Durante el desarrollo de la presente tesis doctoral se han estudiado las posibles alteraciones causadas por los residuos orgánicos generados por los cultivos marinos de peces en jaulas flotantes, enfatizando en los efectos sobre algunos de los productores secundarios asociados. Varios de los impactos en el ambiente provocados por los cultivos en jaulas flotantes han sido previamente estudiados por nuestro grupo de investigación, por lo que con este trabajo se pretende profundizar y ampliar estos conocimientos, para a continuación poder conformar un modelo holístico del sistema. / The present thesis involved the study of the organic wastes generated by marine culture of fish floating cages, emphasizing in their effect on the associated secondary producers. Several of the impacts on the environment caused by floating cages fish farms have been previously studied by our research group, in that sense, this work deepen in the understanding of those impacts, and ultimately will allow figuring a holistic modeling of the system.

En esta tesis se aborda la cuantificación, mediante censos visuales, de las pautas de variación espacial y temporal de los poblamientos de peces que viven en los fondos rocosos infralitorales del Mediterráneo occidental, a varias escalas espaciales, y se estima la importancia relativa de la estructura del hábitat rocoso para explicar dichas variaciones. En sucesivos estudios, utilizándose técnicas de análisis espacial, se muestra que riqueza, abundancia y diversidad de peces responden a las variaciones del hábitat estructural (distinguiéndose entre complejidad y heterogeneidad), tanto a escala local como a múltiples escalas espaciales jerarquizadas. Por otra parte, el poblamiento de peces muestra una notable estabilidad temporal, aunque ésta depende de las escalas taxonómica, espacial o analítica considerada, pudiendo esta estabilidad ser debida al efecto del hábitat sobre las poblaciones. La influencia de la estructura del hábitat rocoso puede enmascarar, e incluso contrarrestar, los beneficios esperados de la protección pesquera.

En el marc d'un projecte més ampli sobre la comunitat de peixos de la conca lacustre de Banyoles, s'ha estudiat la distribució espacial de les diferents espècies així com l'ús que aquestes fan de l'hàbitat. El poblament piscícola de l'estany de Banyoles és el resultat d'un llarg historial d'introducció d'espècies exòtiques i extinció de les poblacions autòctones locals. S'ha revisat la seva composició actual detectant un total de 18 espècies (4 autòctones i 14 introduïdes) de les quals només 13 presenten una població estable.L'estudi de l'hàbitat s'ha centrat a l'Estany, l'element principal del sistema lacustre, analitzant per separat la zona litoral i la zona limnètica. En el primer cas s'han realitzat les captures d'individus mitjançant pesca elèctrica des d'una embarcació adaptada per aquesta pràctica. La totalitat del litoral ha estat dividida en trams de característiques homogènies on s'han obtingut les captures per unitat d'esforç per cada espècie. El mostreig s'ha desenvolupat entre l'estiu de 1997 i la primavera del 2000 realitzant un total de 10 campanyes de pesca. Les espècies més abundants al litoral són la perca americana (Micropterus salmoides) i el peix sol (Lepomis gibbosus), essent també presents la perca (Perca fluviatilis), carpa (Cyprinus carpio) i el gardí (Scardinius erythrophthalmus). S'han capturat altres espècies com ara anguila (Anguilla anguilla), bagra (Squalius cephalus), sandra (Sander lucioperca), carpí (Carassius auratus) i madrilleta vera (Rutilus rutilus), però són molt menys abundants en nombre. S'ha examinat, per cadascuna de les espècies, si existeix selecció de l'hàbitat i en cas afirmatiu, quin és el preferent en base a la classificació del litoral en sis tipus de vegetació predominant. Les espècies més abundants, perca americana i peix sol, ocupen tots els hàbitats disponibles però amb una densitat diferent. La perca mostra també una clara selecció de l'hàbitat a favor de les zones molt estructurades amb abundant presència de jonca litoral. Carpa i gardí seleccionen els ambients més fondos amb major presència de matèria orgànica d'origen vegetal procedent del bogar. En general els individus ocupen les zones amb una densitat de vegetació intermèdia, majoritàriament zones de jonca a l'estiu i zones amb mansega a l'hivern, on troben refugi i els recursos tròfics necessaris. La perca americana, a més, presenta una elevada fidelitat a un mateix punt del litoral al llarg de la seva vida.La zona limnètica ha estat prospectada mensualment mitjançant ecosondació, realitzant transectes perpendiculars a l'eix principal de l'Estany, cobrint la seva totalitat. La composició d'espècies s'ha obtingut a partir de les captures fetes amb xarxes (tresmalls) amb periodicitat estacional. L'anàlisi geoestadística de la densitat de peixos ha permès descriure l'estructura espacial d'aquesta a partir dels variogrames, així com la seva variabilitat tant espacial com temporal, i obtenir els mapes de densitat. A l'hivern, la densitat de peixos a la zona limnètica assoleix els seus valors mínims i els individus es troben formant agregats dispersos, pels diferents estrats de fondària. A partir de la primavera la densitat augmenta, pel reclutament i la major freqüència d'individus que abandonen el litoral; la densitat esdevé més homogènia a les primer capes de fondària. A l'estiu la densitat és màxima i l'estrat més homogeni coincideix amb la posició de la termoclina. Aquest estructura varia en disminuir la temperatura i barrejar-se la columna d'aigua, tornant a la situació hivernal. La perca i la madrilleta vera són les espècies predominants en aquest ambient, juntament amb la carpa. La seva distribució no és homogènia i respon a les característiques limnològiques de les diferents cubetes de l'Estany. Una particularitat d'aquest, relacionada amb el seu origen càrstic, es la formació d'una ploma hidrotermal que afecta la distribució dels peixos, probablement en augmentar la terbolesa.S'ha integrat l'ús de l'hàbitat de les espècies que ocupen tant la zona limnètica com la litoral a partir del seguiment d'individus, concretament de perca i bagra. S'ha utilitzat un sistema automàtic de posicionament que estima la localització dels individus marcats amb transmissor de telemetria acústica. L'anàlisi dels desplaçaments mostra un rang superior per la bagra en comparació amb la perca. Ambdues espècies mostren una orientació en els seus desplaçaments. La perca ocupa el litoral a la nit i es desplaça a la zona limnètica de dia, amb un ritme d'activitat marcat per dos màxims coincidint amb la sortida i posta de sol; en canvi la bagra mostra una major activitat nocturna amb zones de repòs properes al litoral. S'ha estimat igualment els dominis vital de cada individu marcat. / Habitat use and spatial distribution patterns of fish community from Lake Banyoles has been studied. Fish assemblage of this lake is the result of a long history of fish introductions and its current state has been assessed showing a high diversity with 