O presente trabalho apresenta uma descrição petrográfica e petrológica de uma das mais importantes rochas sob o ponto de vista econômico, os pegmatitos. Após as principais considerações sobre sua petrologia, são comentadas as experiências feitas no laboratório da Cadeira de Petrologia da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo com alguns dos mais importantes minerais gemológicos de origem pegmatítica, especialmente berilos e topázios. Com tratamentos térmicos consecutivos conseguiu-se, fato inédito na literatura científica, a transformação das variedades verdes e azuis de berilo par a cor de rosa. / Not available

Doenças tropicais negligenciadas compartilham características que permitem que elas persistam nas condições de pobreza, onde se aglomeram e se sobrepõe frequentemente. Mais de um bilhão de pessoas sofrem de uma ou mais doenças tropicais negligenciadas. Entre estas está a doença de Chagas, resultante da infecção pelo protozoário parasito hemoflagelado Trypanosoma cruzi, tendo insetos triatomíneos como vetores. Topoisomerases são enzimas envolvidas na regulação do superespiralamento do DNA resolvendo problemas topológicos associados com replicação, transcrição, recombinação e reparo. As topoisomerases do tipo II são essenciais para tripanossomatídeos por atuarem na replicação e organização do DNA contido em uma região especializada da mitocôndria denominada cinetoplasto. O estudo da Topoisomerase II Mitocondrial (TcTopoIImit) foi realizado através de análises sequenciais e estruturais de outras topoisomerases para a determinação de construções para a clonagem. As construções para o domínio N-terminal foram clonadas no vetor pTZ57R/T e subclonadas em vetores do sistema pET para expressão proteica em E. coli. Experimentos de expressão foram realizados em diferentes cepas, vetores, soluções tampão e outros parâmetros variáveis visando a obtenção dos produtos recombinantes na forma solúvel, porém, tais resultados não foram obtidos. A flavoproteína Old Yellow Enzyme de Trypanosoma cruzi (TcOYE) é uma oxidoredutase que usa NAD(P)H como cofator. Esta enzima é clinicamente relevante devido ao seu papel no mecanismo de ação de alguns agentes tripanocidas, utilizados no tratamento da doença de Chagas, por produzirem espécies reativas de oxigênio. Neste trabalho, a enzima recombinante TcOYE foi produzida, purificada, cristalizada pelo método de difusão de vapor e sua estrutura cristalográfica, resolvida por substituição molecular e refinada. A TcOYE foi cristalizada nas formas cristalinas P212121 e P21 e os dados de difração foram coletados para o máximo de resolução de 1,27 e 2,00 Å, respectivamente. As coordenadas atômicas e fatores de estrutura das estruturas da TcOYE nas formas cristalinas P212121 e P21 foram depositados no Banco de Dados de Proteínas com os códigos de acesso 4E2B e 4E2D, respectivamente. A TcOYE apresenta um enovelamento canônico em um barril (α/β)8 com o grupo prostético localizado na cavidade maior do sítio ativo. Após a obtenção dos modelos cristalográficos análises sequenciais e estruturais foram realizadas para a TcOYE e outras OYEs. A região 141-156 do subdomínio capping em TcOYE, assim como em outras OYEs, é intrinsecamente desestruturada exibindo altos valores de fatores B. A região mais divergente entre as OYEs é o loop estendido (289-297), que pode variar em comprimento e composição mudando o volume e a acessibilidade ao sítio ativo. / Neglected tropical diseases share features that allow them to persist in conditions of poverty, which clump together and frequently overlap. More than 1 billion people suffer from one or more neglected tropical diseases. Among them is the Chagas disease is an important parasitic disease resulting from infection by the flagellate protozoan parasite Trypanosoma cruzi, with triatomine insects as vectors. Topoisomerases are ubiquitous enzymes involved in the regulation of DNA supercoiling and overcoming topological barriers during replication, transcription, recombination and repair. The type II topoisomerases are essential for trypanosomatids since, in addition to their role in nuclear DNA metabolism, these enzymes might also play an important role in the replication and organization of the DNA contained in the specialized region of the mitochondrion known as the kinetoplast. The study of Mitochondrial Topoisomerase II from T. cruzi (TcTopoIImit) was performed by sequence and structural analyses into topos members for determination of domains constructions for cloning. Constructions for the N-domain were then cloned in pTZ57R/T vector and subcloned into pET system vectors for protein expression in E. coli. The protein expression experiments were performed by different strain cells, vectors, buffers solutions and others adjustable parameters for improve the solubility but recombinant products in soluble form were not obtained. The flavoprotein Old Yellow Enzyme from Trypanosoma cruzi (TcOYE) is an oxidoreductase that uses NAD(P)H as cofactor. This enzyme is clinically relevant due to its role in the action mechanism of some trypanocidal drugs used in the treatment of Chagas disease by producing reactive oxygen species. In this work, the recombinant enzyme TcOYE was produced, purified, crystallized by the vapour diffusion method and its crystallography structure was solved for molecular replacement and refined. TcOYE was crystallized in two crystalline forms, P212121 and P21 and diffraction data were collected to a maximum resolution of 1.27 and 2.00 Å, respectively. The atomic coordinates and structure factors of the TcOYE structure in P212121 and P21 crystalline forms have been deposited in the Protein Data Bank with the accession codes 4E2B and 4E2D, respectively. TcOYE displays a canonical (α/β)8-barrel fold with a FMN prosthetic group located at the large active-site cavity. Afterwards, sequential and structural analyses were carried out for TcOYE and others OYEs. The region 141-156 of the capping subdomain in TcOYE as well as in others OYEs is intrinsically flexible exhibiting high B-factor values. The most divergent region among these OYEs is the extended loop (289-297), which can vary in length and composition changing the volume and accessibility to the active site.

