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Semi-automated Ontology Generation for Biocuration and Semantic SearchWächter, Thomas 01 February 2011 (has links) (PDF)
Background:
In the life sciences, the amount of literature and experimental data grows at a tremendous rate. In order to effectively access and integrate these data, biomedical ontologies – controlled, hierarchical vocabularies – are being developed.
Creating and maintaining such ontologies is a difficult, labour-intensive, manual process. Many computational methods which can support ontology construction have been proposed in the past. However, good, validated systems are largely missing.
Motivation:
The biocuration community plays a central role in the development of ontologies. Any method that can support their efforts has the potential to have a huge impact in the life sciences.
Recently, a number of semantic search engines were created that make use of biomedical ontologies for document retrieval. To transfer the technology to other knowledge domains, suitable ontologies need to be created. One area where ontologies may prove particularly useful is the search for alternative methods to animal testing, an area where comprehensive search is of special interest to determine the availability or unavailability of alternative methods.
Results:
The Dresden Ontology Generator for Directed Acyclic Graphs (DOG4DAG) developed in this thesis is a system which supports the creation and extension of ontologies by semi-automatically generating terms, definitions, and parent-child relations from text in PubMed, the web, and PDF repositories. The system is seamlessly integrated into OBO-Edit and Protégé, two widely used ontology editors in the life sciences. DOG4DAG generates terms by identifying statistically significant noun-phrases in text. For definitions and parent-child relations it employs pattern-based web searches. Each generation step has been systematically evaluated using manually validated benchmarks. The term generation leads to high quality terms also found in manually created ontologies. Definitions can be retrieved for up to 78% of terms, child ancestor relations for up to 54%. No other validated system exists that achieves comparable results.
To improve the search for information on alternative methods to animal testing an ontology has been developed that contains 17,151 terms of which 10% were newly created and 90% were re-used from existing resources. This ontology is the core of Go3R, the first semantic search engine in this field. When a user performs a search query with Go3R, the search engine expands this request using the structure and terminology of the ontology. The machine classification employed in Go3R is capable of distinguishing documents related to alternative methods from those which are not with an F-measure of 90% on a manual benchmark. Approximately 200,000 of the 19 million documents listed in PubMed were identified as relevant, either because a specific term was contained or due to the automatic classification. The Go3R search engine is available on-line under www.Go3R.org.
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Integration von Generalisierungsfunktionalität für die automatische Ableitung verschiedener Levels of Detail von OpenStreetMap Webkarten / Integration of generalization functionality to derivate automatic different levels of detail in OpenStreetMap webmapsKlammer, Ralf 16 June 2011 (has links) (PDF)
OpenStreetMap (OSM) konnte sich seit der Gründung 2004 sehr schnell etablieren und stellt mittlerweile eine konkrete Alternative gegenüber vergleichbaren kommerziellen Anwendungen dar. Dieser Erfolg ist eindeutig auf das revolutionäre Grundkonzept des Projektes zurückzuführen. Weltweit werden räumliche Daten durch Mitglieder erhoben und dem Projekt OSM zur Verfügung gestellt. Über die zugrunde liegenden Lizenzbestimmungen wird sichergestellt, dass OSM-Daten frei verfügbar und kostenfrei weiter verwendbar sind. Vor allem die Vorstellung der Unabhängigkeit von proprietären Daten hat zu starker, weiterhin zunehmender globaler Beteiligung geführt. Resultierend daraus erreichen die verfügbaren Daten inzwischen hohe Dichte sowie Genauigkeit.
Visualisierungen in Form von interaktiven, frei skalierbaren Weltkarten, welche über die vollständig automatisierten Softwarelösungen Mapnik und Osmarender erstellt werden, sind am weitesten verbreitet. Infolgedessen müssen kartographische Grundsätze und Regeln formalisiert und implementiert werden. Insbesondere in Bezug auf kartographische Generalisierung treten teils erhebliche Mängel in den entsprechenden Umsetzungen auf. Dies bildet den Ausgangspunkt der Untersuchung. Ausgehend von einer Ist-Analyse werden vorhandene Defizite identifiziert und anschließend Möglichkeiten zur Integration von Generalisierungsfunktionalitäten untersucht.
Aktuelle Entwicklungen streben die Anwendung interoperabler Systeme im Kontext kartographischer Generalisierung an, mit dem Ziel Generalisierungsfunktionalitäten über das Internet bereitzustellen. Grundlage hierfür bilden die vom Open Geospatial Consortium (OGC) spezifizierten Web Processing Services (WPS). Sie ermöglichen die Analyse und Verarbeitung räumlicher Daten. In diesem Zusammenhang werden Web Generalization Services (WebGen-WPS) auf mögliche Integration in die Softwarelösungen untersucht und bilden somit einen zentralen Untersuchungsgegenstand der vorliegenden Arbeit.
Mapnik stellt, nicht zuletzt durch dessen offengelegten Quelltext („Open Source“), optimale Voraussetzungen für jene Implementierungen zur Verfügung. Zur Verarbeitung von OSM-Daten verwendet Mapnik die freie Geodatenbank PostGIS, welche ebenfalls Funktionalitäten zur Analyse und Verarbeitung räumlicher Daten liefert. In diesem Kontext wird zusätzlich untersucht, inwiefern PostGIS-Funktionen Potential zur Anwendung kartographischer Generalisierung aufweisen. / OpenStreetMap (OSM) has established very quickly since its founding in 2004 and has become a suitable alternative to similar commercial applications. This success is clearly due to the revolutionary concept of the project. Spatial data is collected by members world-wide and is provided to the project OSM. The underlying license aggreement ensures that OSM-Data is freely available and can be used free of charge. Primarily, the idea of independence from proprietary data has led to strong, still growing, global participation. Resulting from that, the available data is now achieving high density and accuracy.
