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Clonal Expansion and Epigenetic Inheritance Shape Long-Lasting NK cell Memory

Rückert, Timo 09 December 2022 (has links)
Die Selektion klonal expandierender Zellen mit einzigartigen, somatisch rekombinierten Anti-gen-Rezeptoren und die Langlebigkeit der daraus hervorgehenden Gedächtniszellen sind definierende Eigenschaften adaptiver Immunität. Dahingegen ist das angeborene Immunsystem da-rauf programmiert, mittels einer breiten Palette konservierter Rezeptoren möglichst schnell auf Pathogene zu reagieren und wird dabei auf Populationsebene epigenetisch geprägt. In dieser Arbeit möchte ich dieses Paradigma auf der Basis von Natürlichem Killer (NK) Zell-Gedächtnis an das humane Zytomegalievirus (HCMV) als Beispiel für Pathogen-spezifische Anpassung innerhalb des angeborenen Immunsystems herausfordern. Indem wir multiparametrische Einzel-zellanalysen zur Kartierung von ex vivo NK Zellen mit endogenen Barcodes in Form von soma-tischen Mutationen in mitochondrialer DNA (mtDNA) verknüpfen, können wir drastische klonale Expansionen adaptiver NK Zellen in HCMV+ Spendern nachweisen. NK-Zell-Klonotypen waren durch eine ihnen gemeinsame, inflammatorische Gedächtnissignatur mit AP1 Motiven gekennzeichnet, die eine Reihe einzigartiger Chromatin-Regionen mit Klon-spezifischer Zugänglichkeit überlagerte. NK-Zell-Klone wurden über einen Zeitraum von bis zu 19 Monaten stabil aufrechterhalten und behielten dabei ihre charakteristischen, Klon-spezifischen epigenetischen Signaturen, was die entscheidende Rolle klonaler Vererbung von Chromatin-Zugänglichkeit für die Prägung des epigenetischen Gedächtnis-Repertoires unterstreicht. Insgesamt identifiziert diese Arbeit zum ersten Mal klonale Expansion und Persistenz innerhalb des angeborenen Immunsystems im Menschen und deutet daraufhin, dass diese zentralen Mechanismen zur Ausbildung von immunologischem Gedächtnis evolutionär unabhängig von diversifizierten Antigen-Rezeptoren entstanden sind. / A hallmark of adaptive immunity is the clonal selection and expansion of cells with somatically diversified receptors and their long-term maintenance as memory cells. The innate immune system, in contrast, is wired to rapidly respond to pathogens via a broad set of germline-encoded receptors, acquiring epigenetic imprinting at the population level. The presented work challenges this paradigm by studying Natural Killer (NK) cell memory to human Cytomegalovirus (HCMV) infection as an example of pathogen-specific adaptation within the innate immune system. Leveraging single-cell multi-omic maps of ex vivo NK cells and somatic mitochondrial DNA (mtDNA) mutations as endogenous barcodes, we reveal drastic clonal expansions of adaptive NK cells in HCMV+ individuals. NK cell clonotypes were characterized by a convergent inflammatory memory signature driven by AP1 transcription factor activity, superimposed on a private set of clone-specific accessible chromatin regions. Strikingly, NK cell clones were stably maintained in their specific epigenetic states for up to 19 months, revealing that clonal inheritance of chromatin accessibility shapes the epigenetic memory repertoire. Together, this work presents the first identification of clonal expansion and persistence within the human innate immune system, suggesting these central mechanisms of immune memory have evolved independently of antigen-receptor diversification.
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Molekulargenetische Verwandtschaftsanalysen am prähistorischen Skelettkollektiv der Lichtensteinhöhle / Molecular genetic kinship analyses of the prehistoric skeletal collective from the Lichtenstein cave

Schilz, Felix 02 May 2006 (has links)
No description available.
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Competitive, Neutral, or Cooperative Outcome Interdependence? - Consequences on the Behavioral and Perceptional Level / Kompetitiver, neutraler oder kooperativer Anreizzusammenhang? - Konsequenzen auf dem Verhaltens- und Wahrnehmungslevel

Belz, Michael 17 April 2012 (has links)
No description available.
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Practical approaches to macromolecular X-ray structure determination / Angewandte Methoden zur Röntgenstrukturbestimmung von Makromolekülen

Thorn, Andrea 23 June 2011 (has links)
No description available.
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Characterizing predictive auditory processing with EEG

Reiche, Martin 20 June 2017 (has links) (PDF)
Predictive coding theorizes the capacity of neural structures to form predictions about forthcoming sensory events based on previous sensory input. This concept increasingly gains attention within experimental psychology and cognitive neuroscience. In auditory research, predictive coding has become a useful model that elegantly explains different aspects of auditory sensory processing and auditory perception. Many of these aspects are backed up by experimental evidence. However, certain fundamental features of predictive auditory processing have not been addressed so far by experimental investigations, like correlates of neural predictions that show up before the onset of an expected event. Four experiments were designed to investigate the proposed mechanism under more realistic conditions as compared to previous studies by manipulating different aspects of predictive (un)certainty, thereby examining the ecological validity of predictive processing in audition. Moreover, predictive certainty was manipulated gradually across five conditions from unpredictable to fully predictable in linearly increasing steps which drastically decreases the risk of discovering incidental findings. The results obtained from the conducted experiments partly confirm the results from previous studies by demonstrating effects of predictive certainty on ERPs in response to omissions of potentially predictable stimuli. Furthermore, results partly suggest that the auditory system actively engages in stimulus predictions in a literal sense as evidenced by gradual modulations of pre-stimulus ERPs associated with different degrees of predictive certainty. However, the current results remain inconsistent because the observed effects were relatively small and could not consistently be replicated in all follow-up experiments. The observed effects could be regained after accumulating the data across all experiments in order to increase statistical power. However, certain questions remain unanswered regarding a valid interpretation of the results in terms of predictive coding. Based on the current state of results, recommendations for future investigations are provided at the end of the current thesis in order to improve certain methodological aspects of investigating predictive coding in audition, including considerations on the design of experiments, possible suitable measures to investigate predictive coding in audition, recommendations for data acquisition and data analysis as well as recommendations for publication of results.
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Characterizing predictive auditory processing with EEG