Eritrocruorinas são hemoglobinas gigantes compostas por uma bicamada hexagonal de massa molecular total entre 3,0 e 4,0 MDa. A sua estrutura é baseada em unidades básicas chamadas protômeros. Doze destes compõem a partícula inteira, seis em cada camada hexagonal, resultando numa estrutura contendo 180 subunidades. Nas eritrocruorinas do tipo I, o protômero é constituído por quatro tipos de cadeias de globina: a, b, c, e d, e por três tipos de cadeias de linkers, L1, L2 e L3. A compreensão atual do seu mecanismo da ação esta atualmente prejudicada pela resolução limitada das estruturas cristalográficas disponíveis. Para abordar esta questão procuramos cristalizar uma serie de eritrocruorinas de espécies diversas visando a determinação das suas estruturas a mais alta resolução. Na primeira parte deste trabalho a eritrocruorina de Glossoscolex paulistus (HbGp) teve suas subunidades sequenciadas e a estrutura da partícula inteira resolvida a uma resolução de 3,2Å, a mais alta até o momento. Na estrutura da HbGp as quatro cadeias de globina se associam na forma de um heterotetrâmero, que se repete três vezes formando uma estrutura dodecamérica denominada cap. A estrutura do cap associada a um heterotrímero de linkers forma o então mencionado protômero. A estrutura completa permite uma descrição mais detalhada dos contatos entre subunidades que são essenciais para a manutenção da partícula como um todo. Além disto descrevemos sítios de ligação a metais (Zn2+ e Ca2+) e sítios de glicosilação, alguns dos quais são inéditos. Em seguida, a subunidade d isolada da HbGp foi cristalizada e resolvida a 2.1Å. Uma analise dos contatos cristalinos demonstra um arranjo completamente diferente daquilo visto para a subunidade d no complexo inteira. Ao invés de associar-se na formar trimeros, como acontece no complexo, a cadeia d isolada forma dímeros cristalográficos, com interface similar a aquela observada entre as cadeias d e a. Estas observações contribuíram para a compreensão de como são os possíveis mecanismos de associação das globinas para a montagem do cap. Finalmente, as eritrocruorinas de quatro outras espécies foram cristalizadas, que resultou na obtenção de uma estrutura cristalográfica preliminar para a eritrocruorina de Eisenia Andrei a uma resolução de 4.7Å. / Erythrocruorins are giant haemoglobins in the form of a hexagonal bilayer of total molecular mass between 3 and 4 MDa. Their structures are based on a basic unit called the protomer. Twelve of these comprise the entire particle, six in each hexagonal layer, resulting in a structure containing 180 subunits. In the type I erythrocruorins the protomer is composed of four types of globin chains: a, b, c e d, and three types of linker; L1, L2 e L3. Our current understanding of their mechanism of action is limited by the resolution of the crystal structures available. To address this question we have attempted to crystallize a series of erythrocruorins from different species with a view to determining a crystal structure at higher resolution. In the first part of this thesis all chains of the erythrocruorin from Glossoscolex paulistus were completely sequenced and the structure of the full particle solved at 3.2Å, the highest reported to date. In the structure the four globin chains associate to form a heterotetramer, three of which unite to form a dodecameric cap. The latter associates with a heterotrimer of linkers to form the aforementioned protomer. The full structure permits a more detailed description of the contacts between subunits which are essential for particle stability. Furthermore, we describe metal binding sites (Zn2+ e Ca2+) and glycosylation sites, some of which are have not been reported previously. Subsequently the isolated d chain was crystallized and solved to 2.1Å. An analysis of the crystal contacts shows an arrangement which is completely different to that seen in the full particle. Instead of forming trimers, as seen in the complex, the isolated d chain associates to form a dimer across a crystallographic twofold axis making use of the interface normally used to associate with subunit a. These observations contributed to our understanding of the possible mechanisms of association of globin chains during the formation of the cap. Finally, the erythrocruorins from four other species were crystallized, which resulted in the preliminary determination of the structure of that from Eisenia Andrei at 4.7Å.