14 exotic species and 4 native species. This study has been focused in the Lake, the main element of Banyoles's karstic system. Fish were captured in the littoral zone using a electrofishing boat. The whole perimeter of the lake was divided in 43 transects or sample units where all the fish were captured, processed and, finally, released at the same position. Sampling was divided in ten campaigns, between summer 1997 and winter 1999. Largemouth bass (Micropterus salmoides) and pumpkinseed sunfish (Lepomis gibbosus) were the most abundant in littoral zone. Other catches correspond to perch (Perca fluviatilis), common carp (Cyprinus carpio) and rudd (Scardinius erythrophthalmus). Habitat selection was analysed using both, the Manly Index of selection and the analysis of variance. Results showed that juvenile of largemouth bass, pumpkinseed sunfish and perch present a positive selection of habitat were Schoenoplectus litoralis or Cladium mariscus are dominants. Common carp and rudd present selection of littoral zones with Typha. Habitat selection is related with structurally complex environments. Perch and largemouth bass show temporal variation in the habitat distribution and smaller sizes preferred the intermediate vegetation density. Large bass presented also a high site fidelity. Limnetic zone was prospected monthly from December 1997 until December 1999, using both echosounding and trammel nets. Different species were detected including perch (Perca fluviatilis), roach (Rutilus rutilus), common carp (Cyprinus carpio), chub (Squalius cephalus) and pikeperch (Sander lucioperca). Fish density was maximum in summer and minimum in autumn-winter. Spatial pattern was described using geostatistics. In winter, fish formed aggregates in the center of the lake; with the increasing of fish density, in summer, the spatial distribution became more homogeneous with a maximum located at the same depth than thermocline. Abundance of different species varied with depth and limnological characteristics of basins. Also, the development of a hydrothermal plume due to underwater inflow, increase the turbidity of different parts of the lake altering fish distribution which avoid the presence of sediments. In order to monitoring the movements of perch and chub, 14 individuals were tagged with ultrasonic transmitters. Movements were followed by means of an automatic system showing a partition of habitat use between littoral zone and limnetic zone. Chub describes a pattern of movements bigger than perch but both species presents a main orientation of paths according with basin morphology. Activity (measured as velocity of displacements) was maximum at dawn and dusk in perch, with a diurnal increase while chub activity can be considered nocturnal.

Tesis por compendio / [ES] Los tiburones y rayas aparecieron hace 420 millones de años, conformando el antiguo y ecológicamente diverso, grupo de vertebrados acuáticos conocido como elasmobranquios. Este variado grupo posee unas estrategias vitales que los hace muy vulnerables a los cambios rápidos del entorno, como los derivados de la acción antrópica. Pese a ser elementos clave en la regulación de los ecosistemas en los que habitan, en la actualidad, se trata de uno de los grupos vertebrados más amenazados del planeta. Paralelamente a la conservación in situ, los programas de conservación ex situ se pueden utilizar para mejorar la situación de algunas especies sensibles. Entre estos programas, los planes de cría en cautividad aumentarían la sostenibilidad de acuarios públicos y centros de investigación, además de permitir el desarrollo de estrategias de conservación en estado salvaje. Sin embargo, para que sean efectivos, estos planes deberían incluir el uso de técnicas de reproducción asistida. Desafortunadamente, estas técnicas apenas se han desarrollado en el pasado, por lo que su utilidad no se ha demostrado adecuadamente. Esta tesis aborda el uso de técnicas de reproducción en elasmobranquios, con énfasis en la obtención y preservación del esperma. Inicialmente, se centró en dos especies modelo, Scyliorhinus canicula y Raja radula, pero luego se incluyeron otras especies. Esto reveló variabilidad en las estructuras reproductivas, lo que puede afectar la eficacia y calidad de las técnicas. Los capítulos 1 y 2 se enfocaron en catalogar y describir estas estructuras en diversas especies, destacando las mejores prácticas de obtención de gametos e inseminación. La conservación a corto, medio y largo plazo del esperma es esencial para planes ex situ, reduciendo el transporte de machos, conflictos durante el cortejo y endogamia. El Capítulo 3 detalla fórmulas para mantener el esperma fresco y un medio para su supervivencia por más de 30 días. Luego, se describe la criopreservación del esperma de varias especies de rayas y tiburones mediante crioprotectores. El Capítulo 4 aborda desafíos en la manipulación de espermatozoides elasmobranquios debido a su morfología helicoidal y la formación de agregaciones llamadas espermatozeugma. Se resalta la importancia de la viscosidad en las técnicas de reproducción asistida. En la Discusión, se compara la eficacia de los métodos y se exploran nuevas oportunidades al tener acceso a diversas especies. Esto incluye descripciones detalladas con análisis de imagen, evaluación de viscosidad y agregados en la preservación, y la consideración de inseminaciones artificiales. / [CA] Els taurons i les ratjades van aparèixer fa 420 milions d'anys, formant el grup conegut com a elasmobranquis. Aquest grup divers posseeix estratègies vitals que els fan molt vulnerables als canvis ràpids de l'entorn. Malgrat ser elements clau en la regulació dels ecosistemes on habiten, actualment són un dels grups més amençats del planeta. Els programes de conservació ex situ es poden utilitzar per millorar la situació d'algunes espècies. Entre aquests programes, els plans de cria en captivitat augmentarien la sostenibilitat dels aquaris públics i els centres de recerca, a més de permetre el desenvolupament d'estratègies de conservació a l'estat salvatge. No obstant això, aquests plans haurien d'incloure l'ús de tècniques de reproducció assistida. Desafortunadament, aquestes tècniques gairebé no s'han desenvolupat en el passat. Davant d'aquesta situació, aquesta tesi pretén omplir certes mancances en el coneixement sobre l'ús d'aquestes tècniques en diverses espècies d'elasmobranquis. La nostra investigació va començar centrant-se especialment en dues espècies model, el tauró gat Scyliorhinus canicula i la ratjada peluda Raja radula, però al llarg de l'estudi es va aconseguir tenir accés a altres espècies. Aquest accés ens va permetre ser conscients de la gran variabilitat en la disposició de les estructures del sistema reproductor. Malgrat que en la literatura hi ha descripcions generals i, en ocasions, detallades dels sistemes reproductors de certes espècies, aquestes descripcions mai s'han centrat en l'aplicació pràctica de les tècniques de reproducció assistida. Per aquest motiu, els capítols 1 i 2 es van centrar en la catalogació i