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Apports d’une approche écosystémique à l’étude de la dynamique des communautés végétales forestières : vers une prise en compte des interactions écologiques multiples / Contribution of an ecosystem approach to forest plant community dynamics : towards the consideration of multiple interactionsLaurent, Lisa 15 December 2016 (has links)
Un des principaux challenges pour prédire la composition, la structure et la dynamique des communautés végétales est de déterminer comment l’environnement biotique et abiotique va modifier la direction et l’amplitude des interactions entre plantes. L’objectif de ma thèse est de mettre en évidence le rôle prépondérant des interactions complexes (impliquant plus de deux compartiments biotiques) dans la dynamique forestière et plus particulièrement dans la dynamique de régénération des ligneux d’intérêt sylvicole tel que le chêne sessile. Les résultats soulignent l’importance de prendre en compte : (i) l’effet des cervidés sur les patrons de réponses des interactions entre plantes le long des gradients de ressources, (ii) les interactions indirectes et notamment la facilitation indirecte, (iii) des paramètres démographiques différents en relation avec la phénologie des espèces en présence, (iv) la séparation des mécanismes sous-jacents à une interaction écologique multiple via un suivi des conditions environnementales. Ainsi, ma thèse appuie l’idée que les gestions se focalisant sur une unique pression et ignorant les autres pressions ne sont pas capables de maintenir des populations d’espèces cibles car elles ne tiennent pas compte des interactions multiples. Ceci souligne l’importance d’utiliser des stratégies complémentaires pour permettre la pérennité des écosystèmes forestiers et notamment une régénération suffisante dans le cadre des changements globaux que sont le changement climatique et la surabondance de cervidés. / One of the main challenges to predict vegetation dynamics and plant community composition is to identify how biotic and abiotic factors modify the nature and magnitude of plant-plant interactions. The objective of my thesis is to highlight the leading role of multiple interactions (involving more than two biotic compartments) in forest understory dynamics and more specifically regeneration dynamics of target species such as sessile oak. The results emphasize the importance of: (i) effects of deer on response patterns of plant-plant interactions along resource gradients, (ii) indirect interactions, in particular indirect facilitation, (iii) demographic parameters in relation to species phenology, (iv) distinguishing among underlying mechanisms of multiple interactions thanks to environmental monitoring. Thus, my thesis supports the idea that management practices focusing on a single pressure, while ignoring others, are unable to conserve populations of target species because they don’t consider multiple interactions. This highlights the importance to use complementary management strategies to achieve sustainability in the context of global changes (climatic change and deer overabundance).
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Semi-Automatic Mapping of Structured Data to Visual Variables / Halbautomatische Abbildung von strukturierten Daten auf Visuelle VariablenPolowinski, Jan 09 April 2013 (has links) (PDF)
While semantic web data is machine-understandable and well suited for advanced filtering, in its raw representation it is not conveniently understandable to humans. Therefore, visualization is needed. A core challenge when visualizing the structured but heterogeneous data turned out to be a flexible mapping to Visual Variables. This work deals with a highly flexible, semi-automatic solution with a maximum support of the visualization process, reducing the mapping possibilities to a useful subset. The basis for this is knowledge, concerning metrics and structure of the data on the one hand and available visualization structures, platforms and common graphical facts on the other hand — provided by a novel basic visualization ontology. A declarative, platform-independent mapping vocabulary and a framework was developed, utilizing current standards from the semantic web and the Model-Driven Architecture (MDA). / Während Semantic-Web-Daten maschinenverstehbar und hervorragend filterbar sind, sind sie — in ihrer Rohform — nicht leicht von Menschen verstehbar. Eine Visualisierung der Daten ist deshalb notwendig. Die Kernherausforderung dabei ist eine flexible Abbildung der strukturierten aber heterogenen Daten auf Visuelle Variablen. Diese Arbeit beschreibt eine hochflexible halbautomatische Lösung bei maximaler Unterstützung des Visualisierungsprozesses, welcher die Abbildungsmöglichkeiten, aus denen der Nutzer zu wählen hat, auf eine sinnvolle Teilmenge reduziert. Die Grundlage dafür sind einerseits Metriken und das Wissen über die Struktur der Daten und andererseits das Wissen über verfügbare Visualisierungsstrukturen, -plattformen und bekannte grafische Fakten, welche durch eine neuentwickelte Visualisierungsontologie bereitgestellt werden. Basierend auf Standards des Semantic Webs und der Model-getriebenen Architektur, wurde desweiteren ein deklaratives, plattformunabhängiges Visualisierungsvokabular und -framework entwickelt.
