Le marquage protéique par fluorescence est une méthode de choix permettant d’étudier l’évolution des protéines depuis leur synthèse cellulaire jusqu’à leur dégradation, en plus de rendre possible leur localisation ainsi que la visualisation des interactions entre protéines. De cet intérêt certain ont découlé différentes techniques de marquage, dont celle présentement développée dans le groupe Keillor. Le principe de celle-ci repose sur la réaction entre deux maléimides portés par un fluorogène et une séquence peptidique cible, laquelle contient deux résidus cystéines séparés par une distance appropriée. Suite à cette double addition de thiols du peptide sur les maléimides du fluorogène, la fluorescence latente de ce dernier est régénérée, menant au marquage covalent de la protéine d’intérêt. Afin d’optimiser la spécificité et la sensibilité de cette méthode de marquage, la synthèse de nouveaux fluorogènes et l’étude de l’efficacité de quench de la fluorescence par les maléimides est présentement en cours dans les laboratoires du groupe Keillor. / The fluorescent labelling of proteins is a powerful approach for following the dynamic process of their cellular synthesis and degradation, in addition to determining their localization and protein-protein interactions. We have developed a ‘small molecule’-based labelling technique that is complementary to existing methods. Our fluorogenic approach relies on the use of dimaleimide fluorogens that react with a target peptide sequence that presents appropriately spaced, solvent-exposed Cys residues. The thiol addition reaction between target sequence and dimaleimide fluorogen restores the latent fluorescence of the latter and results in the covalent fluorescent labelling of the protein of interest. Synthesis of new fluorogens and quench efficiency studies are presently taking place in the Keillor group laboratory in order to optimize the specificity and sensitivity of the labelling method.

La cellule eucaryote compartimentalise ses tâches au sein d’organelles communiquant les unes avec les autres au moyen de vésicules de transport. Le trafic vésiculaire est contrôlé par des petites protéines G de la superfamille Ras, activées par un changement de nucléotide guanidique catalysé par un facteur d’échange (GEF). En particulier, au niveau du cis-Golgi la petite protéine G Arf1 est activée par GBF1, permettant le transport rétrograde des vésicules COPI vers le réticulum endoplasmique. Récemment, GBF1 a été impliqué dans d’autres fonctions, notamment dans le cycle réplicatif de certains virus ou dans le métabolisme des gouttelettes lipidiques.Les gouttelettes lipidiques sont les organelles ubiquitaires du stockage des lipides et ont un rôle majeur dans l’homéostasie des lipides à l’échelle de la cellule. Le trafic intracellulaire des ces organelles dynamiques serait contrôlé par des petites protéines G. Notre équipe à montré dans une précédente étude que GBF1 est localisé sur les gouttelettes lipidiques et est impliqué dans le recrutement de PLIN2 et de la lipase ATGL sur les gouttelettes lipidiques. Cette thèse montre, par des études de biologie cellulaire et de microscopie, que GBF1 possède un domaine de fixation aux phospholipides via une hélice amphipatique. Cette hélice est nécessaire et suffisante pour l’association aux gouttelettes lipidiques in cellulo. La régulation de la localisation de GBF1 repose sur l’interaction avec Rab1B (cascade entre Rab1 et Arf1 dans la voie sécrétoire précoce) ainsi que sur les interactions intramoléculaires entre les différents domaines de GBF1. / The eukaryotic cell physically separates its functions within several membrane-bound organelles, which communicate using vesicles. Vesicular trafficking is under the control of small GTPases that exist as an inactive GDP-bound form and an active GTP-bound form. The switch between GDP and GTP is catalyzed by a guanine nucleotide exchange factor (GEF). On cis-Golgi membranes, Arf1, activated by the large GEF GBF1, recruits the COPI coat. COPI coated vesicles ensure the retrograde transport from the Golgi to the ER. Recently, GBF1 has been implicated in other pathways, such as the life cycle of various viruses and lipid droplet metabolism.Lipid droplets (LD), the major lipid storage organelle, play a major role in lipid homeostasis within the cell. LDs are connected to membrane trafficking and are therefore under the control of GTPases. In previous studies, our team showed that GBF1 localizes around LDs and that it is required for protein loading onto the LD surface. Here, data support the idea that GBF1 localizes to the LD surface. Using cell biology tools and microscopy, we identified, within GBF1, a lipid binding domain. In this domain, a single amphipathic helix is necessary and sufficient for LD targeting in cells. The regulation of GBF1 localization relies on interaction with Rab1 (data support a Rab1-Arf1 cascade between the ER and the Golgi) and on intramolecular interactions between GBF1 domains.