descripció de les diferents estructures d'espècies que abasten un ampli espectre taxonòmic. La conservació de l'esperma juga un paper clau per poder desenvolupar plans de conservació en condicions ex situ. Disposar d'esperma de qualitat permet limitar el transport de mascles entre institucions, minimitzar problemes derivats de la manca de sincronia entre adults reproductors, reduir conflictes durant èpoques d'aparellament i reduir l'endogàmia. El tercer capítol es centra en com es van desenvolupar i provar diferents fórmules per aconseguir el manteniment en fresc de l'esperma, fins a aconseguir un medi on diluir l'esperma capaç de mantenir-lo amb vida durant més de 30 dies. Posteriorment, mitjançant l'addició de diversos crioprotectors (ou, DMSO i metanol) en diverses concentracions, s'explica com es va aconseguir la criopreservació de l'esperma de diverses espècies de ralles i, per primer cop, la criopreservació de l'esperma de diverses espècies de taurons. Un dels primers obstacles que es van detectar en treballar amb els espermatozoides es va deure a la morfologia d'aquestes cèl·lules en comparació amb les d'altres espècies. El cap dels espermatozoides presenta una forma helicoidal, amb un nombre variable de voltes en funció de l'espècie. A més, en moltes ocasions les cèl·lules no apareixen lliures en el fluid seminal, sinó que formen agregacions estructurades anomenades espermatotzeugma. Al llarg del capítol 4 s'explora com aquestes dues característiques sorgeixen com a resultat de la fecundació interna i les característiques mecàniques del medi en què han de realitzar la seva funció. Per primer cop, es pot observar com les cèl·lules reaccionen davant mitjans amb diferents propietats, posant de relleu la importància de la viscositat en l'aplicació de tècniques de reproducció assistida. Finalment, a la discussió, es compara l'eficàcia dels mètodes emprats i s'explora nous camins d'acció sorgits de tenir accés a més individus de diferents espècies. Això inclou la possibilitat de fer descripcions detallades mitjançant tècniques d'anàlisi d'imatge, avaluar la importància de la viscositat i els agregats en els processos de preservació i la possibilitat de realitzar inseminacions artificials. / [EN] Sharks and rays emerged 420 million years ago, forming the ancient and ecologically diverse group of aquatic vertebrates known as elasmobranchs. This diverse group possesses vital strategies that make them highly vulnerable to rapid environmental changes, such as those resulting from human activities. Despite being key elements in the regulation of the ecosystems they inhabit, they are currently one of the most threatened vertebrate groups on the planet. In parallel with in-situ conservation efforts, ex-situ conservation programs can be used to improve the status of some sensitive species. Among these programs, captive breeding plans would enhance the sustainability of public aquariums and research centers, as well as enable the development of conservation strategies in the wild. However, for these plans to be effective, they should include the use of assisted reproduction techniques. Unfortunately, these techniques have been scarcely developed in the past, and their utility has not been adequately demonstrated. This thesis addresses the use of reproduction techniques in elasmobranchs, with an emphasis on sperm retrieval and preservation. Initially, it focused on two model species, Scyliorhinus canicula and Raja radula, but later, other species were included. This revealed variability in reproductive structures, which can affect the effectiveness and quality of the techniques. Chapters 1 and 2 focused on cataloging and describing these structures in various species, highlighting best practices for gamete retrieval and insemination. The short, medium, and long-term conservation of sperm is essential for ex-situ plans, reducing the need for transporting males, conflicts during courtship, and inbreeding. Chapter 3 details formulas for maintaining sperm freshness and a medium for its survival for over 30 days. Subsequently, sperm cryopreservation in several species of rays and sharks is described using cryoprotectants. Chapter 4 addresses challenges in handling elasmobranch sperm due to its helical morphology and the formation of aggregates called spermatozeugma. The importance of viscosity in assisted reproduction techniques is emphasized. In the Discussion, the effectiveness of the methods is compared, and new opportunities are explored by having access to various species. This includes detailed descriptions with image analysis, viscosity assessment, and aggregate preservation, as well as the consideration of artificial inseminations. / This research was partially funded by the Fundación Biodiversidad ( ). PGS has a PhD contract from the European Union through the Operational Program of the European Social Fund (ESF) of the Comunitat Valenciana 2014–2020 ACIF 2018 (ACIF/2018/147). VG has a postdoc contract from the MICIU, Programa Juan de la Cierva-Incorporación (IJCI- 2017-34200). / García Salinas, P. (2023). Development and Application of Techniques for the Control of Captive Breeding in Elasmobranchs [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/201494 / Compendio

[ES] La selección de gametos de alta calidad es un requisito indispensable a tener en cuenta en los programas de reproduccion asistida. El desarrollo de herramientas biotecnológicas como la criopreservación de gametos, juega un papel importante en la producción acuicola y en la formación de bancos de germoplasma, que contribuiran luego en la mejora genética de las poblaciónes de peces, principalmente aquellas en peligro y que pudieran estar más afectadas ante futuros cambios climáticos. En la primera fase de esta tesis realizada en la Unesp, se trabajó con una especie neotropical de elevada importancia económica para la region Suramericana. La segunda fase realizada en la UPV se trabajó con la Anguila europea (Anguilla anguilla), una especie clasificada en la Lista Roja de la (UICN) como especie "en peligro crítico de extinción". En la primera fase se buscó caracterizar la composición bioquímica del plasma y las características seminales de la especie para evaluar las posibles relaciones entre estos parámetros. El plasma seminal estuvo principalmente compuesto por iones de sodio (Na+) y dentro de los componentes orgánicos sobresalieron las proteínas totales y la glucosa. A través del análisis de componentes principales (PCA) se observó que la motilidad tenía una fuerte correlación positiva con el tiempo de motilidad, la concentración de espermatozoides y las proteínas totales. Estos análisis sirvieron de base para la creación de una solución diluyente utilizada posteriormente en la sustancia crioprotectora. Luego se determinó la influencia del plasma seminal como constituyente de la solución crioprotectora en la criopreservación de semen de P. reticulatum. Se utilizaron tres tratamientos: glucosa 5% + metanol 10% (T1), a este crioprotector se le agregó 30% de plasma seminal natural (T2) y 30% de plasma