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Pression d'herbivorie et dynamique des communautés végétales : influence à court et moyen termes des populations de cervidés sur la diversité des communautés végétales en forêt / Herbivory pressure and vegetation community dynamics : short- and mid-term impacts of deer populations on the diversity of forest vegetation communitiesBoulanger, Vincent 27 April 2010 (has links)
Les cervidés, animaux mobiles et herbivores, peuvent influencer les distributions, assemblages et dynamiques d'espèces végétales. L'objectif de cette thèse est d'évaluer le rôle joué par les cervidés sur la composition, stratification et dynamique de la végétation forestière. Le ré-échantillonnage de relevés couplant composition et abroutissement de la flore, implantés en 1976 en Forêt d'Arc-en-Barrois (52) a permis d'identifier (i) des espèces ligneuses préférées (Cornus sp., Rosa arvensis) ou au contraire évitées par les cervidés qui sélectionnent les espèces arbustives et à bois dense et (ii) le niveau trophique et la pression d'abroutissement comme gradients structurant la végétation et déterminant les dynamiques des espèces et des communautés. Nous analysons plus précisément le rôle des cervidés dans la progression spectaculaire de Cynoglossum germanicum, espèce rare, épizoochore et toxique.A partir d'un réseau national d'enclos/exclos suivis sur 10 ans, nous montrons que les cervidés limitent la croissance des arbustes et des espèces compétitrices, ce qui profite à la richesse spécifique de la strate herbacée. La valeur écologique et patrimoniale des espèces en progression est discutée. A l'aide de données de chasse, nous tentons d'isoler les rôles des différentes espèces d'ongulés dans ces dynamiques.Ces résultats exposent la complexité et la diversité des effets des cervidés sur la végétation forestière. Enfin, ce travail met l'accent sur la nécessité des suivis temporels intégrant toutes les composantes de l'écosystème forestier pour mieux appréhender les changements en cours. / This thesis aims at assessing the impacts of deer on forest vegetation composition, stratification and dynamics.We resampled a network of relevés coupling vegetation and browsing surveys, settled in 1976 in the national forest of Arc-en-Barrois. We identified (i) ligneous species that are either preferred (Cornus sp., Rosa arvensis) or avoided by deer, which tend to select shrubs species with dense wood and (ii) trophic level and browsing pressure as gradients that determine plant communities structures and dynamics. Then, we highlight the roles of deer in the spectacular expansion of Cynoglossum germanicum, a rare, epizoochorous and toxic species. According to a national network of exclosures, monitored for over 10 years, we show that deer limit shrubs and competing species growth, which in turn benefits to the herbaceous species richness probably through an increased light availability. Ecological and patrimonial value of the benefitting species is discussed. Using hunting statistics, we try to isolate the role of the various ungulate species in these dynamics.These results provide evidence for the diversity and complexity of deer impacts on forest vegetation. Finally, we demonstrate the need for long term monitoring programs, including all the forest ecosystem components so that we could better appreciate the forces driving the current changes
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Semi-Automatic Mapping of Structured Data to Visual VariablesPolowinski, Jan 11 October 2007 (has links)
While semantic web data is machine-understandable and well suited for advanced filtering, in its raw representation it is not conveniently understandable to humans. Therefore, visualization is needed. A core challenge when visualizing the structured but heterogeneous data turned out to be a flexible mapping to Visual Variables. This work deals with a highly flexible, semi-automatic solution with a maximum support of the visualization process, reducing the mapping possibilities to a useful subset. The basis for this is knowledge, concerning metrics and structure of the data on the one hand and available visualization structures, platforms and common graphical facts on the other hand — provided by a novel basic visualization ontology. A declarative, platform-independent mapping vocabulary and a framework was developed, utilizing current standards from the semantic web and the Model-Driven Architecture (MDA).:ABSTRACT S. x
