC proteins into functional domains revealed that there are two independent DNA-binding sites on each molecule of Smc5 or Smc6. The first region is located in the hinge domain, while the second region is located in the ATPase head of the protein. The affinity and selectivity of independent domains towards DNA substrates suggest a functional differentiation between the two DNA-binding sites of SMC molecules. Indeed, the hinge domain has a greater affinity for ssDNA than the ATPase head. In terms of selectivity, the hinge domain is capable of binding to dsDNA whereas the ATPase head cannot.
Taken together, our identification of the DNA-binding domains on Smc5 and Smc6 will enable the creation of new mutants with a defect in their DNA-binding activity. Thus, the study of the Smc5-6 complex during DNA repair, in vivo, will be facilitated.
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Le maintien de la stabilité génomique du plastide : un petit génome d’une grande importanceLepage, Étienne 04 1900 (has links)
Chez les plantes, le génome plastidique est continuellement exposé à divers stress mutagènes,
tels l’oxydation des bases et le blocage des fourches de réplication. Étonnamment, malgré ces
menaces, le génome du plastide est reconnu pour être très stable, sa stabilité dépassant même celle
du génome nucléaire. Néanmoins, les mécanismes de réparation de l’ADN et du maintien de la
stabilité du génome plastidique sont encore peu connus.
Afin de mieux comprendre ces processus, nous avons développé une approche, basée sur
l’emploi de la ciprofloxacine, qui nous permet d’induire des bris d’ADN double-brins (DSBs)
spécifiquement dans le génome des organelles. En criblant, à l’aide de ce composé, une collection de
mutants d’Arabidopsis thaliana déficients pour des protéines du nucléoïde du plastide, nous avons
identifié 16 gènes vraisemblablement impliqués dans le maintien de la stabilité génomique de cette
organelle. Parmi ces gènes, ceux de la famille Whirly jouent un rôle primordial dans la protection du
génome plastidique face aux réarrangements dépendants de séquences de microhomologie. Deux
autres familles de gènes codant pour des protéines plastidiques, soit celle des polymérases de types-I
et celle des recombinases, semblent davantage impliquées dans les mécanismes conservateurs de
réparation des DSBs. Les relations épistatiques entre ces gènes et ceux des Whirly ont permis de
définir les bases moléculaires des mécanismes de la réparation dépendante de microhomologies
(MHMR) dans le plastide. Nous proposons également que ce type de mécanismes servirait en quelque
sorte de roue de secours pour les mécanismes conservateurs de réparation.
Finalement, un criblage non-biaisé, utilisant une collection de plus de 50,000 lignées mutantes
d’Arabidopsis, a été réalisé. Ce criblage a permis d’établir un lien entre la stabilité génomique et le
métabolisme des espèces réactives oxygénées (ROS). En effet, la plupart des gènes identifiés lors de ce
criblage sont impliqués dans la photosynthèse et la détoxification des ROS. Globalement, notre étude
a permis d’élargir notre compréhension des mécanismes du maintien de la stabilité génomique dans
le plastide et de mieux comprendre l’importance de ces processus. / The plant plastidial genome is constantly threatened by many mutagenic stresses, such as
base oxidation and replication fork stalling. Despite these threats, the plastid genome has long been
known to be more stable than the nuclear genome, suggesting that alterations of its structure would
have dramatic consequences on plant fitness. At the moment, little is known about the genes and the
pathways allowing such conservation of the organelle genome sequences.
To gain insight into these mechanisms, we developed an assay which uses ciprofloxacin, a
gyrase inhibitor, to generate DNA double-strand breaks (DSBs) exclusively in plant organelles. By
screening mutants deficient for proteins composing the plastid nucleoid on ciprofloxacin, we were
able to identify 16 candidate genes, most likely involved in the repair of DSBs in plastid. Among these
genes, those of the Whirly family of single-stranded DNA binding proteins are shown to be key factors
in protecting the genome from error-prone microhomology mediated repair (MHMR). Two other
family of proteins, the plastid type-I polymerases and the plastid recombinases, seem to be involved in
the conservative repair pathways. The evaluation of the epistatic relationship between those two
genes and the Whirly genes led us to define the molecular basis of MHMR and to propose that they
might act as a backup system for conservative repair pathways.
Finally, a non-biased screen, using 50,000 different insertion lines, allowed the identification
of numerous genes that were already associated with ROS homeostasis, suggesting a link between
DNA repair and ROS imbalance. Globally, our study shed light on the mechanisms that allow the
maintenance of plastid genome, while explaining the importance of such conservation of the plastid
genome.
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