seminal artificial en base a los resultados de los componentes bioquímicos del plasma determinados para la especie en el experimento anterior (T3). Se evaluaron parámetros de motilidad espermática, capacidad fecundante del semen criopreservado, así como fragmentación del ADN. El tratamiento T1 resultó con los mejores valores de motilidad seguido del T2, y la capacidad fertilizante de estos dos tratamientos fue similar al control, sin embargo, el tratamiento T2 mostró menos daño en el ADN. Mediante el PCA se demostró que T1 tenía una mejor relación positiva con la fertilidad y la motilidad total y progresiva. Finalmente, evaluamos las estructuras de las subpoblaciones espermáticas en cada uno de los tratamientos utilizados. Mediante análisis multivariado en dos etapas, fue posible determinar tres subpoblaciones espermáticas en el semen crioconservado de la especie, SP1 (rápido-lineal), SP2 (rápido-no lineal) y SP3 (lento-lineal). T1 presentó el mayor porcentaje de SP1, siendo confirmado por la efectividad en la protección de las células de este tratamiento en el proceso de criopreservación de la especie. En la segunda fase que se está llevó a cabo en la UPV, el objetivo general fue determinar el efecto de la temperatura y el pH del agua de mar sobre la motilidad de los espermatozoides en la Anguila europea. Se determinó que el bajo pH del agua de mar (6.5-7.4) disminuyó la motilidad de los espermatozoides de anguila en comparación con el control (pH= 8.2). Cuando estudiamos el efecto combinado del pH del plasma seminal artificial y el pH de ASW (7.8 y 8.2), no encontramos diferencias estadísticas en la motilidad y cinética de los espermatozoides en relación con el pH del plasma seminal artificial, pero sí el pH del agua de mar. Se encontraron valores más altos de motilidad total (MOT), FA(rápidos) y ME (médios) con un pH de 8.2 que con un pH de 7.8. En contraste, la temperatura del agua de mar no afectó los parámetros de motilidad de los espermatozoides o la longevidad de los espermatozoides en el contexto del cambio climático. / [CA] La selecció de gàmetes d'alta qualitat és un requisit indispensable a tenir en compte en els programes de reproducció assistida. El desenvolupament d'eines biotecnològiques com la criopreservació de gàmetes, juga un paper important en la producció aqüicola i en la formació de bancs de germoplasma, que contribuiran després a la millora genètica de les població de peixos, principalment aquelles en perill i que poguessin estar més afectades davant de futurs canvis climàtics. A la primera fase d'aquesta tesi realitzada a la Unesp, es va treballar amb una espècie neotropical d'elevada importància econòmica per a la regió sud-americana. La segona fase realitzada a la UPV es va treballar amb l'Anguilla europea (Anguilla anguilla), una espècie classificada a la Llista Vermella de la (UICN) com a espècie "en perill crític d'extinció". A la primera fase es va buscar caracteritzar la composició bioquímica del plasma i les característiques seminals de l'espècie per avaluar les possibles relacions entre aquests paràmetres. El plasma seminal va estar principalment compost per ions de sodi (Na+) i dins dels components orgànics van sobresortir les proteïnes totals i la glucosa. A través de l'anàlisi de components principals (PCA), es va observar que la motilitat tenia una forta correlació positiva amb el temps de motilitat, la concentració d'espermatozoides i les proteïnes totals. Aquestes anàlisis van servir de base per a la creació d'una solució diluent utilitzada posteriorment a la substància crioprotectora. Després es va determinar la influència del plasma seminal com a constituent de la solució crioprotectora en la criopreservació de semen de P. reticulatum. Es van utilitzar tres tractaments: glucosa 5% + metanol 10% (T1), a aquest crioprotector se li va afegir 30% de plasma seminal natural (T2) i 30% de plasma seminal artificial sobre la base dels resultats dels components bioquímics del plasma determinats per a l'espècie a l'experiment anterior (T3). S'avaluaren paràmetres de motilitat espermàtica, capacitat fecundant del semen criopreservat, així com fragmentació de l'ADN. El tractament T1 va resultar amb els millors valors de motilitat seguit del T2, i la capacitat fertilitzant d'aquests dos tractaments va ser similar al control, però el tractament T2 va mostrar menys mal a l'ADN. Mitjançant el PCA es va demostrar que T1 tenia una millor relació positiva amb la fertilitat i la motilitat total i progressiva. Finalment, avaluem les estructures de les subpoblacions espermàtiques a cadascun dels tractaments utilitzats. Mitjançant anàlisi multivariada en dues etapes, va ser possible determinar tres subpoblacions espermàtiques en el semen crioconservat de l'espècie, SP1 (ràpid-lineal), SP2 (ràpid-no lineal) i SP3 (lent-lineal). T1 va presentar el percentatge més gran de SP1, i va ser confirmat per l'efectivitat en la protecció de les cèl·lules d'aquest tractament en el procés de criopreservació de l'espècie. A la segona fase que es va dur a terme a la UPV, l'objectiu general va ser determinar l'efecte de la temperatura i el pH de l'aigua de mar sobre la motilitat dels espermatozoides a l'Anguila europea. Es va determinar que el pH baix de l'aigua de mar (6.5-7.4) va disminuir la motilitat dels espermatozoides d'anguila en comparació del control (pH= 8.2). Quan estudiem l'efecte combinat del pH del plasma seminal artificial i el pH d'ASW (7.8 i 8.2), no trobem diferències estadístiques en la motilitat i la cinètica dels espermatozoides en relació amb el pH del plasma seminal artificial, però sí el pH de l'aigua de mar. Es van trobar valors més alts de motilitat total (MOT), FA(ràpids) i ME (metges) amb un pH de 8.2 que amb un pH de 7.8. En contrast, la temperatura de l'aigua de mar no va afectar els paràmetres de motilitat dels espermatozous o la longevitat dels espermatozous en el context del canvi climàtic. / [EN] The selection of high-quality gametes is an essential requirement to take into account in assisted reproduction programs. The development of biotechnological tools such as cryopreservation of gametes plays an important role in aquaculture production and in the formation of germplasm banks, which will later contribute to the genetic improvement of fish populations, mainly those in danger and that could be more affected by future climate changes. In the first phase of this thesis carried out at Unesp, we worked with a neotropical species of high economic importance for the South American region. The second phase carried out at the UPV worked with the European Eel (Anguilla anguilla), a species classified on the (IUCN) Red List as a "critically endangered" species. In the first phase, we sought to characterize the biochemical composition of the plasma and the seminal characteristics of the species to evaluate the possible relationships between these parameters. The seminal plasma was mainly composed of sodium ions (Na+) and within the organic components, total proteins and glucose stood out. Through principal component analysis (PCA) it was