Visualizations in form of interactive, freely scalable maps of the world, which are constructed by the fully automated software solutions Mapnik and Osmarender are most common. In consequence cartographic principles and rules must be formalized and implemented. Particularly with respect to cartographic generalization, some serious faults appear in the corresponding implementations. This is the starting point of this diploma thesis. Based on an analysis of the current state, actual existing deficiencies are identified and then examined for possibilities to integrate generalization functionalities.
Recent developments aim at the deployment of interoperable systems in the context of cartographic generalization, with the intention of providing generalization functionalities over the Internet. This is based on Web Processing Services (WPS) that where developed by the Open Geospatial Consortium (OGC). They enable the analysis and processing of spatial data. In this context, Web Generalization Services (Webgen-WPS) are examined for possible integration into the software solutions and represent therefore a central object of investigation within that examination.
Mapnik provides, not least through its “open source” code, ideal conditions for those implementations. Mapnik uses the “open source” spatial database PostGIS for the processing of OSM-Data, which also provides capabilities to analyze and process spatial data. In this context is examined in addition, to what extent the features have potential for implementation of cartographic generalization.
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Integrating Natural Language Processing (NLP) and Language Resources Using Linked DataHellmann, Sebastian 09 January 2014 (has links)
This thesis is a compendium of scientific works and engineering
specifications that have been contributed to a large community of
stakeholders to be copied, adapted, mixed, built upon and exploited in
any way possible to achieve a common goal: Integrating Natural Language
Processing (NLP) and Language Resources Using Linked Data
The explosion of information technology in the last two decades has led
to a substantial growth in quantity, diversity and complexity of
web-accessible linguistic data. These resources become even more useful
when linked with each other and the last few years have seen the
emergence of numerous approaches in various disciplines concerned with
linguistic resources and NLP tools. It is the challenge of our time to
store, interlink and exploit this wealth of data accumulated in more
than half a century of computational linguistics, of empirical,
corpus-based study of language, and of computational lexicography in all
its heterogeneity.
The vision of the Giant Global Graph (GGG) was conceived by Tim
Berners-Lee aiming at connecting all data on the Web and allowing to
discover new relations between this openly-accessible data. This vision
has been pursued by the Linked Open Data (LOD) community, where the
cloud of published datasets comprises 295 data repositories and more
than 30 billion RDF triples (as of September 2011).
RDF is based on globally unique and accessible URIs and it was
specifically designed to establish links between such URIs (or
resources). This is captured in the Linked Data paradigm that postulates
four rules: (1) Referred entities should be designated by URIs, (2)
these URIs should be resolvable over HTTP, (3) data should be
represented by means of standards such as RDF, (4) and a resource should
include links to other resources.
Although it is difficult to precisely identify the reasons for the
success of the LOD effort, advocates generally argue that open licenses
as well as open access are key enablers for the growth of such a network
as they provide a strong incentive for collaboration and contribution by
third parties. In his keynote at BNCOD 2011, Chris Bizer argued that
with RDF the overall data integration effort can be “split between data
publishers, third parties, and the data consumer”, a claim that can be
substantiated by observing the evolution of many large data sets
constituting the LOD cloud.
As written in the acknowledgement section, parts of this thesis has
received numerous feedback from other scientists, practitioners and
industry in many different ways. The main contributions of this thesis
are summarized here:
Part I – Introduction and Background.
During his keynote at the Language Resource and Evaluation Conference in
2012, Sören Auer stressed the decentralized, collaborative, interlinked
and interoperable nature of the Web of Data. The keynote provides strong
evidence that Semantic Web technologies such as Linked Data are on its
way to become main stream for the representation of language resources.
The jointly written companion publication for the keynote was later
extended as a book chapter in The People’s Web Meets NLP and serves as
the basis for “Introduction” and “Background”, outlining some stages of
the Linked Data publication and refinement chain. Both chapters stress
the importance of open licenses and open access as an enabler for
collaboration, the ability to interlink data on the Web as a key feature
of RDF as well as provide a discussion about scalability issues and
decentralization. Furthermore, we elaborate on how conceptual
interoperability can be achieved by (1) re-using vocabularies, (2) agile
ontology development, (3) meetings to refine and adapt ontologies and
(4) tool support to enrich ontologies and match schemata.
Part II - Language Resources as Linked Data.
“Linked Data in Linguistics” and “NLP & DBpedia, an Upward Knowledge
Acquisition Spiral” summarize the results of the Linked Data in
Linguistics (LDL) Workshop in 2012 and the NLP & DBpedia Workshop in
2013 and give a preview of the MLOD special issue. In total, five
proceedings – three published at CEUR (OKCon 2011, WoLE 2012, NLP &
DBpedia 2013), one Springer book (Linked Data in Linguistics, LDL 2012)
and one journal special issue (Multilingual Linked Open Data, MLOD to
appear) – have been (co-)edited to create incentives for scientists to
convert and publish Linked Data and thus to contribute open and/or
linguistic data to the LOD cloud. Based on the disseminated call for
papers, 152 authors contributed one or more accepted submissions to our
venues and 120 reviewers were involved in peer-reviewing.
“DBpedia as a Multilingual Language Resource” and “Leveraging the
Crowdsourcing of Lexical Resources for Bootstrapping a Linguistic Linked
Data Cloud” contain this thesis’ contribution to the DBpedia Project in
order to further increase the size and inter-linkage of the LOD Cloud
with lexical-semantic resources. Our contribution comprises extracted
data from Wiktionary (an online, collaborative dictionary similar to
Wikipedia) in more than four languages (now six) as well as
language-specific versions of DBpedia, including a quality assessment of
inter-language links between Wikipedia editions and internationalized
content negotiation rules for Linked Data. In particular the work
described in created the foundation for a DBpedia Internationalisation
Committee with members from over 15 different languages with the common
goal to push DBpedia as a free and open multilingual language resource.
Part III - The NLP Interchange Format (NIF).