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:05:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000437323-Texto+Completo-0.pdf: 4287591 bytes, checksum: a4736ecf5ed6c11a9d86f23c3c30d3b3 (MD5) Previous issue date: 2011 / Tuberculosis re-emerged in the mid 80s and currently about two million people die each year due to this disease. The resurgence of tuberculosis has become a threat to public health. The high susceptibility of HIV-infected patients and the proliferation of multi-drug resistant strains have created the need to develop new therapies. However, no new class of drugs against tuberculosis was developed in the last 45 years. Thus, it becomes imminent need to develop new antituberculosis agents. As purine metabolism could be implicated in mycobacterial latency the purine nucleoside phosphorylase (EC 2. 4. 2. 1) has been proposed as target for development of antibacterial drugs. PNP catalyzes the reversible cleavage in the presence of inorganic phosphate of N-ribosidic bonds of the purine nucleosides and deoxynucleosides, except adenosine. This reaction generates the purine base and ribose (deoxyribose)-1-phosphate. PNP is specific for purine nucleosides in the β-configuration and cleaves the glycosidic bond with inversion of configuration to produce α-ribose-1-phosphate. In this work PNP was crystallized in association with inosine, hypoxanthine and acyclovir, substrate, product and inhibitor, respectively, and data were collected using synchrotron radiation. In addition, molecular dynamics simulations and isothermal titration calorimetry experiments were used to provide detailed information on the dynamic properties and to investigate the profile and thermodynamic affinities of MtPNP associated with these molecules. With obtained results we hope to contribute to the search of new selective inhibitors for MtPNP, since differences between the mycobacterial and human enzyme binding sites have been also identified, making structure-based drug design feasible. / A tuberculose ressurgiu na metade dos anos 80 e, atualmente aproximadamente dois milhões de pessoas morrem por ano devido a esta doença. O ressurgimento da tuberculose tornou-se uma ameaça à saúde pública. A alta susceptibilidade dos pacientes infectados com HIV e a proliferação de cepas resistentes a múltiplas drogas têm criado a necessidade de se desenvolver novas terapias. No entanto, nenhuma nova classe de drogas contra a tuberculose foi desenvolvida nos últimos 45 anos. Deste modo, torna-se iminente a necessidade de se desenvolver novos agentes antituberculose. Como o metabolismo de purinas pode estar implicado na latência da micobactéria, a purina nucleosídeo fosforilase de Mycobacterium tuberculosis (MtPNP) (EC 2. 4. 2. 1) foi proposta como alvo para o desenvolvimento de drogas antibacterianas. A PNP catalisa a clivagem reversível, na presença de fosfato inorgânico, de ligações N-ribosídicas de nucleosídeos e desoxinucleosídeos de purina, com exceção da adenosina. Esta reação produz base púrica livre e ribose (desoxiribose)-1-fosfato. A reação se processa com inversão de configuração, de β-nucleosídeos para α-ribose-1-fosfato. Neste trabalho a PNP foi cristalizada em associação com inosina, hipoxantina e aciclovir, substrato, produto e inibidor, respectivamente, e os dados foram coletados utilizando radiação síncrotron. Além disso, a simulação por dinâmica molecular e experimentos de calorimetria por titulação isotérmica foram utilizadas para fornecer informações detalhadas acerca das propriedades dinâmicas, e investigar o perfil termodinâmico e afinidades da MtPNP associada com estas moléculas .Com os resultados obtidos nós esperamos contribuir para a busca de novos inibidores seletivos de MtPNP, já que as diferenças entre os sítios de ligação da enzima humana e de micobactéria foram identificadas, tornando viáveis projetos de desenho de drogas baseados na estrutura.