observed that motility had a strong positive correlation with motility time, sperm concentration and total proteins. These analyzes served as the basis for the creation of a diluent solution later used in the cryoprotective substance. Then the influence of seminal plasma as a constituent of the cryoprotectant solution in the cryopreservation of P. reticulatum semen was determined. Three treatments were used: 5% glucose + 10% methanol (T1), 30% natural seminal plasma (T2) and 30% artificial seminal plasma were added to this cryoprotectant based on the results of the determined biochemical components of the plasma. for the species in the previous experiment (T3). Parameters of sperm motility, fertilizing capacity of cryopreserved semen, as well as DNA fragmentation were evaluated. Treatment T1 resulted with the best motility values followed by T2, and the fertilizing capacity of these two treatments was similar to the control, however, treatment T2 showed less DNA damage. Using PCA, it was shown that T1 had a better positive relationship with fertility and total and progressive motility. Finally, we evaluated the structures of the sperm subpopulations in each of the treatments used. Through two-stage multivariate analysis, it was possible to determine three sperm subpopulations in the cryopreserved semen of the species, SP1 (fast-linear), SP2 (fast-nonlinear) and SP3 (slow-linear). T1 presented the highest percentage of SP1, being confirmed by the effectiveness in protecting the cells of this treatment in the cryopreservation process of the species. In the second phase that is being carried out at the UPV, the general objective was to determine the effect of temperature and pH of seawater on sperm motility in the European Eel. It was determined that the low pH of seawater (6.5-7.4) decreased the motility of eel sperm compared to the control (pH= 8.2). When we studied the combined effect of the pH of the artificial seminal plasma and the pH of ASW (7.8 and 8.2), we did not find statistical differences in the motility and kinetics of the sperm in relation to the pH of the artificial seminal plasma, but we did find the pH of the water of sea Higher values of total motility (MOT), FA (fast) and ME (medium) were found at a pH of 8.2 than at a pH of 7.8. In contrast, seawater temperature did not affect sperm motility parameters or sperm longevity in the context of climate change. / I also thank the Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel (CAPES/PROEX) (N° 88887.302629/2018-00), National Council for Scientific, Technological Development CNPq (N° 200452/2022-3) and the Brazilian fostering agencies Foundation for Research Support of the State of Sao Paulo FAPESP (N° 2020/15020-0), for its financial support in Brazil. In Spain, the ThinkInAzul programme, supported by the Spanish Ministry of Science and Innovation (MCIN) with funding from the European Union NextGenerationEU (PRTR-C17.I1) and the Generalitat Valenciana (THINKINAZUL/2021/012) to SEASPERM, which has made it possible the preparation of this work. To the AUIP (Ibero-American Postgraduate University Association) for the Academic Mobility scholarship between Institutions Associated with the AUIP 2022 / Padilla Sánchez, M. (2023). Sperm Quality and Cryopreservation in Teleost: Effect of Seminal Plasma Component and Climate Change [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/201549

La presente Tesis Doctoral tiene como objetivo profundizar en los conocimientos sobre ritmos biológicos y comportamiento alimentario de tres especies de peces teleósteos de interés en acuicultura: tenca (Tinca tinca), trucha alpina (Salvelinus alpinus) y lubina (Dicentrarchus labrax).Con este fin se ha investigado la influencia de factores bióticos y abióticos en la sincronización de los ritmos de actividad locomotora y alimentaria, así como el carácter endógeno y/o exógeno de estos ritmos. A su vez, se ha profundizado en el comportamiento individual de truchas alpinas mantenidas en grupo, mediante una nueva metodología que permite estudiar los ritmos de demanda voluntaria de alimento y la autoselección dietaria de los individuos. Asimismo, se ha analizado la influencia de los niveles endógenos de melatonina, modificados mediante la administración de melatonina exógena y de su aminoácido precursor (triptófano) en la dieta, sobre la concentración de cortisol y el ritmo de actividad locomotora en lubina. / This Doctoral Thesis deeps into the knowledge about biological rhythms and feeding behaviour in three teleostean fish species of interest in aquaculture: tench (Tinca tinca), Arctic charr (Salvelinus alpinus) and European sea bass (Dicentrarchus labrax). With this aim, the influence of biotic and abiotic factors has been researched in the field of synchronization of locomotor and feeding rhythms, as far as the endogenous or exogenous character of these rhythms. Moreover, individual feeding behaviour of Arctic charr kept in groups has been studied trying a new methodology which allows the monitoring of feeding demands and dietary self-selection of individuals. Furthermore, influence of endogenous melatonin modified through exogenous melatonin and its precursor amino acid (tryptophan) administration in the diet, in the cortisol levels and locomotor activity rhythms in sea bass were analysed.

En la presente tesis doctoral se aborda el estudio de las comunidades de peces presentes en las zonas someras litorales del Mar Menor. La comunidad objeto de estudio estuvo conformada principalmente por individuos en estado de postlarva e individuos juveniles, junto con los adultos de especies de talla pequeña.Los objetivos planteados fueron:A) Caracterización específica de la ictiofauna.B) Análisis de la biología poblacional y relaciones con el hábitat de especies de peces bentónicos.C) Análisis de las relaciones entre los tipos de hábitats litorales y la comunidad de peces.Los resultados obtenidos ponen de manifiesto la elevada importancia de las zonas someras litorales de la laguna como hábitats esenciales para la multitud de especies ícticas, tanto aquellas que poseen interés pesquero comercial (familias Atherinidae, Mugilidae y Sparidae) como aquellas que presentan interés conservacionista (familias Cyprinodontidae y Syngnathidae). / The present PhD thesis investigates the small-sized fish assemblages in the shallow littoral areas of the Mar Menor coastal lagoon. The study was focused on juveniles of migrant fish species that recruit into the lagoon and short-lived resident fish species that spend their entire lives in it.The objectives were:A) To characterize the fish assemblages.B) To examine population biology and habitat associations of benthic fish species.C) To analyse the relationship between littoral habitat types and fish assemblages.The results pointed out the importance of shallow littoral areas of the lagoon as essential habitats for many fish species, both juvenile fish species of commercial interest (Atherinidae, Mugilidae and Sparidae families) and threatened fish species (Cyprinodontidae and Syngnathidae families).