1. INTRODUCTION S. 1
2. VISUALIZATION OF STRUCTURED DATA IN GENERAL S. 4
2.1. Global and Local Interfaces S. 4
2.2. Steps of the Visualization Process S. 4
2.3. Existing Visual Selection Mechanisms S. 6
2.4. Existing Visualizations of Structured Data S. 12
2.5. Categorizing SemVis S. 25
3. REQUIREMENTS FOR A FLEXIBLE VISUALIZATION S. 27
3.1. Actors S. 27
3.2. Use Cases S. 27
4. FRESNEL, A STANDARD DISPLAY VOCABULARY FOR RDF S. 31
4.1. Fresnel Lenses S. 31
4.2. Fresnel Formats S. 33
4.3. Fresnel Groups S. 33
4.4. Primaries (Starting Points) S. 33
4.5. Selectors and Inference S. 34
4.6. Application and Reusability S. 34
4.7. Implementation S. 35
5. A VISUALIZATION ONTOLOGY S. 37
5.1. Describing and Formalizing the Field of Visualization S. 37
5.2. Overview S. 37
5.3. VisualVariable S. 38
5.4. DiscreteVisualValue S. 39
5.5. VisualElement S. 41
5.6. VisualizationStructure S. 42
5.7. VisualizationPlatform S. 42
5.8. PresentationScenario S. 43
5.9. Facts S. 44
6. A NOVEL MAPPING VOCABULARY FOR SEMANTIC VISUALIZATION S. 45
6.1. Overview S. 45
6.2. Mapping S. 46
6.3. PropertyMapping S. 47
6.4. ImplicitMapping S. 48
6.5. ExplicitMapping S. 53
6.6. MixedMapping S. 54
6.7. ComplexMapping S. 55
6.8. Inference S. 58
6.9. Explicit Display of Relations S. 58
6.10. Limitations s. 59
7. A MODEL-DRIVEN ARCHITECTURE FOR FLEXIBLE VISUALIZATION S. 60
7.1. A Model-Driven Architecture S. 61
7.2. Applications of the MDA Pattern S. 62
7.3. Complete System Overview S. 71
7.4. Additional Knowledge of the System S. 72
7.5. Comparison to the Graphical Modelling Framework — GMF S. 77
8. VISUALIZATION PLATFORMS S. 80
8.1. Extensible 3D (X3D) S. 80
8.2. Scalable Vector Graphics (SVG) S. 81
8.3. XHTML + CSS S. 82
8.4. Text S. 82
9. OUTLOOK AND CONCLUSION S. 84
9.1. Advanced Mapping Vocabulary S. 84
9.2. Reusing Standardized Ontologies S. 84
9.3. Enabling Dynamic, Interaction and Animation S. 84
9.4. Implementation and Evaluation S. 85
9.5. Conclusion S. 85
GLOSSARY S. 86
BIBLIOGRAPHY S. 87
A. S. 90
A.1. Schemata S. 90 / Während Semantic-Web-Daten maschinenverstehbar und hervorragend filterbar sind, sind sie — in ihrer Rohform — nicht leicht von Menschen verstehbar. Eine Visualisierung der Daten ist deshalb notwendig. Die Kernherausforderung dabei ist eine flexible Abbildung der strukturierten aber heterogenen Daten auf Visuelle Variablen. Diese Arbeit beschreibt eine hochflexible halbautomatische Lösung bei maximaler Unterstützung des Visualisierungsprozesses, welcher die Abbildungsmöglichkeiten, aus denen der Nutzer zu wählen hat, auf eine sinnvolle Teilmenge reduziert. Die Grundlage dafür sind einerseits Metriken und das Wissen über die Struktur der Daten und andererseits das Wissen über verfügbare Visualisierungsstrukturen, -plattformen und bekannte grafische Fakten, welche durch eine neuentwickelte Visualisierungsontologie bereitgestellt werden. Basierend auf Standards des Semantic Webs und der Model-getriebenen Architektur, wurde desweiteren ein deklaratives, plattformunabhängiges Visualisierungsvokabular und -framework entwickelt.:ABSTRACT S. x
1. INTRODUCTION S. 1
2. VISUALIZATION OF STRUCTURED DATA IN GENERAL S. 4
2.1. Global and Local Interfaces S. 4
2.2. Steps of the Visualization Process S. 4
2.3. Existing Visual Selection Mechanisms S. 6
2.4. Existing Visualizations of Structured Data S. 12
2.5. Categorizing SemVis S. 25
3. REQUIREMENTS FOR A FLEXIBLE VISUALIZATION S. 27
3.1. Actors S. 27
3.2. Use Cases S. 27
4. FRESNEL, A STANDARD DISPLAY VOCABULARY FOR RDF S. 31
4.1. Fresnel Lenses S. 31
4.2. Fresnel Formats S. 33
4.3. Fresnel Groups S. 33
4.4. Primaries (Starting Points) S. 33
4.5. Selectors and Inference S. 34
4.6. Application and Reusability S. 34
4.7. Implementation S. 35
5. A VISUALIZATION ONTOLOGY S. 37
5.1. Describing and Formalizing the Field of Visualization S. 37
5.2. Overview S. 37
5.3. VisualVariable S. 38
5.4. DiscreteVisualValue S. 39
5.5. VisualElement S. 41