BENEVIDES, Raquel Guimarães. Caracterização bioquímica e estrutural de uma lectina recombinante de sementes de Platypodium elegans Vogel. 2011. 281 f. Tese (Doutorado em bioquímica)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2011. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-07-28T13:36:10Z No. of bitstreams: 1 2011_tese_rgbenevides.pdf: 11384028 bytes, checksum: c53d0f90cf10f6c4617f71ad7c4468d9 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-08-02T15:27:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_tese_rgbenevides.pdf: 11384028 bytes, checksum: c53d0f90cf10f6c4617f71ad7c4468d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T15:27:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_tese_rgbenevides.pdf: 11384028 bytes, checksum: c53d0f90cf10f6c4617f71ad7c4468d9 (MD5) Previous issue date: 2011 / Lectinas vegetais são excelentes modelos para se estudar as bases moleculares do reconhecimento proteína-açúcar.Uma atividade lectínica com especificidade para manose e glicose foi detectada em sementes de Platypodium elegans, uma leguminosa da subtribo Dalbergiae. O gene da lectina PELa foi clonado, resultante em uma proteína de 261 resíduos de aminoácidos pertencente à família de lectinas de leguminosas, com similaridade com a lectina de Pterocarpus angolensis (PAL). A lectina recombinante foi expressa em células de E. coli e refoldada à partir de corpos de inclusão. Uma análise da especificidade por Glycan array evidenciou uma preferência bastante não-usual para N-glicanos do tipo complexos com ramificações assimétricas. Um braço curto consistindo em um resíduo de manose é preferido no braço 1-6 do N-glicano, enquanto uma extensão por GlcNAc, Gal e NeuAc são favoráveis no braço 1-3. Valores de afinidade foram obtidos por microcalorimetria usando heptassacarídeos simétricos e assimétricos ligados a Asn preparados por método semi-enzimático. Uma alta afinidade de 5 µM foi obtida para ambos os ligantes. Duas estruturas cristalinas de PELa, uma em complexo com um trimanose ramificado e outra com um heptassacarídeo complexo simétrico ligado a Asn foram resolvidas a resoluções de 2,1 e 1,65 Å, respectivamente. A lectina mostrou adotar uma organização dimérica canônica típica de lectinas de leguminsas. O trimanose faz uma ponte entre os sítios de ligação a carboidrato de dímeros vizinhos, resultando na formação de cadeias infinitas no cristal. O heptassacarídeo liga-se com o braço 1-6 no sítio primário de ligação e com contatos extensivos adicionais em ambos os braços. O GlcNAc do braço 1-3 está ligado em uma conformação restrita que pode justificar a alta afinidade que é observada em chips para oligossacarídeos com braço 1-3 curto que não apresentam esse monossacarídeos. / Lectin activity with specificity for mannose and glucose has been detected in the seed of Platypodium elegans, a legume from the Dalbergiae tribe. The gene of the lectin PELa has been cloned and the resulting 261 amino acid protein belongs to the legume lectin family with similarity with Pterocarpus angolensis agglutinin (PAL) from the same tribe. The recombinant lectin has been expressed in E. coli and refolded from inclusion bodies. Analysis of specificity by Glycan Array evidenced a very unusual preference for complex type N-glycans with asymmetrical branches. A short branch consisting of one mannose residue is preferred on the 6- arm of the N-glycan, while extension by GlcNAc, Gal and NeuAc are favorabl e on the 3-arm. Affinities have been obtained by microcalorimetry using symmetrical and asymmetrical Asn- linked heptasaccharide prepared by semi-enzymatic method. Strong affinity of 5 μM was obtained for both ligands. Crystal structures of PELa complexed with branched trimannose and symmetrical complex type Asn-linked heptasaccharide have been solved at 2.1 and 1.65 Å resolution respectively. The lectin adopts the canonical dimeric organization of legume lectins. The trimannose bridges the binding sites of two neighbouring dimers, resulting in the formation of infinite chains in the crystal. The Asn-linked heptasaccharide binds with the 6-arm in the primary binding site and extensive additional contacts on both arms. The GlcNAc on the 3 -arm is bound in a constrained conformation that may rationalize the higher affinity that is observed on chips for oligosaccharide with shorter 3-arm that do not present this monosaccharide.