“NIF 2.0 Core Specification”, “NIF 2.0 Resources and Architecture” and
“Evaluation and Related Work” constitute one of the main contribution of
this thesis. The NLP Interchange Format (NIF) is an RDF/OWL-based format
that aims to achieve interoperability between Natural Language
Processing (NLP) tools, language resources and annotations. The core
specification is included in and describes which URI schemes and RDF
vocabularies must be used for (parts of) natural language texts and
annotations in order to create an RDF/OWL-based interoperability layer
with NIF built upon Unicode Code Points in Normal Form C. In , classes
and properties of the NIF Core Ontology are described to formally define
the relations between text, substrings and their URI schemes. contains
the evaluation of NIF.
In a questionnaire, we asked questions to 13 developers using NIF. UIMA,
GATE and Stanbol are extensible NLP frameworks and NIF was not yet able
to provide off-the-shelf NLP domain ontologies for all possible domains,
but only for the plugins used in this study. After inspecting the
software, the developers agreed however that NIF is adequate enough to
provide a generic RDF output based on NIF using literal objects for
annotations. All developers were able to map the internal data structure
to NIF URIs to serialize RDF output (Adequacy). The development effort
in hours (ranging between 3 and 40 hours) as well as the number of code
lines (ranging between 110 and 445) suggest, that the implementation of
NIF wrappers is easy and fast for an average developer. Furthermore the
evaluation contains a comparison to other formats and an evaluation of
the available URI schemes for web annotation.
In order to collect input from the wide group of stakeholders, a total
of 16 presentations were given with extensive discussions and feedback,
which has lead to a constant improvement of NIF from 2010 until 2013.
After the release of NIF (Version 1.0) in November 2011, a total of 32
vocabulary employments and implementations for different NLP tools and
converters were reported (8 by the (co-)authors, including Wiki-link
corpus, 13 by people participating in our survey and 11 more, of
which we have heard). Several roll-out meetings and tutorials were held
(e.g. in Leipzig and Prague in 2013) and are planned (e.g. at LREC
2014).
Part IV - The NLP Interchange Format in Use.
“Use Cases and Applications for NIF” and “Publication of Corpora using
NIF” describe 8 concrete instances where NIF has been successfully used.
One major contribution in is the usage of NIF as the recommended RDF
mapping in the Internationalization Tag Set (ITS) 2.0 W3C standard
and the conversion algorithms from ITS to NIF and back. One outcome
of the discussions in the standardization meetings and telephone
conferences for ITS 2.0 resulted in the conclusion there was no
alternative RDF format or vocabulary other than NIF with the required
features to fulfill the working group charter. Five further uses of NIF
are described for the Ontology of Linguistic Annotations (OLiA), the
RDFaCE tool, the Tiger Corpus Navigator, the OntosFeeder and
visualisations of NIF using the RelFinder tool. These 8 instances
provide an implemented proof-of-concept of the features of NIF.
starts with describing the conversion and hosting of the huge Google
Wikilinks corpus with 40 million annotations for 3 million web sites.
The resulting RDF dump contains 477 million triples in a 5.6 GB
compressed dump file in turtle syntax. describes how NIF can be used to
publish extracted facts from news feeds in the RDFLiveNews tool as
Linked Data.
Part V - Conclusions.
provides lessons learned for NIF, conclusions and an outlook on future
work. Most of the contributions are already summarized above. One
particular aspect worth mentioning is the increasing number of
NIF-formated corpora for Named Entity Recognition (NER) that have come
into existence after the publication of the main NIF paper Integrating
NLP using Linked Data at ISWC 2013. These include the corpora converted
by Steinmetz, Knuth and Sack for the NLP & DBpedia workshop and an
OpenNLP-based CoNLL converter by Brümmer. Furthermore, we are aware of
three LREC 2014 submissions that leverage NIF: NIF4OGGD - NLP
Interchange Format for Open German Governmental Data, N^3 – A Collection
of Datasets for Named Entity Recognition and Disambiguation in the NLP
Interchange Format and Global Intelligent Content: Active Curation of
Language Resources using Linked Data as well as an early implementation
of a GATE-based NER/NEL evaluation framework by Dojchinovski and Kliegr.
Further funding for the maintenance, interlinking and publication of
Linguistic Linked Data as well as support and improvements of NIF is
available via the expiring LOD2 EU project, as well as the CSA EU
project called LIDER, which started in November 2013. Based on the
evidence of successful adoption presented in this thesis, we can expect
a decent to high chance of reaching critical mass of Linked Data
technology as well as the NIF standard in the field of Natural Language
Processing and Language Resources.:CONTENTS
i introduction and background 1
1 introduction 3
1.1 Natural Language Processing . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2 Open licenses, open access and collaboration . . . . . . 5
1.3 Linked Data in Linguistics . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.4 NLP for and by the Semantic Web – the NLP Inter-
change Format (NIF) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.5 Requirements for NLP Integration . . . . . . . . . . . . 10
1.6 Overview and Contributions . . . . . . . . . . . . . . . 11
2 background 15
2.1 The Working Group on Open Data in Linguistics (OWLG) 15
2.1.1 The Open Knowledge Foundation . . . . . . . . 15
2.1.2 Goals of the Open Linguistics Working Group . 16
2.1.3 Open linguistics resources, problems and chal-
lenges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.1.4 Recent activities and on-going developments . . 18
2.2 Technological Background . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.3 RDF as a data model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.4 Performance and scalability . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.5 Conceptual interoperability . . . . . . . . . . . . . . . . 22
ii language resources as linked data 25
3 linked data in linguistics 27
3.1 Lexical Resources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3.2 Linguistic Corpora . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
3.3 Linguistic Knowledgebases . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.4 Towards a Linguistic Linked Open Data Cloud . . . . . 32
3.5 State of the Linguistic Linked Open Data Cloud in 2012 33
3.6 Querying linked resources in the LLOD . . . . . . . . . 36
3.6.1 Enriching metadata repositories with linguistic
features (Glottolog → OLiA) . . . . . . . . . . . 36
3.6.2 Enriching lexical-semantic resources with lin-
guistic information (DBpedia (→ POWLA) →
OLiA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
4 DBpedia as a multilingual language resource:
the case of the greek dbpedia edition. 39
4.1 Current state of the internationalization effort . . . . . 40
4.2 Language-specific design of DBpedia resource identifiers 41
4.3 Inter-DBpedia linking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
4.4 Outlook on DBpedia Internationalization . . . . . . . . 44
5 leveraging the crowdsourcing of lexical resources
for bootstrapping a linguistic linked data cloud 47
5.1 Related Work . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
5.2 Problem Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
5.2.1 Processing Wiki Syntax . . . . . . . . . . . . . . 50
5.2.2 Wiktionary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
5.2.3 Wiki-scale Data Extraction . . . . . . . . . . . . . 53
5.3 Design and Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . 54
5.3.1 Extraction Templates . . . . . . . . . . . . . . . . 56
5.3.2 Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
5.3.3 Language Mapping . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
5.3.4 Schema Mediation by Annotation with lemon . 58
5.4 Resulting Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
5.5 Lessons Learned . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
5.6 Discussion and Future Work . . . . . . . . . . . . . . . 60
5.6.1 Next Steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
5.6.2 Open Research Questions . . . . . . . . . . . . . 61
6 nlp & dbpedia, an upward knowledge acquisition
spiral 63
6.1 Knowledge acquisition and structuring . . . . . . . . . 64
6.2 Representation of knowledge . . . . . . . . . . . . . . . 65
6.3 NLP tasks and applications . . . . . . . . . . . . . . . . 65
6.3.1 Named Entity Recognition . . . . . . . . . . . . 66
6.3.2 Relation extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
6.3.3 Question Answering over Linked Data . . . . . 67
6.4 Resources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
6.4.1 Gold and silver standards . . . . . . . . . . . . . 69
6.5 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
iii the nlp interchange format (nif) 73
7 nif 2.0 core specification 75
7.1 Conformance checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
7.2 Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
7.2.1 Definition of Strings . . . . . . . . . . . . . . . . 78
7.2.2 Representation of Document Content with the
nif:Context Class . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
7.3 Extension of NIF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
7.3.1 Part of Speech Tagging with OLiA . . . . . . . . 83
7.3.2 Named Entity Recognition with ITS 2.0, DBpe-
dia and NERD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
7.3.3 lemon and Wiktionary2RDF . . . . . . . . . . . 86
8 nif 2.0 resources and architecture 89
8.1 NIF Core Ontology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
8.1.1 Logical Modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
8.2 Workflows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
8.2.1 Access via REST Services . . . . . . . . . . . . . 92
8.2.2 NIF Combinator Demo . . . . . . . . . . . . . .
92
8.3 Granularity Profiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
93
8.4 Further URI Schemes for NIF . . . . . . . . . . . . . . .
95
8.4.1 Context-Hash-based URIs . . . . . . . . . . . . .
99
9 evaluation and related work 101
9.1 Questionnaire and Developers Study for NIF 1.0 . . . . 101
9.2 Qualitative Comparison with other Frameworks and
Formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
9.3 URI Stability Evaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
9.4 Related URI Schemes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
iv the nlp interchange format in use 109
10 use cases and applications for nif 111
10.1 Internationalization Tag Set 2.0 . . . . . . . . . . . . . . 111
10.1.1 ITS2NIF and NIF2ITS conversion . . . . . . . . . 112
10.2 OLiA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
10.3 RDFaCE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
10.4 Tiger Corpus Navigator . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
10.4.1 Tools and Resources . . . . . . . . . . . . . . . . 122
10.4.2 NLP2RDF in 2010 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
10.4.3 Linguistic Ontologies . . . . . . . . . . . . . . . . 124
10.4.4 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
10.4.5 Evaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
10.4.6 Related Work and Outlook . . . . . . . . . . . . 129
10.5 OntosFeeder – a Versatile Semantic Context Provider
for Web Content Authoring . . . . . . . . . . . . . . . . 131
10.5.1 Feature Description and User Interface Walk-
through . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
10.5.2 Architecture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
10.5.3 Embedding Metadata . . . . . . . . . . . . . . . 135
10.5.4 Related Work and Summary . . . . . . . . . . . 135
10.6 RelFinder: Revealing Relationships in RDF Knowledge
Bases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
10.6.1 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
10.6.2 Disambiguation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
10.6.3 Searching for Relationships . . . . . . . . . . . . 139
10.6.4 Graph Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . 140
10.6.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
11 publication of corpora using nif 143
11.1 Wikilinks Corpus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
11.1.1 Description of the corpus . . . . . . . . . . . . . 143
11.1.2 Quantitative Analysis with Google Wikilinks Cor-
pus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
11.2 RDFLiveNews . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
11.2.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
11.2.2 Mapping to RDF and Publication on the Web of
Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
v conclusions 149
12 lessons learned, conclusions and future work 151
12.1 Lessons Learned for NIF . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
12.2 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
12.3 Future Work . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
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Integration von Generalisierungsfunktionalität für die automatische Ableitung verschiedener Levels of Detail von OpenStreetMap WebkartenKlammer, Ralf 01 June 2011 (has links)
OpenStreetMap (OSM) konnte sich seit der Gründung 2004 sehr schnell etablieren und stellt mittlerweile eine konkrete Alternative gegenüber vergleichbaren kommerziellen Anwendungen dar. Dieser Erfolg ist eindeutig auf das revolutionäre Grundkonzept des Projektes zurückzuführen. Weltweit werden räumliche Daten durch Mitglieder erhoben und dem Projekt OSM zur Verfügung gestellt. Über die zugrunde liegenden Lizenzbestimmungen wird sichergestellt, dass OSM-Daten frei verfügbar und kostenfrei weiter verwendbar sind. Vor allem die Vorstellung der Unabhängigkeit von proprietären Daten hat zu starker, weiterhin zunehmender globaler Beteiligung geführt. Resultierend daraus erreichen die verfügbaren Daten inzwischen hohe Dichte sowie Genauigkeit.