Los complejos ciclos de vida que tienen muchos parásitos permiten utilizarlos como indicadores de la biología y del comportamiento de sus hospedadores. Los parásitos en los peces de aguas continentales constituyen un grupo muy interesante para realizar estudios poblacionales y comunitarios. Uno de los peces que posee mayor importancia económica en los ambientes acuáticos continentales de Argentina, es el pejerrey bonaerense, Odontesthes bonariensis. Su explotación se basa principalmente en la pesca deportiva, constituyendo un gran atractivo turístico. La disminución numérica del pejerrey en diversos cuerpos de agua, ha motivado el desarrollo de la aterinicultura, cuyos orígenes se remontan a principios del siglo pasado. El objetivo principal de este trabajo fue ampliar el conocimiento de los aspectos sistemáticos, biológicos y ecológicos de las especies parásitas que afectan a O. bonariensis. Se seleccionaron dos cuerpos de agua de la provincia de Buenos Aires; las lagunas Salada Grande y Lacombe, en las que se realizaron muestreos estacionales durante dos años consecutivos. Se realizaron las descripciones de 10 taxa parásitos en O. bonariensis, de los cuales, tres fueron citados previamente para este hospedador (Austrodiplostomum mordax, Cangatiella macdonaghi y Contracaecum sp.) y los siete restantes, constituyen nuevas citas para el pejerrey (Thometrema bonariensis, Saccocoelioides sp., Hysterothylacium rhamdiae, Wolffhugelia matercula, Eimeria sp., Ascocotyle (Phagicola) diminuta y Ascocotyle (Ascocotyle) tenuicollis. En los pejerreyes de los ambientes estudiados predominaron los parásitos generalistas con ciclos de vida heteroxenos. El número de especies parásitas con ciclos de vida autogénicos y alogénicos fue similar. Se estudió la dieta de los pejerreyes capturados y su relación con los parásitos hallados. La dieta estuvo constituida principalmente por plancton y los alimentos ocasionales (Palaemonetes argentinus, Heleobia parchappei, restos de peces, ostrácodos, larvas de chironómidos y restos de vegetación), se hallaron en escasa proporción (<5%). El espectro trófico de los pejerreyes fue más variado en la laguna Salada Grande que en la laguna Lacombe. La modalidad de dieta planctófaga se encontró asociada positivamente con la presencia de C. macdonaghi, Contracaecum sp., Eimeria sp., A. mordax, A. (P.) diminuta y A. (A.) tenuicollis. Sin embargo, en los casos de las últimas tres especies, la asociación positiva podría estar relacionada con las elevadas prevalencias de estos parásitos y la dieta casi exclusivamente planctónica de los hospedadores examinados. En los casos de C. macdonaghi, Contracaecum sp. y Eimeria sp., esta asociación podría indicar la intervención de crustáceos en su ciclo de vida. La presencia de H. parchappei se encuentra asociada directamente a Saccocoelioides sp. y a T. bonariensis, dado que el pejerrey es parasitado por estos digeneos al ingerir moluscos infestados. Se estudió la distribución de las metapoblaciones parásitas en la población hospedadora y se observó que todos los parásitos presentan distribución agregada, la cual puede ser descripta por el modelo binomial negativo. Se describió el patrón estacional de las metapoblaciones parásitas halladas; Eimeria sp., A. (P.) diminuta y A. (A.) tenuicollis, se mantuvieron estables durante los dos años de muestreo y las demás especies presentaron variaciones estacionales significativas, aunque en la mayoría no se pudo detectar un claro patrón estacional. La ausencia de claros patrones estacionales podría estar relacionada con el rol que cumple O. bonariensis en los ciclos de vida de los parásitos hallados, dado que actúa como hospedador intermediario de especies generalistas (A. mordax, Contracaecum sp., H. rhamdiae), que se encuentran dispersas en varias especies de peces del ecosistema lagunar. Se estudio el patrón de infección C. macdonaghi, el reclutamiento de nuevos individuos y la formación de huevos se produce durante todas las estaciones del año, sin embargo no todos los individuos llegan a la madurez sexual. Se considera que la competencia intraespecífica y la deficiente fijación de los individuos al intestino, constituyen los factores más importantes que intervienen en la pérdida de los individuos inmaduros y maduros. Se analizó el hábitat preferencial de las especies localizadas en el tracto digestivo, en los casos de infecciones intestinales monoespecíficas, los individuos de C. macdonaghi y T. bonariensis se ubican preferentemente en el sector anterior del intestino y los individuos de W. matercula y Saccocoelioides sp. se distribuyen en el sector medio y posterior del intestino. En los hospedadores donde se detectaron infecciones mixtas se mantuvo la misma distribución de los helmintos. La ausencia de fenómenos de desplazamiento puede relacionarse con las bajas prevalencias y abundancias medias de T. bonariensis, W. matercula y Saccocoelioides sp. en el pejerrey. Se analizó la relación entre la prevalencia, la intensidad media y la abundancia media de las metapoblaciones parásitas y la talla y el sexo del hospedador; se observó una correlación positiva (A. mordax, Eimeria sp., A. (P.) diminuta) o ausencia de correlación (C. macdonaghi y A. (A.) tenuicollis) con respecto a la talla del hospedador y en la mayoría de las metapoblaciones parásitas no se encontraron diferencias significativas en ambos sexos. El análisis de los efectos de las metacercarias de A. mordax en la población hospedadora, indicó que no existen evidencias para afirmar que estas metacercarias provoquen alteraciones en la alimentación ni deformaciones en la columna vertebral. Se estudió la estructura y dinámica de las comunidades parásitas en O. bonariensis, tanto a nivel de comunidad componente como de infracomunidad. Las comunidades parásitas de las lagunas Salada Grande y Lacombe tienen una similitud del 60%. La riqueza específica, el número de especies de especies centrales, la diversidad, la predictibilidad, el número medio y máximo de especies por infracomunidad fueron superiores en los pejerreyes de la laguna Salada Grande. Estas diferencias pueden relacionarse con la mayor talla de los ejemplares capturados en la laguna Salada Grande, su mayor espectro trófico y con características del ambiente (mayor tamaño y mayor abundancia de aves y moluscos). La estructura comunitaria no experimentó diferencias significativas relacionadas con la talla y el sexo del hospedador, excepto en el caso de los porcentajes de dominancia de C. macdonaghi en la laguna Lacombe, los cuales fueron mayores en los machos. Estos resultados coinciden con los obtenidos al analizar la dinámica estacional de esta especie y se relacionan con fenómenos fisiológicos y con la distribución diferencial durante la época reproductiva de los machos y hembras en el cuerpo de agua. Las comunidades parásitas del pejerrey de las lagunas Lacombe y Salada Grande presentan características que las acercan a las comunidades aislacionistas.