MOREIRA, Cleane Gomes. Purificação, caracterização físico-química, estrutural e biológica de uma lectina de sementes de Canavalia villosa Benth. 2017. 84 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia de Recursos Naturais)-Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Coordenação PPGBiotec (ppgbiotec@ufc.br) on 2017-06-27T12:53:45Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_cgmoreira.pdf: 2444477 bytes, checksum: 2d95101645c5274785c72d6b9bf30aae (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-06-28T18:42:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_cgmoreira.pdf: 2444477 bytes, checksum: 2d95101645c5274785c72d6b9bf30aae (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-28T18:42:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_cgmoreira.pdf: 2444477 bytes, checksum: 2d95101645c5274785c72d6b9bf30aae (MD5) Previous issue date: 2017 / Presenting important carbohydrate binding properties, lectins are proteins able to decipher the glycocode, and as such, they can be used in bioassays involving, for example, cell-cell communication and cell signaling, as well as protein targeting. In this study, a new mannosespecific lectin from Canavalia villosa seeds (Cvill) was isolated by a single affinity chromatography step in a Sephadex® G-50 column. SDS-PAGE showed the lectin to be composed of three bands, and similar to the other lectins of the subtribe Diocleinae, analysis by mass spectrometry indicated that the lectin C. villosa has three chains (α, β and γ) with masses of 25,647; 12,966 and 12,685 Da, respectively, similarly to the profile of ConA-like lectins specific to mannose. A two-dimensional electrophoresis analysis showed the presence of five isoforms and isoelectric point around pH 5.0. The lectin strongly agglutinated rabbit erythrocytes native and treated with proteolytic enzymes, and presented sugar specificity to α-methyl-D-mannoside and D-mannose, in addition to high stability within a broad range of pH (pH 5,0 a 7,0) and temperature (up to 70 °C). Partial sequence of the protein was obtained by MS-MALDI TOF/TOF covering approximately 41% of the sequence. The protein was crystallized by vapor diffusion method in the presence of α-methyl-D-mannoside. The lectin also showed average toxicity against artemia nauplii and induced paw edema and hypernociception in mice with the participation of the carbohydrate binding site. In tests on C6 lineage of Rattus norvegicus glioma cells, Cvill showed ability to reduce viability and changes in morphology in the cells tested. / Com importantes propriedades de ligação a carboidratos, lectinas são proteínas capazes de decifrar o glicocódigo e, como tal, podem ser utilizadas em bioensaios que envolvem, por exemplo, a comunicação célula-célula e sinalização celular, bem como o direcionamento de proteínas. Neste estudo, uma nova lectina específica a manose foi isolada de sementes de Canavalia villosa por um único passo de cromatografia de afinidade em coluna de Sephadex® G-50. SDS-PAGE mostrou que a lectina é composta de três bandas e a análise por espectrometria de massas indicou que a lectina de C. villosa possui três cadeias (α, β e γ) com massas de 25.647, 12.966 e 12.685 Da, respectivamente, similar ao perfil de lectinas ConAlike específicas a manose. A análise em eletroforese bidimensional mostrou a presença de cinco isoformas e ponto isoelétrico em torno de pH 5,0. A lectina aglutinou fortemente eritrócitos de coelho nativos e tratados com enzimas proteolíticas e foi inibida por D-manose e α-metil-D-manosídeo. A atividade hemaglutinante da Cvill é máxima nos pH 5,0 a 7,0, e estável até a temperatura de 70 °C. A sequência parcial da lectina foi obtida por MS-MALDI TOF/TOF com cobertura de aproximadamente 41% da sequência. A proteína foi cristalizada pelo método de difusão de vapor na presença do ligante α-metil-D-manosídeo. Essa lectina mostrou alta toxicidade contra náuplios de Artemia sp., induziu edema de pata e hipernocicepção em ratos com participação do sítio de ligação a carboidratos e mostrou efeitos citotóxicos em células de glioma da linhagem C6 com uma potente atividade na redução da viabilidade celular e alteração na morfologia celular.