Visualisierungen in Form von interaktiven, frei skalierbaren Weltkarten, welche über die vollständig automatisierten Softwarelösungen Mapnik und Osmarender erstellt werden, sind am weitesten verbreitet. Infolgedessen müssen kartographische Grundsätze und Regeln formalisiert und implementiert werden. Insbesondere in Bezug auf kartographische Generalisierung treten teils erhebliche Mängel in den entsprechenden Umsetzungen auf. Dies bildet den Ausgangspunkt der Untersuchung. Ausgehend von einer Ist-Analyse werden vorhandene Defizite identifiziert und anschließend Möglichkeiten zur Integration von Generalisierungsfunktionalitäten untersucht.
Aktuelle Entwicklungen streben die Anwendung interoperabler Systeme im Kontext kartographischer Generalisierung an, mit dem Ziel Generalisierungsfunktionalitäten über das Internet bereitzustellen. Grundlage hierfür bilden die vom Open Geospatial Consortium (OGC) spezifizierten Web Processing Services (WPS). Sie ermöglichen die Analyse und Verarbeitung räumlicher Daten. In diesem Zusammenhang werden Web Generalization Services (WebGen-WPS) auf mögliche Integration in die Softwarelösungen untersucht und bilden somit einen zentralen Untersuchungsgegenstand der vorliegenden Arbeit.
Mapnik stellt, nicht zuletzt durch dessen offengelegten Quelltext („Open Source“), optimale Voraussetzungen für jene Implementierungen zur Verfügung. Zur Verarbeitung von OSM-Daten verwendet Mapnik die freie Geodatenbank PostGIS, welche ebenfalls Funktionalitäten zur Analyse und Verarbeitung räumlicher Daten liefert. In diesem Kontext wird zusätzlich untersucht, inwiefern PostGIS-Funktionen Potential zur Anwendung kartographischer Generalisierung aufweisen.:Inhaltsverzeichnis
Aufgabenstellung ii
Zusammenfassung iii
Abstract iv
Abbildungsverzeichnis viii
Tabellenverzeichnis ix
Abkürzungsverzeichnis x
1 Einleitung 1
1.1 Motivation 1
1.2 Aufbau der Arbeit 4
2 Grundlagen 5
2.1 OpenStreetMap 5
2.1.1 Ablauf der Erstellung von OSM-Karten 6
2.1.2 Mapnik 9
2.2 Web Services 12
2.2.1 OGC Web Processing Services 12
2.2.2 Web Generalization Services 14
2.2.3 Verkettung von OGC Web Services 16
2.3 Kartographische Generalisierung 17
2.3.1 Konzeptionelle Modellvorstellungen 18
2.3.2 Generalisierungsoperatoren 22
3 OpenStreetMap & Generalisierung – aktueller Stand 24
3.1 Allgemeine Analyse und Kritik 25
3.2 OSM & konzeptionelle Modelle 28
4 Theoretische Überlegungen 31
4.1 Einbindung des WebGen-WPS 32
4.1.1 Direkteinbindung des WebGen-WPS 32
4.1.2 Einbindung von WebGen-WPS für „MRDB-OSM“ 34
4.2 PostGIS-Funktionen 36
4.3 OpenStreetMap - Generalisierungscommunity 38
5 Implementierungen & Ergebnisse 40
5.1 Technische Voraussetzungen 41
5.1.1 Systemvoraussetzungen 41
5.1.2 Testgebiet 41
5.2 Einbindung des WebGen-WPS in Mapnik 42
5.2.1 Einbindung in den automatischen Prozess 42
5.2.1.1 Allgemeiner Programmablauf 43
5.2.1.2 Implementierungsansätze 44
5.2.2 Praktische Umsetzung einer „MRDB-OSM“ 47
5.2.2.1 Verfahrensablauf 48
5.2.2.2 Polygonvereinfachung 51
5.2.2.3 Linienvereinfachung 57
5.3 Implementierung von PostGIS-Funktionen 59
5.3.1 Auswahl 59
5.3.2 Betonung 60
5.3.3 Linienvereinfachung 61
5.3.4 Polygonvereinfachung 61
6 Schlussfolgerungen und Ausblicke 65
6.1 Diskussion der Ergebnisse 65
6.2 Fazit 71
7 Quellennachweise 72
7.1 Literaturverzeichnis 72
7.2 Internetquellennachweis (ohne eindeutige Autoren) 77
8 Anhang 79 / OpenStreetMap (OSM) has established very quickly since its founding in 2004 and has become a suitable alternative to similar commercial applications. This success is clearly due to the revolutionary concept of the project. Spatial data is collected by members world-wide and is provided to the project OSM. The underlying license aggreement ensures that OSM-Data is freely available and can be used free of charge. Primarily, the idea of independence from proprietary data has led to strong, still growing, global participation. Resulting from that, the available data is now achieving high density and accuracy.
Visualizations in form of interactive, freely scalable maps of the world, which are constructed by the fully automated software solutions Mapnik and Osmarender are most common. In consequence cartographic principles and rules must be formalized and implemented. Particularly with respect to cartographic generalization, some serious faults appear in the corresponding implementations. This is the starting point of this diploma thesis. Based on an analysis of the current state, actual existing deficiencies are identified and then examined for possibilities to integrate generalization functionalities.
Recent developments aim at the deployment of interoperable systems in the context of cartographic generalization, with the intention of providing generalization functionalities over the Internet. This is based on Web Processing Services (WPS) that where developed by the Open Geospatial Consortium (OGC). They enable the analysis and processing of spatial data. In this context, Web Generalization Services (Webgen-WPS) are examined for possible integration into the software solutions and represent therefore a central object of investigation within that examination.