Submitted by Maicon Juliano Schmidt (maicons) on 2015-04-24T17:16:42Z No. of bitstreams: 1 Daniel Pedro Puffal.pdf: 1357318 bytes, checksum: e4666cd76289f185cb65c0d7c416ddc3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-24T17:16:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Daniel Pedro Puffal.pdf: 1357318 bytes, checksum: e4666cd76289f185cb65c0d7c416ddc3 (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A interação entre a academia e a indústria tem sido apresentada como um importante mecanismo para o desenvolvimento tecnológico das empresas, regiões e países. Com objetivo de contribuir para a compreensão e o esclarecimento das características da interação universidade-empresa e a relação com o desempenho tecnológico das empresas brasileiras, este trabalho busca identificar se os determinantes da interação universidade-empresa e os tipos de interação influenciam no desempenho relativo à inovação tecnológica em produtos e processos das empresas, além de verificar se estas características são distintas para as empresas instaladas no estado do Rio Grande do Sul. A partir da apresentação dos conceitos centrais ao estudo, da descrição do sistema de inovação brasileiro e da estrutura do sistema de inovação do estado do Rio Grande do Sul, utilizando-se uma base de dados constituída exclusivamente por empresas que desenvolveram interação com universidades ou institutos de pesquisa, as análises foram realizadas com a utilização de estatística descritiva, regressão logística e teste de médias e variâncias. Confirmou-se a hipótese de que o tipo de interação universidade-empresa apresenta relação com o desempenho tecnológico relativo à inovação em produtos e processos das empresas brasileiras. As evidências apontam que, empresas que atribuem maior importância às interações que utilizam informações técnicas como fontes de informação têm menores chances de introduzir produtos novos para o mercado nacional. Por sua vez, aquelas que atribuem maior importância para interações com informações sobre patentes apresentam maiores possibilidades de introduzirem produtos e processos novos para mercado mundial. Por outro lado, as evidências também indicam que interações com objetivo de acessar recursos da universidade ou instituto de pesquisa não aumentam a probabilidade de inovação em produtos e processos. Os resultados também indicam que as razões das empresas para estabelecer uma interação com universidades ou institutos de pesquisa, não apresentam relação significativa com os resultados das empresas em relação à introdução de inovação em produtos ou processos. O estudo ainda indicou que os determinantes da interação: tamanho da empresa, a intensidade de P&D, e o setor industrial guardam alguma relação com seu desempenho tecnológico, enquanto que o financiamento público não apresentou uma relação significativa. Já para as empresas localizadas no estado do Rio Grande do Sul o estudo indica que essas têm comportamento semelhante as do restante do país, pois não foram encontradas diferenças significativas nas médias e variâncias, apenas foi constatado que no RS as empresas têm significativamente maior média de introdução de inovações em processos para o mercado nacional, contudo não apresenta ligação direta com a interação universidade-empresa. O trabalho apresenta, como contribuição para o tema estudado, uma forma alternativa à utilização da informação relativa a gastos com P&D como proxy para intensidade de P&D, propondo uma nova composta pelo número de empregados em P&D, definição de atividade contínua ou não e existência de setor de P&D na empresa. Outra contribuição é a proposição de uma taxonomia para análise dos tipos de interação universidade-empresa, composta por três tipos: interações com uso de informação técnica, interação com uso de recursos da universidade ou instituto de pesquisa, e interação com uso de informações sobre patentes. / The academy-industry interaction has been presented as an important mechanism for firms, regions and countries technological development. Aiming to contribute to the understanding and clarification of the academy-industry interaction characteristics and its relation with the technological performance of Brazilian firms, this study attempts to identify whether the determinants of academy-industry interaction and the types of interactions influence on the relative performance to the technological innovation in products and processes of firms, besides verifying whether these features are distinct for the firms located in the state of Rio Grande do Sul. From the presentation of the central concepts or the study, the description of the Brazilian innovation system and the structure of the innovation system of the state of Rio Grande do Sul, using a database consisting exclusively of firms that have developed interaction with universities or research institutes, the analysis were done using descriptive statistics, logistic regression and means and variances tests. It was confirmed the hypothesis that the type of academy-industry interaction is correlated with the technological performance related to the innovation in products and processes of Brazilian firms. The evidences indicate that firms that assign more importance to the interaction techniques that use technical information as information sources are less likely to