Los estudios acerca de la ecología trófica de los peces, en los cuales se relacionan la biología y fisiología de las especies con su hábitat, régimen alimentario, tipo de dieta y relaciones bióticas, aportan información básica y necesaria para comprender el papel ecológico que desempeñan estos organismos dentro del ecosistema que habitan, y por lo tanto para establecer protocolos de gestión de sus poblaciones. Esta tesis aporta un mayor conocimiento de la biología, fenología y hábitos alimenticios de cinco especies de peces bentónicos de interés comercial en el litoral valenciano y de los cuales la información es escasa, como son el salmonete de roca (Mullus surmuletus), el lenguado tigre (Synaptura lusitanica), la escorpa (Scorpaena scrofa), la rata (Uranoscopus scaber) y el torpedo común o vaca (Torpedo torpedo). Así mismo, relacionar la importancia que tienen los aspectos de tipo ecológico y fisiológico de los peces con la incorporación de sustancias contaminantes como metales pesados (Cd, Pb, Cu y Zn) y conocer sus patrones de acumulación en diferentes órganos y tejidos. Los resultados indican que estas especies son pescadas en toda la bahía, de forma artesanal y con trasmallo, a profundidades que oscilan entre los 6m y los 20m y a lo largo de todo el año. Su distribución y abundancia se ve condicionada principalmente por factores como la estacionalidad y algunas especies como S. scrofa y T. torpedo presentan una segregación por sexos en su patrón de distribución. . La mayoría de las especies tienen su período de maduración sexual y desove en los meses de primavera y comienzo del verano. Estas épocas coinciden con períodos de reclutamiento de juveniles, siendo además favorables en cuanto a la acumulación de reservas energéticas corporales. Las preferencias dietarias que hemos encontrado en las especies estudiadas fueron variadas, de tal manera que M. surmuletus se alimenta de presas pequeñas pero abundantes, predominando los crustáceos. / Jaramillo Londoño, ÁM. (2009). Estudio de la biología trófica de cinco especies de peces bentónicos de la costa de Cullera. Relaciones con la acumulación de metales pesados [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/8320 / Palancia

Tesis por compendio / [ES] La producción en acuicultura se ha visto menguada por aparición de enfermedades en los sistemas de cría de peces. En concreto, en la dorada (Sparus aurata), hay dos parásitos destacados: Enteromyxum leei (Myxozoa) y Enterospora nucleophila (Microsporidia). Hasta la fecha, para ninguno de los dos se ha establecido un cultivo in vitro, y solo para E. leei se ha conseguido establecer un modelo de mantenimiento de la infección in vivo. La presente tesis pretende incrementar el conocimiento sobre estos parásitos y sus relaciones con el hospedador, sentando las bases para generar soluciones que puedan ser aplicadas en la acuicultura. El objetivo con E. leei fue estudiar la inmunidad adquirida inducida en la dorada y la posibilidad de generar herramientas de diagnóstico y vacunas frente a esta enfermedad. Para ello, primero se demostró la resistencia del pez al parásito tras una segunda exposición, la cual duró hasta 16 meses. Además, la resistencia parece estar correlacionada con altos niveles de inmunoglobulina (Ig) M específica en sangre, y una alta expresión de Igs, incluso antes de la re-exposición al parásito. El siguiente paso fue afinar el protocolo de infección con E. leei. Los resultados mostraron que una semana es suficiente para transmitir la infección de E. leei por efluente, independientemente de la temperatura. Tras la demostración de la respuesta adaptativa eficaz frente a E. leei, y al disponer de un modelo de infección refinado, se realizó un ensayo de inmunización pasiva. Aquí, los resultados mostraron que los anticuerpos especi'ficos efectivamente consigue ralentizar la invasión del intestino por el parásito y disminuir los síntomas de la enfermedad. Paralelamente, el resultado del análisis del repertorio de las regiones variables de la IgM e IgT del intestino peces resistentes mostró la inducción de una respuesta policlonal en las ce'lulas B. En base a estos resultados, se realizó una búsqueda de antígenos de E. leei que pudieran ser utilizados como candidatos para la producción de vacunas (análisis proteómico) o herramientas de diagnóstico (análisis in silico). Para ello, se ensambló un transcriptoma de novo utilizando una muestra mixta de intestino de dorada y parásito. Los resultados dieron lugar a 7 y 12 candidatos en la búsqueda in silico y proteómica, respectivamente. En los estudios de E. nucleophila, debido a que fue descrita muy recientemente, el punto de partida fue más básico. Las muestras de este parásito solo se pueden obtener de brotes naturales en piscifactorias. Por ello, primero se realizó un estudio de caracterización de la patología de la infección a partir de peces infectados naturalmente. En etapas tempranas de la infección, el parásito se localiza principalmente en el intestino, pero meses después, la prevalencia en intestino baja e incrementa en los órganos hematopoyéticos y el esto'mago. Los signos clínicos de la infección consistieron en una reducción significativa del crecimiento, emaciación, y palidez de las paredes intestinales. A nivel celular, en los casos ma's graves se observó hipercelularidad en el epitelio intestinal y proliferación de ce'lulas rodlet, un elevado número de linfocitos en la base del epitelio e infiltración de granulocitos acidófilos en el epitelio intestinal. Finalmente se probaron varias formas de transmisión horizontal de E. nucleophila (cohabitación, efluente, intubación oral y anal) con para desarrollar un modelo de mantenimiento in vivo. Se consiguió la transmisión el parásito por todas las vías, pero con una disminución de prevalencia a lo largo del tiempo. Variables como la temperatura, la dosis, y el estado de los peces donantes parecen ser más determinantes que la ruta seleccionada para la transmisión. Entre las rutas probadas, la intubación anal parece ser la más prometedora, pero ninguna de ellas fue capaz de reproducir los signos clínicos observados en las infecciones naturales. / [CA] La producció en aqüicultura s'ha vist minvada per aparició de malalties en els sistemes de cria de peixos. En concret, en l'orada (Sparus aurata), hi ha dos paràsits destacats: Enteromyxum leei (Myxozoa) i Enterospora nucleophila (Microsporidia). Fins avui, per a cap dels dos s'ha establert un cultiu in vitro, i només per a E. leei s'ha aconseguit establir un model de manteniment de la infecció in vivo. La present tesi pretén incrementar el coneixement sobre aquests paràsits i les seves relacions amb l'hoste, establint les bases per a generar solucions que puguin ser aplicades en l'aqüicultura. L'objectiu amb E. leei va ser estudiar la immunitat adquirida induïda en l'orada i la possibilitat de generar eines de diagnòstic i vacunes enfront d'aquesta malaltia. Per a això, primer es va demostrar la resistència del peix al paràsit després d'una segona exposició, la qual va durar fins a 16 mesos. A més, la resistència sembla estar correlacionada amb alts nivells d'immunoglobulina (Ig) M específica en sang, i una alta expressió de Igs, fins i tot abans de la re-exposició al paràsit. El següent pas va ser afinar el protocol d'infecció amb E. leei. Els resultats van mostrar que una setmana és suficient per a transmetre la infecció de E. leei per efluent, independentment de la temperatura. Després de la demostració de la resposta adaptativa eficaç enfront de E. leei, i en disposar d'un model d'infecció refinat, es va realitzar un assaig d'immunització passiva. Aquí, els resultats van mostrar que els anticossos específics