Mapnik provides, not least through its “open source” code, ideal conditions for those implementations. Mapnik uses the “open source” spatial database PostGIS for the processing of OSM-Data, which also provides capabilities to analyze and process spatial data. In this context is examined in addition, to what extent the features have potential for implementation of cartographic generalization.:Inhaltsverzeichnis
Aufgabenstellung ii
Zusammenfassung iii
Abstract iv
Abbildungsverzeichnis viii
Tabellenverzeichnis ix
Abkürzungsverzeichnis x
1 Einleitung 1
1.1 Motivation 1
1.2 Aufbau der Arbeit 4
2 Grundlagen 5
2.1 OpenStreetMap 5
2.1.1 Ablauf der Erstellung von OSM-Karten 6
2.1.2 Mapnik 9
2.2 Web Services 12
2.2.1 OGC Web Processing Services 12
2.2.2 Web Generalization Services 14
2.2.3 Verkettung von OGC Web Services 16
2.3 Kartographische Generalisierung 17
2.3.1 Konzeptionelle Modellvorstellungen 18
2.3.2 Generalisierungsoperatoren 22
3 OpenStreetMap & Generalisierung – aktueller Stand 24
3.1 Allgemeine Analyse und Kritik 25
3.2 OSM & konzeptionelle Modelle 28
4 Theoretische Überlegungen 31
4.1 Einbindung des WebGen-WPS 32
4.1.1 Direkteinbindung des WebGen-WPS 32
4.1.2 Einbindung von WebGen-WPS für „MRDB-OSM“ 34
4.2 PostGIS-Funktionen 36
4.3 OpenStreetMap - Generalisierungscommunity 38
5 Implementierungen & Ergebnisse 40
5.1 Technische Voraussetzungen 41
5.1.1 Systemvoraussetzungen 41
5.1.2 Testgebiet 41
5.2 Einbindung des WebGen-WPS in Mapnik 42
5.2.1 Einbindung in den automatischen Prozess 42
5.2.1.1 Allgemeiner Programmablauf 43
5.2.1.2 Implementierungsansätze 44
5.2.2 Praktische Umsetzung einer „MRDB-OSM“ 47
5.2.2.1 Verfahrensablauf 48
5.2.2.2 Polygonvereinfachung 51
5.2.2.3 Linienvereinfachung 57
5.3 Implementierung von PostGIS-Funktionen 59
5.3.1 Auswahl 59
5.3.2 Betonung 60
5.3.3 Linienvereinfachung 61
5.3.4 Polygonvereinfachung 61
6 Schlussfolgerungen und Ausblicke 65
6.1 Diskussion der Ergebnisse 65
6.2 Fazit 71
7 Quellennachweise 72
7.1 Literaturverzeichnis 72
7.2 Internetquellennachweis (ohne eindeutige Autoren) 77
8 Anhang 79
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Semi-automated Ontology Generation for Biocuration and Semantic SearchWächter, Thomas 27 October 2010 (has links)
Background:
In the life sciences, the amount of literature and experimental data grows at a tremendous rate. In order to effectively access and integrate these data, biomedical ontologies – controlled, hierarchical vocabularies – are being developed.
Creating and maintaining such ontologies is a difficult, labour-intensive, manual process. Many computational methods which can support ontology construction have been proposed in the past. However, good, validated systems are largely missing.
Motivation:
The biocuration community plays a central role in the development of ontologies. Any method that can support their efforts has the potential to have a huge impact in the life sciences.
Recently, a number of semantic search engines were created that make use of biomedical ontologies for document retrieval. To transfer the technology to other knowledge domains, suitable ontologies need to be created. One area where ontologies may prove particularly useful is the search for alternative methods to animal testing, an area where comprehensive search is of special interest to determine the availability or unavailability of alternative methods.
Results:
The Dresden Ontology Generator for Directed Acyclic Graphs (DOG4DAG) developed in this thesis is a system which supports the creation and extension of ontologies by semi-automatically generating terms, definitions, and parent-child relations from text in PubMed, the web, and PDF repositories. The system is seamlessly integrated into OBO-Edit and Protégé, two widely used ontology editors in the life sciences. DOG4DAG generates terms by identifying statistically significant noun-phrases in text. For definitions and parent-child relations it employs pattern-based web searches. Each generation step has been systematically evaluated using manually validated benchmarks. The term generation leads to high quality terms also found in manually created ontologies. Definitions can be retrieved for up to 78% of terms, child ancestor relations for up to 54%. No other validated system exists that achieves comparable results.
To improve the search for information on alternative methods to animal testing an ontology has been developed that contains 17,151 terms of which 10% were newly created and 90% were re-used from existing resources. This ontology is the core of Go3R, the first semantic search engine in this field. When a user performs a search query with Go3R, the search engine expands this request using the structure and terminology of the ontology. The machine classification employed in Go3R is capable of distinguishing documents related to alternative methods from those which are not with an F-measure of 90% on a manual benchmark. Approximately 200,000 of the 19 million documents listed in PubMed were identified as relevant, either because a specific term was contained or due to the automatic classification. The Go3R search engine is available on-line under www.Go3R.org.
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Digital Intelligence – Möglichkeiten und Umsetzung einer informatikgestützten Frühaufklärung: Digital Intelligence – opportunities and implementation of a data-driven foresightWalde, Peter 15 December 2010 (has links)
Das Ziel der Digital Intelligence bzw. datengetriebenen Strategischen Frühaufklärung ist, die Zukunftsgestaltung auf Basis valider und fundierter digitaler Information mit vergleichsweise geringem Aufwand und enormer Zeit- und Kostenersparnis zu unterstützen. Hilfe bieten innovative Technologien der (halb)automatischen Sprach- und Datenverarbeitung wie z. B. das Information Retrieval, das (Temporal) Data, Text und Web Mining, die Informationsvisualisierung, konzeptuelle Strukturen sowie die Informetrie. Sie ermöglichen, Schlüsselthemen und latente Zusammenhänge aus einer nicht überschaubaren, verteilten und inhomogenen Datenmenge wie z. B. Patenten, wissenschaftlichen Publikationen, Pressedokumenten oder Webinhalten rechzeitig zu erkennen und schnell und zielgerichtet bereitzustellen. Die Digital Intelligence macht somit intuitiv erahnte Muster und Entwicklungen explizit und messbar.