introduce new products to the local market. In turn, those who assign greater importance to interactions with information about patents present higher probabilities of introducing new products and processes for the world market. On the other hand, the evidences also indicate that interactions aiming to access physical resources of the university or research institute do not increase the likelihood probability of innovation in products and processes. The results also indicate that the reasons for the firms to establish an interaction with universities or research institutes have no significant relation with the firms results in relation to the introduction of innovative products or processes. The study also indicated that the interaction determinants: firm size, the R&D intensity, and the industry have some association with their technological performance, whereas public funding did not show a significant relationship. As for firms located in the state of Rio Grande do Sul, the study indicates that these behave like the rest of the country, since there were no significant differences in mean and variance, it was only found that in the RS the firms have significantly higher mean of introduction of processes innovations to the local market, however it has no direct connection with the academy-industry interactions. The paper presents as a contribution to the topic understudy, an alternative to the use of the information relating to R&D expenditure as a proxy for the R&D intensity, proposing a new one consisted by the number of R&D employees, existence of continuous R&D activity or not and existence of R&D department in the firm. Another contribution is the propose of a taxonomy for the analysis of the academy-industry interactions types, consisting of three types: interactions with the use of technical information, interaction with the use of physical resources of the university or research institute, and interaction with the use of information about patents.

Ce travail de thèse est une étude théorique des propriétés thermodynamiques de polypeptides en phase gazeuse avec comme objectif une meilleure compréhension des mécanismes fondamentaux impliqués dans le repliement des protéines. Une approche statistique basée sur des algorithmes Monte Carlo dans les ensembles généralisés, comme le Monte Carlo d'échange ou la méthode Wang-Landau, a été utilisée pour échantillonner le paysage énergétique complexe de ces systèmes. Les peptides étudiés comprenant de 2 à 20 acides aminés ont été modélisés par le champ de force AMBER 96. Les simulations ont été réalisées en étroite interaction avec les avancées expérimentales du groupe. Nous avons ainsi tenté de comprendre l'influence de la structure secondaire sur les mécanismes de photofragmentation, le rôle de l'entropie dans la stabilisation des feuillets beta à température ambiante et l'effet d'un champ électrique intense sur la conformation de peptides.

Il existe, aujourd'hui, de nombreuses et efficaces méthodes de caractérisation structurale tridimensionnelle de composés biologiques en phase condensée (RMN, diffraction des rayons X ou dichroïsme circulaire). Depuis une dizaine d'années, ce champ d'études s'est étendu à la phase gazeuse. Ce travail s'inscrit dans ce contexte et concerne le rôle structurant de Na+ sur les acides aminés Gly et Pro et sur des oligo-peptides de Gly et Ala, en combinant approches théoriques et expérimentales de spectroscopie infrarouge d'ions gazeux par dissociation multiphotonique (IRMPD) couplée à la spectrométrie de masse. Les spectres IRMPD expérimentaux des complexes sodiés d'acide aminé, nous ont permis d'identifier la présence exclusive de la forme zwitterionique dans le cas de Pro-Na+ et la présence de la forme non-zwitterionique dans le cas de Gly-Na+, conformément aux résultats de chimie quantique. Ainsi nous avons fourni la première démonstration directe de la présence d'un zwitterion d'acide aminé en phase gazeuse. Il s'agissait des premiers spectres infrarouge d'ions biologiques en phase gazeuse. L'étude théorique des complexes Glyn-Na+ et Alan-Na+ a montré que, pour n<=5, les conformères de plus basse énergie maximisent l'interaction électrostatique du métal avec les n groupements carbonyles, avec ou sans l'amine terminale. Ce comportement a été confirmé d'une part, par des expériences de spectroscopie IRMPD pour n=2,3 et d'autre part, par la détermination des énergies de liaison de ces complexes par la méthode cinétique de Cooks (n=2-4). Pour l'étude théorique de Glyn-Na+, 5<=n<=10, nous avons couplé des recherches conformationnelles Monte-Carlo basées sur des calculs de champ de forces AMBER, à des optimisations par calculs de type ri-BLYP utilisant l'approximation "résolution de l'identité". Cette approche a permis d'explorer en détail des sur! faces de potentiel très complexes. On peut distinguer deux classes limites de conformères, celle où le peptide est globulaire et celle où il adopte une conformation en hélice alpha ou 310. Nous avons montré que les structures les plus basses en énergie présentent le plus souvent une complexation tétradentate avec une forte auto-solvatation. Ces structures sont toutes globulaires pour n<10. Dans le cas de Gly10-Na+, le conformère le plus bas en énergie a une structure globulaire autour du sodium et un domaine de cinq résidus en hélice 310.