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:41Z : No. of bitstreams: 1 000831499_20170701.pdf: 551757 bytes, checksum: f00c3874e9a2ca554c17723cb987dd9a (MD5) Bitstreams deleted on 2017-07-24T11:34:13Z: 000831499_20170701.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-07-24T11:35:17Z : No. of bitstreams: 1 000831499.pdf: 3553272 bytes, checksum: 51518ed089010faa18418207d6328203 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Um dos mecanismos de transporte de macromoléculas do citoplasma para o núcleo celular ocorre através da passagem da macromolécula pelo complexo poro nuclear (CPN), presente no envoltório nuclear, e depende de proteínas transportadoras denominadas Importinas. Neste processo, conhecido como via clássica de importação nuclear, a proteína Importina-α (Impα) reconhece sequências de localização nuclear (NLSs) na proteína a ser transportada para a formação de um complexo junto a Importina-β (Impβ) permitindo o transporte da macromolécula. O objetivo do presente trabalho é o estudo estrutural da Impα proveniente do fungo filamentoso Neurospora crassa (ImpαNc), a fim de reconhecer as regiões que determinam especificidades da proteína, além de comparar seu comportamento nativo e na presença de um peptídeo NLS. Os primeiros experimentos com a ImpαNc permitiram uma caracterização inicial da proteína e seu comportamento em solução. Experimentos de cromatografia analítica de exclusão molecular, comparando duas amostras de ImpαNc: (1) na presença do peptídeo NLS da proteína FEN1 (FEN1 NLS) e (2) sem peptídeo NLS, indicaram a formação de aglomerados na amostra 2 e a conformação, predominantemente, monomodal na amostra 1, sugerindo uma maior estabilidade da proteína na presença de peptídeos NLS. Para aprofundar as informações sobre a ImpαNc, experimentos de cristalização foram conduzidos com a proteína complexada ao peptídeo de NLS clássica e monopartida do SV40 (SV40 NLS), conforme experimentos anteriores sugeriram a maior estabilidade da proteína na presença de NLSs. Um primeiro cristal (ImpαNc-1), obtido na condição 0,2mM fosfato de sódio dibásico dihidratado e 20% (w/v) de polietilenoglicol 3350, foi submetido á difração de raios X e apresentou padrão de difração satisfatório para elucidação da estrutura do complexo a uma resolução de 2,05 Å. Um segundo cristal (ImpαNc-2), obtido na ... / The transport of macromolecules from the cytoplasm to the nucleus occurs by passage through the nuclear pore complex, present in the nuclear envelope. One of that nuclear transport pathway depends on carrier proteins called Importins. In this process, known as classical nuclear import pathway, the Importin-α protein (Impα) recognizes nuclear localization sequences (NLSs) in the protein to be transported to the formation of a complex with Importin-β (Impβ) allowing the transport of macromolecules. The aim of this work is the structural study of the protein Importin-α, from the filamentous fungus Neurospora crassa (ImpαNc) in order to recognize the regions that determine the specificity of the protein and to compare their behavior in its native state and in presence of a NLS peptide. The first experiments with ImpαNc allowed an initial characterization of the protein and its behavior in solution. Experiments of analytical size exclusion chromatography comparing two samples of Impα: (1) in the presence of the NLS peptide of the protein FEN1 ( FEN1 NLS) and, (2) without NLS peptide; indicated the formation of agglomerates in the sample 2 and the conformation predominantly monomodal, in the sample 1, suggesting a greater stability of the protein in the presence of NLS peptides. For further information about the ImpαNc, crystallization experiments were carried out with the peptide complexed to the classic NLS SV40 (SV40 NLS) protein as previous experiments have suggested the increased stability of the protein in the presence of NLSs. A first crystal obtained in the condition 0.2mM dibasic sodium phosphate dihydrate and 20% (w / v) polyethylene glycol 3350 were subjected to xray diffraction and showed satisfactory diffraction pattern for the elucidation of the structure of the complex at a resolution of 2.05 Å. A second crystal (ImpαNc-2) obtained under the condition of 0.2 mM bicine pH 8.5 and 20% PEG 6000, was subjected to x-ray ...

Made available in DSpace on 2014-12-02T11:16:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-12-02T11:21:05Z : No. of bitstreams: 1 000773750.pdf: 2987403 bytes, checksum: 510e24f28e26bb3947bca274ea302240 (MD5) / A presença de estruturas polimórficas não esperadas na composição de medicamentos sólidos podem acarretar diferenças nas propriedades químicas e físicas, tais como: reatividade química, solubilidade aparente, taxa de dissolução, dentre outras, podendo afetar, a sua biodisponibilidade. Essas mudanças indesejadas podem comprometer a eficácia, a segurança e a qualidade de um medicamento e, portanto, afetar um tratamento médico. No presente trabalho, com o objetivo de identificar e quantificar as fases presentes em suas composições, foram analisados, por difração de raios X e o emprego do método de Rietveld, os seguintes medicamentos: hidroclorotiazida, furosemida, espironolactona, carbamazepina, fenitoína e fenobarbital. Observou-se, em todos os medicamentos analisados, com exceção da espironolactona similar de 25 mg (ES25S), que a forma cristalina do princípio ativo identificada era a mesma