Die vorliegende Forschungsarbeit soll zum einen die Möglichkeiten der Informatik zur datengetriebenen Frühaufklärung aufzeigen und zum zweiten diese im pragmatischen Kontext umsetzen.
Ihren Ausgangspunkt findet sie in der Einführung in die Disziplin der Strategischen Frühaufklärung und ihren datengetriebenen Zweig – die Digital Intelligence.
Diskutiert und klassifiziert werden die theoretischen und insbesondere informatikbezogenen Grundlagen der Frühaufklärung – vor allem die Möglichkeiten der zeitorientierten Datenexploration.
Konzipiert und entwickelt werden verschiedene Methoden und Software-Werkzeuge, die die zeitorientierte Exploration insbesondere unstrukturierter Textdaten (Temporal Text Mining) unterstützen. Dabei werden nur Verfahren in Betracht gezogen, die sich im Kontext einer großen Institution und den spezifischen Anforderungen der Strategischen Frühaufklärung pragmatisch nutzen lassen. Hervorzuheben sind eine Plattform zur kollektiven Suche sowie ein innovatives Verfahren zur Identifikation schwacher Signale.
Vorgestellt und diskutiert wird eine Dienstleistung der Digital Intelligence, die auf dieser Basis in einem globalen technologieorientierten Konzern erfolgreich umgesetzt wurde und eine systematische Wettbewerbs-, Markt- und Technologie-Analyse auf Basis digitaler Spuren des Menschen ermöglicht.:Kurzzusammenfassung 2
Danksagung 3
Inhaltsverzeichnis 5
Tabellenverzeichnis 9
Abbildungsverzeichnis 10
A – EINLEITUNG 13
1 Hintergrund und Motivation 13
2 Beitrag und Aufbau der Arbeit 16
B – THEORIE 20
B0 – Digital Intelligence 20
3 Herleitung und Definition der Digital Intelligence 21
4 Abgrenzung zur Business Intelligence 23
5 Übersicht über unterschiedliche Textsorten 24
6 Informetrie: Bibliometrie, Szientometrie, Webometrie 29
7 Informationssysteme im Kontext der Digital Intelligence 31
B1 – Betriebswirtschaftliche Grundlagen der Digital Intelligence 36
8 Strategische Frühaufklärung 37
8.1 Facetten und historische Entwicklung 37
8.2 Methoden 41
8.3 Prozess 42
8.4 Bestimmung wiederkehrender Termini 44
8.5 Grundlagen der Innovations- und Diffusionsforschung 49
B2 – Informatik-Grundlagen der Digital Intelligence 57
9 Von Zeit, Daten, Text, Metadaten zu multidimensionalen zeitorientierten (Text)Daten 59
9.1 Zeit – eine Begriffsbestimmung 59
9.1.1 Zeitliche Grundelemente und Operatoren 59
9.1.2 Lineare, zyklische und verzweigte Entwicklungen 62
9.1.3 Zeitliche (Un)Bestimmtheit 62
9.1.4 Zeitliche Granularität 63
9.2 Text 63
9.2.1 Der Text und seine sprachlich-textuellen Ebenen 63
9.2.2 Von Signalen und Daten zu Information und Wissen 65
9.3 Daten 65
9.3.1 Herkunft 65
9.3.2 Datengröße 66
9.3.3 Datentyp und Wertebereich 66
9.3.4 Datenstruktur 67
9.3.5 Dimensionalität 68
9.4 Metadaten 69
9.5 Zusammenfassung und multidimensionale zeitorientierte Daten 70
10 Zeitorientierte Datenexplorationsmethoden 73
10.1 Zeitorientierte Datenbankabfragen und OLAP 76
10.2 Zeitorientiertes Information Retrieval 78
10.3 Data Mining und Temporal Data Mining 79
10.3.1 Repräsentationen zeitorientierter Daten 81
10.3.2 Aufgaben des Temporal Data Mining 86
10.4 Text Mining und Temporal Text Mining 91
10.4.1 Grundlagen des Text Mining 98
10.4.2 Entwickelte, genutzte und lizensierte Anwendungen des Text Mining 107
10.4.3 Formen des Temporal Text Mining 110
10.4.3.1 Entdeckung kausaler und zeitorientierter Regeln 110
10.4.3.2 Identifikation von Abweichungen und Volatilität 111
10.4.3.3 Identifikation und zeitorientierte Organisation von Themen 112
10.4.3.4 Zeitorientierte Analyse auf Basis konzeptueller Strukturen 116
10.4.3.5 Zeitorientierte Analyse von Frequenz, Vernetzung und Hierarchien 117
10.4.3.6 Halbautomatische Identifikation von Trends 121
10.4.3.7 Umgang mit dynamisch aktualisierten Daten 123
10.5 Web Mining und Temporal Web Mining 124
10.5.1 Web Content Mining 125
10.5.2 Web Structure Mining 126
10.5.3 Web Usage Mining 127
10.5.4 Temporal Web Mining 127
10.6 Informationsvisualisierung 128
10.6.1 Visualisierungstechniken 130
10.6.1.1 Visualisierungstechniken nach Datentypen 130
10.6.1.2 Visualisierungstechniken nach Darstellungsart 132
10.6.1.3 Visualisierungstechniken nach Art der Interaktion 137
10.6.1.4 Visualisierungstechniken nach Art der visuellen Aufgabe 139
10.6.1.5 Visualisierungstechniken nach Visualisierungsprozess 139
10.6.2 Zeitorientierte Visualisierungstechniken 140
10.6.2.1 Statische Repräsentationen 141
10.6.2.2 Dynamische Repräsentationen 145
10.6.2.3 Ereignisbasierte Repräsentationen 147
10.7 Zusammenfassung 152
11 Konzeptuelle Strukturen 154
12 Synopsis für die zeitorientierte Datenexploration 163
C – UMSETZUNG EINES DIGITAL-INTELLIGENCESYSTEMS 166
13 Bestimmung textbasierter Indikatoren 167
14 Anforderungen an ein Digital-Intelligence-System 171
15 Beschreibung der Umsetzung eines Digital-Intelligence-Systems 174
15.1 Konzept einer Dienstleistung der Digital Intelligence 175
15.1.1 Portalnutzung 177
15.1.2 Steckbriefe 178
15.1.3 Tiefenanalysen 180
15.1.4 Technologiescanning 185
15.2 Relevante Daten für die Digital Intelligence (Beispiel) 187
15.3 Frühaufklärungs-Plattform 188
15.4 WCTAnalyze und automatische Extraktion themenspezifischer Ereignisse 197
15.5 SemanticTalk 200
15.6 Halbautomatische Identifikation von Trends 204
15.6.1 Zeitreihenkorrelation 205
15.6.2 HD-SOM-Scanning 207
D – ZUSAMMENFASSUNG 217
Anhang A: Prozessbilder entwickelter Anwendungen des (Temporal) Text Mining 223
Anhang B: Synopsis der zeitorientierten Datenexploration 230
Literaturverzeichnis 231
Selbstständigkeitserklärung 285
Wissenschaftlicher Werdegang des Autors 286
Veröffentlichungen 287
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Supply Chain Event Management – Bedarf, Systemarchitektur und Nutzen aus Perspektive fokaler Unternehmen der ModeindustrieTröger, Ralph 10 November 2014 (has links) (PDF)
Supply Chain Event Management (SCEM) bezeichnet eine Teildisziplin des Supply Chain Management und ist für Unternehmen ein Ansatzpunkt, durch frühzeitige Reaktion auf kritische Ausnahmeereignisse in der Wertschöpfungskette Logistikleistung und -kosten zu optimieren.