Le marquage protéique par fluorescence est une méthode de choix permettant d’étudier l’évolution des protéines depuis leur synthèse cellulaire jusqu’à leur dégradation, en plus de rendre possible leur localisation ainsi que la visualisation des interactions entre protéines. De cet intérêt certain ont découlé différentes techniques de marquage, dont celle présentement développée dans le groupe Keillor. Le principe de celle-ci repose sur la réaction entre deux maléimides portés par un fluorogène et une séquence peptidique cible, laquelle contient deux résidus cystéines séparés par une distance appropriée. Suite à cette double addition de thiols du peptide sur les maléimides du fluorogène, la fluorescence latente de ce dernier est régénérée, menant au marquage covalent de la protéine d’intérêt. Afin d’optimiser la spécificité et la sensibilité de cette méthode de marquage, la synthèse de nouveaux fluorogènes et l’étude de l’efficacité de quench de la fluorescence par les maléimides est présentement en cours dans les laboratoires du groupe Keillor. / The fluorescent labelling of proteins is a powerful approach for following the dynamic process of their cellular synthesis and degradation, in addition to determining their localization and protein-protein interactions. We have developed a ‘small molecule’-based labelling technique that is complementary to existing methods. Our fluorogenic approach relies on the use of dimaleimide fluorogens that react with a target peptide sequence that presents appropriately spaced, solvent-exposed Cys residues. The thiol addition reaction between target sequence and dimaleimide fluorogen restores the latent fluorescence of the latter and results in the covalent fluorescent labelling of the protein of interest. Synthesis of new fluorogens and quench efficiency studies are presently taking place in the Keillor group laboratory in order to optimize the specificity and sensitivity of the labelling method.

La reconnaissance moléculaire constitue l'une des questions fondamentales les plus discutées dans le domaine de la chimie supramoléculaire. Cette thèse présente la conception, la synthèse et l'étude des propriétés de capsules hélicoïdales auto-organisées par repliement d'oligoamides aromatiques. Ces récepteurs sont constitués d'une chaîne oligomérique se repliant en hélice et comprenant une séquence d'unités codant pour des diamètres différents. Le repliement de l'oligomère donne naissance à une cavité pouvant accueillir des molécules invitées. La grande modularité des séquences, permettant une évolution contrôlée des structures des foldamères, donne lieu à la reconnaissance sélective et anticipée de substrats d'intérêts biologiques. Le phénomène d'encapsulation a été mis en évidence en solution par spectroscopie RMN et CD, et dans le solide par diffraction des rayons X.