efectivament aconsegueix alentir la invasió de l'intestí pel paràsit i disminuir els símptomes de la malaltia. Paral·lelament, el resultat de l'anàlisi del repertori de les regions variables de la IgM i IgT de l'intestí peixos resistents va mostrar la inducció d'una resposta policlonal en les cèl·lules B. Sobre la base d'aquests resultats, es va realitzar una cerca d'antígens de E. leei que poguessin ser utilitzats com a candidats per a la producció de vacunes (anàlisis proteómico) o eines de diagnòstic (anàlisi in silico). Per a això, es va assemblar un transcriptoma de novo utilitzant una mostra mixta d'intestí d'orada i paràsit. Els resultats van donar lloc a 7 i 12 candidats en la cerca in silico i proteòmica, respectivament. En els estudis de E. nucleophila, pel fet que va ser descrita molt recentment, el punt de partida va ser més bàsic. Les mostres d'aquest paràsit només es poden obtenir de brots naturals en piscifactorias. Per això, primer es va realitzar un estudi de caracterització de la patologia de la infecció a partir de peixos infectats naturalment. En etapes primerenques de la infecció, el paràsit es localitza principalment en l'intestí, però mesos després, la prevalença en intestí baixa i incrementa en els òrgans hematopoètics i l'estómac. Els signes clínics de la infecció van consistir en una reducció significativa del creixement, emaciació, i pal·lidesa de les parets intestinals. A nivell cel·lular, en els casos més greus es va observar hipercelularidad en l'epiteli intestinal i proliferació de cèl·lules rodlet, un elevat nombre de limfòcits en la base de l'epiteli i infiltració de granulòcits acidòfils en l'epiteli intestinal. Finalment es van provar diverses formes de transmissió horitzontal de E. nucleophila (cohabitació, efluent, intubació oral i anal) amb per a desenvolupar un model de manteniment in vivo. Es va aconseguir la transmissió el paràsit per totes les vies, però amb una disminució de prevalença al llarg del temps. Variables com la temperatura, la dosi, i l'estat dels peixos donants semblen ser més determinants que la ruta seleccionada per a la transmissió. Entre les rutes provades, la intubació anal sembla ser la més prometedora, però cap d'elles va ser capaç de reproduir els signes clínics observats en les infeccions naturals. / [EN] Aquaculture production is hampered by the emergence of parasite diseases in fish farming systems. Among them, in Sparus aurata, there are two important enteric parasites described: Enteromyxum leei (Myxozoa) Enterospora nucleophila (Microsporidia). To date, no in vitro culture has been established for either parasite, and only for E. leei was it possible to establish a model for maintaining the infection in vivo. The aim of this thesis is to gain new knowledge about these parasites and their relationship with the host, also the basic foundations for generating solutions that can be applied in aquaculture. The general objective for E. leei was to study the acquired immunity induced in gilthead bream and the possibility of generating diagnostic tools and vaccines against this disease. To this end, resistance against the parasite was assessed with a second exposure against the parasite, which showed a resistance for at least 16 months. Besides resistance seemed to be correlated with high levels of specific immunoglobulin (Ig) M in blood, and a high expression of Igs, in particular, the soluble forms, even before re-exposure to the parasite. The next step was refining the protocol for effluent infection with E. leei by studying infection at different exposure time points, temperatures and population densities. The results showed that one week of exposure is sufficient to spread E. leei infection by effluent, regardless of temperature. After demonstrating the resistance against E. leei, and with a refined infection model, a passive immunization assay was performed. The results showed that the serum with specific antibodies effectively slows down the invasion of the gut by the parasite and reduces the symptoms of the disease. At the same time, the analysis of the repertoire of the variable regions of intestinal IgM and IgT showed an induction of a polyclonal response in B cells. On the basis of these results, a research was carried out for E. leei antigens that could have use as candidates for the production of vaccines (proteomic study) or diagnostic tools (in silico study) using the parasite transcriptomic data. To do this, a de novo transcriptome was assembled using a mixed sample of gilthead sea bream and parasite, with a posterior filtrate of the sequences. The In silico and proteomic analysis search resulted in 7 and 12 transcripts, respectively, which are being used for diagnostic and vaccine production. The starting point was more basic in E. nucleophila studies, since this is a recently described disease. The samples of this parasite can only be obtained from natural outbreaks in fish farms. Therefore, first study was carried out to characterize the pathology of the infection of naturally infected fish. In the early stages of the infection, the parasite is mainly located in the intestine, but months later, the prevalence is lower in the intestine and increases in the hematopoietic organs and the stomach. Clinical signs of infection were significant reduction in growth, wasting, and intestinal walls paleness. At the cellular level, in the most severe cases hypercellularity in the intestinal epithelium, proliferation of rodlet cells, high number of lymphocytes at the base of the epithelium and infiltration of acidophilic granulocytes in the intestinal epithelium were observed. Finally, horizontal transmission of E. nucleophila was tried using different transmission methods: cohabitation, effluent, and oral and anal intubation. Transmission of the parasite was achieved with all routes, but there was a decrease in prevalence over time in all cases except for the anal route. Variables such as temperature, dose, and the status of the donor fish appear to be more important than the selected route. Among the routes tested, anal intubation seemed to be the most promising, as it was sustained over a longer period of time, but none of them was able to reproduce the same clinical signs of infection observed in natural infections. / The authors kindly acknowledge the collaboration of anonymous fish farming companies allowing access to the animals during the disease outbreaks. We thank J. Monfort and L. Rodríguez (IATS-CSIC) for the technical assistance on histological processing.This work has been carried out with financial support from the European Union and the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO) under grant projects ParaFishControl (H2020-634429) and AGL2013-R-48560-C2-2-R, respectively. APS was contracted under ParaFishControl project. Primer sequences and access to the gilthead sea bream transcriptomic database were kindly provided by Prof. J. Pérez-Sánchez of the IATS- Nutrigenomics group. The authors thank I. Vicente for fish maintenance and technical assistance during samplings. The authors thank P. Boudinot (INRAE) for his help in designing and interpreting the immunoglobulin repertoire study and results, J. Pérez-Sánchez (IATS-CSIC) for providing access to the gilthead sea bream genome sequences to perform the repertoire analysis.This work was funded by the European Research Council (ERC Consolidator Grant 2016 725061 TEMUBLYM). / Picard Sánchez, MA. (2021). Control of enteric parasitic diseases of farmed gilthead sea bream: New insights into Enteromyxum leei (Myxozoa) and Enterospora nucleophila (Microsporidia) infections [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/167035 / TESIS / Compendio