5.6. VisualizationStructure S. 42
5.7. VisualizationPlatform S. 42
5.8. PresentationScenario S. 43
5.9. Facts S. 44
6. A NOVEL MAPPING VOCABULARY FOR SEMANTIC VISUALIZATION S. 45
6.1. Overview S. 45
6.2. Mapping S. 46
6.3. PropertyMapping S. 47
6.4. ImplicitMapping S. 48
6.5. ExplicitMapping S. 53
6.6. MixedMapping S. 54
6.7. ComplexMapping S. 55
6.8. Inference S. 58
6.9. Explicit Display of Relations S. 58
6.10. Limitations s. 59
7. A MODEL-DRIVEN ARCHITECTURE FOR FLEXIBLE VISUALIZATION S. 60
7.1. A Model-Driven Architecture S. 61
7.2. Applications of the MDA Pattern S. 62
7.3. Complete System Overview S. 71
7.4. Additional Knowledge of the System S. 72
7.5. Comparison to the Graphical Modelling Framework — GMF S. 77
8. VISUALIZATION PLATFORMS S. 80
8.1. Extensible 3D (X3D) S. 80
8.2. Scalable Vector Graphics (SVG) S. 81
8.3. XHTML + CSS S. 82
8.4. Text S. 82
9. OUTLOOK AND CONCLUSION S. 84
9.1. Advanced Mapping Vocabulary S. 84
9.2. Reusing Standardized Ontologies S. 84
9.3. Enabling Dynamic, Interaction and Animation S. 84
9.4. Implementation and Evaluation S. 85
9.5. Conclusion S. 85
GLOSSARY S. 86
BIBLIOGRAPHY S. 87
A. S. 90
A.1. Schemata S. 90
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Les enjeux cognitifs et stylistiques de l'organisation hypertextuelle : le Lieu, Le Lien, Le LivreErtzscheid, Olivier 27 September 2002 (has links) (PDF)
L'enjeu de ce doctorat est de montrer comment la perception et les pratiques liées à la figure de l'hypertexte permettent d'entrevoir de profonds bouleversements dans notre rapport à l'écrit (document numérique, nouveaux genres littéraires, textualité renouvelée), à l'organisation de la connaissance, ainsi qu'à la manière dont s'agrègent, se constituent, se développent et se transforment les différents types de rapport au réel présents dans toute organisation sociale réticulée. L'analyse critique de ces transformations nous permet de préciser comment se met progressivement en place une nouvelle écologie cognitive, en quoi elle est rendue nécessaire, et quels sont les outils (typologie englobante des processus de liaison entre entités) et les pratiques sociales émergentes qui la fondent.<br /><br /> Dans notre premier chapitre, nous faisons d'abord un point sur les effets déjà mesurables de l'organisation hypertextuelle dans le rapport à l'écrit pour isoler les transformations cognitives occasionnées par ce nouveau support, pour isoler également la nouvelle organisation des structures traditionnelles de l'énonciation dans le processus de communication (rapports auteur-lecteur, agencements collectifs d'énonciation). Nous concluons par une typologie des nouveaux genres hypertextuels (liés notamment à l'utilisation de générateurs) et sur le statut littéraire de ces productions.<br /> Notre second chapitre aborde les aspects plus « théoriques » de l'organisation hypertextuelle au travers de l'étude systématique de ses procédés de liaison. Après un état de l'art de la question, nous définissons une typologie englobante des liens hypertextuels prenant en compte leurs aspects informatiques, les structures rhétoriques et formelles qui les sous-tendent et les différents types de rapport entre ces « entités-liens » autorisant à qualifier différentes organisations hypertextuelles. Sur tous ces points, les propositions formulées dans ce travail devront permettre d'améliorer les pratiques de navigation et de réduire certains effets liés (surcharge cognitive, désorientation).<br /> Notre troisième chapitre montre que ce que ces liens révèlent du fonctionnement de la pensée humaine (mode essentiellement associatif) est en train de changer la manière dont les systèmes et les organisations sociales se constituent et se développent, en mettant en place, de manière effective, des artefacts et de processus habituellement implicites et dont l'enjeu sera, pour le chercheur, d'accompagner le passage à l'explicite. Ce dernier chapitre s'appuie sur le dispositif expérimental FoRSIC et l'utilisation qu'il fait de différents types ontologiques, ce dernier étant caractéristique des ces nouveaux rapports au savoir que notre travail essaie de qualifier plus que de quantifier.
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