Cette thèse cherche à connaître le bonheur tel que Bobin conçoit et projette dans son œuvre. Pour ce but, l’approche bachelardienne nous a servi à définir dans l’œuvre de Bobin un élément symbolique pour le bonheur : la flamme. Pour traiter la question du temps et sa complexité, très liée à notre question principale, les réflexions de Bachelard, de Bergson et de la physique moderne sur le temps sont prises en référence ainsi que la « logique du contradictoire » (de Lupasco). Les images plus attachées à l’intellect sont analysées suivant les travaux d’Henry Corbin et définies comme « images-corps-réalités ». Elles témoignent d’un regard mystique chez Bobin. Une tendance vers la géopoétique pour acquérir l’Unité du monde s’ajoute aussi à ce regard. Et une langue d’« anima/animus » et un processus de la production du sens, « hélice du sens », interviennent pour traduire l’intransmissible en fragments. Cela rend l’écriture de Bobin « fragmentaire », ce que nous avons désigné comme un nouveau genre : « poésie-prose » mystique. / This thesis looks at happiness as perceived and shown in Christian Bobin's works. For this purpose, we used the approach of Bachelard to define Bobin’s symbolic element of happiness: the flame. To deal with the problem of time and its complexity, involved in our main problem, we applied theories of Bachelard, Bergson and those of modern physics, as well as the “logic of the contradictory” (of Lupasco). The images associated with intellect are analyzed based on Henry Corbin's works and are defined as “image- body-reality”. They testify of a mysticism which tends to “geopoetic” and the Unity of the universe. A language of “anima / animus” and a process of production of meaning, “the helix of sense” intervene to translate the Intransmissible in fragments. It makes the writing of Bobin fragmentary which we underlined as a new genre: mystic “poetry-prose”.

The economic growth of a region is related to the stock of attributes and local capacity to innovate, as result of interaction of different actors - companies, universities, government, financial institutions, among others - that have formal and non-formal relationships, shaping networks. In this context this paper performs the mapping about the development and technological capacity situational subject to contribution, legal framework to encourage innovation, considering institutional relationships and their performance, based on the model built by Etzkowitz - Triple Helix, as a way to analyze the regional development from the perspective of the Regional Innovation System. The intent to evaluate the current scenario and the possibilities of strengthening the Innovative and Productive System of the State of Alagoas, in order to provide elements for discussion of development and innovative policy in the state. For this purpose, we used the Delphi methodology, in which local experts are consulted in the matter under discussion, trying to get a consensus on the answers as a way to build a scenario or projection, especially in the absence of historical data. We consulted forty experts in different areas of knowledge and geographical reality of the state of Alagoas, in two rounds of questionnaires and interviews. How relevant results points to: a) the local productive sectors not follow the strategic guidelines of national policy, b) the state´s production, mostly, is intended for local demand, without the capacity to compete in other markets, reflecting of low maturity displayed; c) state of art of science development in the state, with low index of application in productive sectors, with few exceptions, d) state policies have been characterized as the most appropriate than federal policies; e) there is an imbalance in the current scenario of the Innovation System of Alagoas as their systemic relationships, which are often ad hoc and uncoordinated. The obtained results can be useful to mobilize all the forces of the state, establishing common goals, able to leverage local development. / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O crescimento econômico de uma região está relacionado ao estoque de atributos e à capacidade local de gerar inovações, como resultado da interação de diferentes agentes empresas, universidades, órgãos públicos, instituições financeiras, dentre outro que se relacionam tanto formal quanto informalmente, moldando redes de interações. Nesse contexto é que esta dissertação realiza o mapeamento situacional quanto ao desenvolvimento e capacidade tecnológica passível de aporte, marco legal de incentivo à inovação, quanto às relações institucionais e seu desempenho, tomando por base o modelo construído por Etzkowitz - Triple Helix (hélice tripla), como forma de analisar o desenvolvimento regional sob a óptica do Sistema Regional de Inovação. O intento é apresentar o atual cenário e as possibilidades de fortalecimento do Sistema Produtivo e Inovativo do Estado de Alagoas, de forma a prover elementos de discussão da política de desenvolvimento tecnológico e inovativo no estado. Para tanto, utilizou-se a metodologia de pesquisa Delphi, em que são consultados especialistas no assunto em discussão, tentando obter um consenso nas respostas, como forma de construir um cenário ou projeção, especialmente na falta de dados históricos. Foram consultados quarenta profissionais, com experiência em distintas áreas de conhecimento e realidade geográfica do estado de Alagoas, em duas rodadas de aplicação de questionários e entrevistas. Como resultados relevantes apontam-se: a) os setores produtivos alagoanos não acompanham as diretrizes estratégicas da política nacional; b) a produção do estado, em sua maioria, é destinada à demanda local, sem capacidade de competir em outros mercados; reflexo da baixa maturidade produtiva apresentada; c) a pesquisa científica desenvolvida no estado, não chega a ser aplicada nos setores produtivos, salvas raras exceções; d) as políticas estaduais foram caracterizadas como mais adequadas que as políticas federais; e) há um desequilíbrio no atual cenário do Sistema Alagoano de Inovação quanto a suas relações sistêmicas, que muitas vezes são pontuais e descoordenadas. Os dados obtidos podem ajudar na mobilização de forças do estado, estabelecendo objetivos comuns, capazes de alavancar o desenvolvimento local.