Durch Rahmenbedingungen wie bspw. globale Logistikstrukturen, eine hohe Artikelvielfalt und volatile Geschäftsbeziehungen zählt die Modeindustrie zu den Branchen, die für kritische Störereignisse besonders anfällig ist. In diesem Sinne untersucht die vorliegende Dissertation nach einer Beleuchtung der wesentlichen Grundlagen zunächst, inwiefern es in der Modeindustrie tatsächlich einen Bedarf an SCEM-Systemen gibt.
Anknüpfend daran zeigt sie nach einer Darstellung bisheriger SCEM-Architekturkonzepte Gestaltungsmöglichkeiten für eine Systemarchitektur auf, die auf den Designprinzipien der Serviceorientierung beruht. In diesem Rahmen erfolgt u. a. auch die Identifikation SCEM-relevanter Business Services. Die Vorzüge einer serviceorientierten Gestaltung werden detailliert anhand der EPCIS (EPC Information Services)-Spezifikation illustriert.
Abgerundet wird die Arbeit durch eine Betrachtung der Nutzenpotenziale von SCEM-Systemen. Nach einer Darstellung von Ansätzen, welche zur Nutzenbestimmung infrage kommen, wird der Nutzen anhand eines Praxisbeispiels aufgezeigt und fließt zusammen mit den Ergebnissen einer Literaturrecherche in eine Konsolidierung von SCEM-Nutzeffekten. Hierbei wird auch beleuchtet, welche zusätzlichen Vorteile sich für Unternehmen durch eine serviceorientierte Architekturgestaltung bieten.
In der Schlussbetrachtung werden die wesentlichen Erkenntnisse der Arbeit zusammengefasst und in einem Ausblick sowohl beleuchtet, welche Relevanz die Ergebnisse der Arbeit für die Bewältigung künftiger Herausforderungen innehaben als auch welche Anknüpfungspunkte sich für anschließende Forschungsarbeiten ergeben.
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Supply Chain Event Management – Bedarf, Systemarchitektur und Nutzen aus Perspektive fokaler Unternehmen der ModeindustrieTröger, Ralph 17 October 2014 (has links)
Supply Chain Event Management (SCEM) bezeichnet eine Teildisziplin des Supply Chain Management und ist für Unternehmen ein Ansatzpunkt, durch frühzeitige Reaktion auf kritische Ausnahmeereignisse in der Wertschöpfungskette Logistikleistung und -kosten zu optimieren.
Durch Rahmenbedingungen wie bspw. globale Logistikstrukturen, eine hohe Artikelvielfalt und volatile Geschäftsbeziehungen zählt die Modeindustrie zu den Branchen, die für kritische Störereignisse besonders anfällig ist. In diesem Sinne untersucht die vorliegende Dissertation nach einer Beleuchtung der wesentlichen Grundlagen zunächst, inwiefern es in der Modeindustrie tatsächlich einen Bedarf an SCEM-Systemen gibt.
Anknüpfend daran zeigt sie nach einer Darstellung bisheriger SCEM-Architekturkonzepte Gestaltungsmöglichkeiten für eine Systemarchitektur auf, die auf den Designprinzipien der Serviceorientierung beruht. In diesem Rahmen erfolgt u. a. auch die Identifikation SCEM-relevanter Business Services. Die Vorzüge einer serviceorientierten Gestaltung werden detailliert anhand der EPCIS (EPC Information Services)-Spezifikation illustriert.
Abgerundet wird die Arbeit durch eine Betrachtung der Nutzenpotenziale von SCEM-Systemen. Nach einer Darstellung von Ansätzen, welche zur Nutzenbestimmung infrage kommen, wird der Nutzen anhand eines Praxisbeispiels aufgezeigt und fließt zusammen mit den Ergebnissen einer Literaturrecherche in eine Konsolidierung von SCEM-Nutzeffekten. Hierbei wird auch beleuchtet, welche zusätzlichen Vorteile sich für Unternehmen durch eine serviceorientierte Architekturgestaltung bieten.
In der Schlussbetrachtung werden die wesentlichen Erkenntnisse der Arbeit zusammengefasst und in einem Ausblick sowohl beleuchtet, welche Relevanz die Ergebnisse der Arbeit für die Bewältigung künftiger Herausforderungen innehaben als auch welche Anknüpfungspunkte sich für anschließende Forschungsarbeiten ergeben.
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