apresentada na literatura como sendo a ideal para a manufatura dos medicamentos. Já no caso da ES25S, identificou-se como princípio ativo a forma hidratada da espironolactona, que segundo a literatura, apresenta dissolução menor em comparação à forma II, que é a utilizada na manufatura do medicamentos por apresentar maior atividade diurética. Além disso, realizou-se para a amostra de furosemida similar (FUS) a quantificação de princípio ativo cristalino presente na composição de um comprimido, através do método do padrão interno. Assim, observou-se que um comprimido de FUS contém em média 35,92 mg de furosemida cristalina. Foram realizados estudos de dissolução intrínseca para os comprimidos de carbamazepina onde observou-se que o medicamento similar (CB200S1) nos quinze primeiros minutos do experimento apresenta uma dissolução maior (~ 90 %) que o limite máximo proposto pela Farmacopeia Brasileira, que é de 75 %. / The presence of polymorphic structures not expected in the composition of solid drugs can generate differences in physical and chemical properties such as chemical reactivity, apparent solubility, dissolution rate, among others, thus affecting its bioavailability. These unwanted changes can compromise the efficacy, safety and quality of the product and therefore compromising medical treatment. In this work, the objective was to identify and quantify the phases presents in their compositions through the Rietveld method in data of X-ray powder diffraction the medicines: hydrochlorothiazide, furosemide, spironolactone, carbamazepine, phenytoin and phenobarbital. It was observed in all analyzed samples, with the exception of similar spironolactone 25 mg (ES25S), the crystalline form of the active ingredient were equal to those presented in the literature as being the ideal for the manufacture of tablets. In the case of ES25S, was identified as the active principle hydrated form of spironolactone, which according to the literature, presents a lower dissolution compared to form II, which is used in the manufacture of medicines due to its greater diuretic activity. In addition, the sample of furosemide (FUS) was quantifying the crystalline active principle present in the composition of a tablet through the inclusion of an internal standard method. It was found that a tablet FUS contains an average of 35.92 mg crystalline furosemide. Intrinsic dissolution studies were performed for carbamazepine tablets where it was observed that similar medicine (CB200S1) in the first fifteen minutes of the experiment has a higher dissolution (~ 90 %) than the maximum limit proposed by the Brazilian Pharmacopoeia is 75 %.

Orientador: Carlos de Oliveira Paiva Santos / Banca: João Olímpio Tognolli / Banca: Pedro Paulo Corbi / Banca: Maria Teresa do Prado Gambardella / Banca: Flávio Machado de Souza Carvalho / Acompanha CD-ROM / Resumo: Desde a revolução provocada pela segunda geração de computadores ocorrida por volta de 1960 e que permitiu a disseminação dos computadores para os diversos setores da sociedade, vem acontecendo uma evolução na capacidade de processamento dos chips e conseqüentemente no conceito de software. Em se tratando especificamente de softwares científicos, esse incremente no volume e velocidade de processamento de dados torna possível a aplicação de modelos físicoquímicos cada vez mais complexos. Em 1969, o cristalógrafo Hugo Rietveld criou um método que utiliza este novo paradigma tecnológico e que hoje é conhecido como método de Rietveld. Desenvolvido especificamente para o refinamento de dados de difração raios X de amostra policristalinas, passou a ser utilizado em todas as áreas da pesquisa em novos materiais. Para uma boa estabilidade do processo de refinamento é necessário fornecer ao modelo uma aproximação inicial de cada fase que compõe a amostra. Esta exigência é necessária para permitir a estabilidade do processo iterativo que irá ajustar os dados experimentais à função teórica, característica que obriga a uma dependência de bancos de dados especializados. O processo de refinamento utilizando o método de Rietveld é complexo e não linear o que implica necessariamente no uso de um software. Esta característica aliada à dependência de bancos de dados cristalográficos justifica a utilização da nova tecnologia de bancos de dados distribuídos, qualidade desejável e de grande interesse para a comunidade científica. Um banco de dados distribuído permite que os vários softwares que empregam o método de Rietveld troquem entre si as informações necessárias para iniciar um refinamento. O gerenciamento deste banco de dados é feito de forma automática pelo próprio software sem interferência humana. A viabilidade da hipótese da utilização... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Since the revolution occurred for the second generation of computers in the 1960 and that it allowed the computers dissemination for the diverse sectors of the society, consequently it comes happening a development in the capacity of chips processing and in the software concept. Specifically treating to scientific software, the volume and processing speed of data increasing becomes possible the application of more complexes physical-chemistry models. In 1969, the crystallographer Hugo Rietveld created a method that uses this new technological paradigm and that today is known as the Rietveld method. Developed specifically to the refinement of polycrystalline X-ray diffraction data, it passed to be used in all areas of the research in new materials. For a good stability of the refinement processes it is necessary to supply to the model an initial approach of each phase that composes the sample. This condition is necessary to allow the stability of the iterative process that will go to adjust the experimental data to the theoretical function, characteristic that it compels to a dependence of specialized data bases. The refinement process using the Rietveld method is complex and not linear which implies necessarily in the use of a software. This characteristic in combination to the dependence of a crystallographic data bases strongest justified the use of the new technology of distributed data bases, desirable quality and of great interest for the scientific community. A distributed data base allows that the several software that using the Rietveld method change information between itself necessary to initiate the refinement process. The management of this data base is made automatically without human interference. The hypothesis viability of the use of a P2P network with CIF archives was demonstrated through the Hera software implementation. New algorithms to automatize the creation... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:50:16Z : No. of bitstreams: 1 salvador_ghm_me_botib_parcial.pdf: 205572 bytes, checksum: ea2da7983b8e624b8fb6f242a2874147 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-16T11:30:15Z: salvador_ghm_me_botib_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-03-16T11:31:00Z : No. of bitstreams: 1 000709624.pdf: 1507151 bytes, checksum: e7624c11b3bf8ce0e311b5d40988f595 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Serpentes do gênero Bothrops são responsáveis pela maioria dos acidentes ofídicos que ocorrem no Brasil. Uma das principais complicações deste tipo de acidente é o dano muscular, que muitas vezes pode evoluir para necrose. Estes danos podem estar relacionados à ação de fosfolipases A2 (Asp49- PLA2) e fosfolipases A2 homólogas (dentre as quais se encontram as Lys49-PLA2s) presentes nos venenos botrópicos. Esta complicação relacionada ao envenenamento ofídico não é atualmente contornada pela administração de soro antiofídico e, por isso, diversos trabalhos vêm sendo realizados na tentativa de se conhecer os sítios farmacológicos destas toxinas com o intuito de, no futuro, desenvolver tratamentos complementares à soroterapia. Neste trabalho, por meio de estudos utilizando a técnica de cristalografia de raios X, realizamos estudos comparativos entre a BmooPLA2-I e outras Asp49-PLA2s que inibem a agregação plaquetária e sugerimos que outras regiões além do sítio proposto anteriormente são responsáveis por esta atividade biológica. Estudos com a MjTX-II e outras Lys49-PLA2s também foram realizados e propuseram que moléculas de cadeia longa, como ácidos graxos e os polietilenoglicóis (PEGs), possuem contribuição direta para a cristalização destas toxinas. Além disso, estes compostos interagem com o sítio ativo, causando, em alguns casos, a hiperpolarização dos resíduos Cys29/Gly30 pelo Lys122, reforçando assim a teoria que propõe que a atividade catalítica das Lys49-PLA2s não é somente inibida pela presença da cadeia lateral da Lys49 junto ao loop de ligação de cálcio, mas também por outros fatores estruturais. Por fim, estudos com a MjTX-I revelaram que esta toxina é diferenciada das outras Lys49-PLA2s, visto que sua estrutura cristalográfica apresenta quatro moléculas na unidade... / Bothrops snakes are responsible for the most part of the snakebites that occur in Brazil. A major complication of this type of accident is muscle damage, which can often progress to necrosis. This damage may be related to the action of phospholipases A2 (Asp49-PLA2s) and homologue phospholipases A2 (including Lys49-PLA2s) present in Bothrops venoms. This complication related to snakebite is not currently solved by the administration of ophidic serum and, therefore, several studies have been conducted in attempt to understand the pharmacological sites of these toxins and to develop complementary treatments to serum therapy. In this work, we performed a comparative crystallographic study between BmooPLA2-I and other Asp49-PLA2s which present inhibitingplatelet aggregation activity using protein crystallography. The results suggest that some regions distinct from the site proposed by prior works could be responsible by this biological activity. Studies with MjTX-II and other Lys49-PLA2s were also performed and it was proposed that long-chain molecules, such as fatty acids and polyethylene glicols (PEGs), contribute to the crystallization of these toxins. Besides, these compounds interact with the active site, thus causing the hyperpolarization of the Cys29/Gly30 residues via Lys122. These findings reinforce the theory which establishes the catalytic activity of Lys49-PLA2s is not abolish only by the presence of the Lys49 sidechain close to the calcium binding loop, but also due to other structural features. Finally, studies with the MjTX-I revealed that this toxin is different from other Lys49-PLA2s since its crystal structure presents four molecules in the asymmetric unit and a distinct configuration of the myotoxic site as previously proposed for other Lys49-PLA2s. Other studies with MjTX-I using spectroscopy... (Complete abstract click electronic access below)