Submitted by Morgana Andrade (morgana.andrade@ufes.br) on 2016-10-03T19:08:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_Tatiana.pdf: 3167847 bytes, checksum: 39b8b6462347fef6134d38b462a84531 (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barros (patricia.barros@ufes.br) on 2016-10-04T16:22:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_Tatiana.pdf: 3167847 bytes, checksum: 39b8b6462347fef6134d38b462a84531 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T16:22:09Z (GMT). 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A metodologia adotada foi o estudo de caso, tendo como unidade de análise a experiência da parceria para a concepção e execução do Programa de Cooperação Educacional, para a transferência de conhecimento em tecnologia naval, que envolveu o governo do Estado do Espírito Santo, uma subsidiária de Estaleiro, um Instituto Federal de Ensino e um Instituto Politécnico Internacional. Os dados relativos ao caso foram obtidos pela pesquisa documental e entrevistas. Uma vez coletados, os dados foram organizados e examinados pela técnica de análise de conteúdo, cuja categorização dos dados se deu a priori e a posteriori. Como resultado das análises realizadas foi possível atestar que a governança colaborativa ocorre de maneira satisfatória, mas fragmentada por estar concentrada na alta gestão. Isso ocorreu em função do baixo reconhecimento da interdependência e do grau de confiança oscilar devido às falhas de comunicação apontadas e da não inclusão participativa dos professores acarretarem, de certa forma, o distanciamento do compromisso com o processo. Por outro lado, percebeu-se que os resultados intermediários alcançados ao longo da parceria conferiram uma maior aproximação entre os gestores do Instituto Federal de Ensino e da Subsidiária do Estaleiro, dessa forma os laços estabelecidos fortaleceram a relação de confiança e o entendimento de que os problemas identificados nesse programa estão servindo de lições para outras colaborações. / With the purpose of expanding the horizon analysis of the university-industry-government relationship on top of the theoretical assumptions of the Triple Helix, this study aimed at analyzing how collaborative governance occurs within such relationship. So as to support the different analysis focuses, its theoretical background consisted of the New Public Management (NPM) approaches, the Entrepreneurial University and the Triple Helix in its macro sociological scope. The public and collaborative governance approaches have also been explored, with an emphasis on Ansell and Gash’s model (2008), in order to subsidize the analysis in the micro sociological level of that relationship. The adopted methodology has been the case study, having as its analysis unit the experience of partnership to the conception and execution of the Educational Cooperation Program, towards the transfer of knowledge in marine technology, which involved the state government of Espírito Santo, a shipyard subsidiary, a Federal Institute of Education and an International Polytechnic Institute. The data related to this case were obtained through desk research and interviews. Once these data were collected, they were then organized and examined under the content analysis technique, whose data categorization was given a priori and a posteriori. As a result of the carried out analyses it has been possible to certify that collaborative governance occurs in a satisfactory way, however fragmented since it focused in the upper management. That occurred due to low recognition of its interdependence and to an oscillation on its confidence degree due to communication breakdowns that were pointed out and to the non-inclusion of teachers’ participation, thus causing their distancing from commitment to the process in a certain way. On the other hand, one has realized that the intermediate results reached throughout this partnership have conceded a greater approach between managers of the Federal Institute of Education and those of the shipyard subsidiary, therefore these durable links have strengthened their trust relationship and the understanding that problems identified in such program have been serving as lessons for further collaborations.