Reiche, Martin 09 June 2017 (has links)
Predictive coding theorizes the capacity of neural structures to form predictions about forthcoming sensory events based on previous sensory input. This concept increasingly gains attention within experimental psychology and cognitive neuroscience. In auditory research, predictive coding has become a useful model that elegantly explains different aspects of auditory sensory processing and auditory perception. Many of these aspects are backed up by experimental evidence. However, certain fundamental features of predictive auditory processing have not been addressed so far by experimental investigations, like correlates of neural predictions that show up before the onset of an expected event. Four experiments were designed to investigate the proposed mechanism under more realistic conditions as compared to previous studies by manipulating different aspects of predictive (un)certainty, thereby examining the ecological validity of predictive processing in audition. Moreover, predictive certainty was manipulated gradually across five conditions from unpredictable to fully predictable in linearly increasing steps which drastically decreases the risk of discovering incidental findings. The results obtained from the conducted experiments partly confirm the results from previous studies by demonstrating effects of predictive certainty on ERPs in response to omissions of potentially predictable stimuli. Furthermore, results partly suggest that the auditory system actively engages in stimulus predictions in a literal sense as evidenced by gradual modulations of pre-stimulus ERPs associated with different degrees of predictive certainty. However, the current results remain inconsistent because the observed effects were relatively small and could not consistently be replicated in all follow-up experiments. The observed effects could be regained after accumulating the data across all experiments in order to increase statistical power. However, certain questions remain unanswered regarding a valid interpretation of the results in terms of predictive coding. Based on the current state of results, recommendations for future investigations are provided at the end of the current thesis in order to improve certain methodological aspects of investigating predictive coding in audition, including considerations on the design of experiments, possible suitable measures to investigate predictive coding in audition, recommendations for data acquisition and data analysis as well as recommendations for publication of results.:1. Introduction ... 5 1.1 An introduction to predictive coding theory ... 9 1.2 Predictive coding in audition ... 11 1.3 Electrophysiological correlates of predictive auditory processing ... 14 1.4 Limitations of previous research and aims of the thesis ... 21 2. Traditional correlates of auditory prediction ... 24 2.1 Experiment 1: Reliability of auditory predictions ... 25 2.2 Experiment 2: Accuracy of auditory predictions ... 39 3. Pre-stimulus correlates of auditory prediction ...47 3.1 Pre-stimulus effects in Experiment 1 and 2 ... 48 3.2 Experiment 3: Temporal dynamics of auditory prediction ... 56 3.3 Experiment 4: The influence of omissions on stimulus processing ... 64 4 Results across experiments ... 74 4.1 Methods ... 76 4.2 Results ... 80 4.3 Discussion ... 82 5. General Discussion ... 87 5.1 Implications for current research ... 89 5.2 Recommendations for future investigations ... 93 5.3 Future prospects ... 101 5.4 Conclusion ... 104 References ...106 Appendix ... 116
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Spreading Processes in Human Systems

Maier, Benjamin F. 15 January 2020 (has links)
Menschliche Systeme werden seit einiger Zeit modelliert und analysiert auf der Basis der Theorie komplexer Netzwerke. Dies erlaubt es quantitativ zu untersuchen, welche strukturellen und zeitlichen Merkmale eines Systems Ausbreitungsprozesse beeinflussen, z.B. von Informationen oder von Infektionskrankheiten. Im ersten Teil der Arbeit wird untersucht, wie eine modular-hierarchische Struktur von statischen Netzwerken eine schnelle Verbreitung von Signalen ermöglicht. Es werden neue Heuristiken entwickelt um die Random-Walk-Observablen “First Passage Time” und “Cover Time” auf lokal geclusterten Netzwerken zu ermitteln. Vergleiche mit der Approximation eines gemittelten Mediums zeigen, dass das Auftreten der beobachteten Minima der Observablen ein reiner Netzwerkeffekt ist. Es wird weiterhin dargelegt, dass nicht alle modular-hierarchischen Netzwerkmodelle dieses Phänomen aufweisen. Im zweiten Teil werden zeitlich veränderliche face-to-face Kontaktnetzwerke auf ihre Anfälligkeit für Infektionskrankheiten untersucht. Mehrere Studien belegen, dass Menschen vornehmlich Zeit in Isolation oder kleinen, stark verbundenen Gruppen verbringen, und dass ihre Kontaktaktivität einem zirkadianen Rhythmus folgt. Inwieweit diese beiden Merkmale die Ausbreitung von Krankheiten beeinflussen, ist noch unklar. Basierend auf einem neuen Modell wird erstmals gezeigt, dass zirkadian variierende Netzwerke Trajektorien folgen in einem Zustandsraum mit einer strukturellen und einer zeitlichen Dimension. Weiterhin wird dargelegt, dass mit zunehmender Annäherung der zeitlichen Dimension von System und Krankheit die systemische Infektionsanfälligkeit sinkt. Dies steht in direktem Widerspruch zu Ergebnissen anderer Studien, die eine zunehmende Anfälligkeit vorhersagen, eine Diskrepanz, die auf die Ungültigkeit einer weit verbreiteten Approximation zurückzuführen ist. Die hier vorgestellten Ergebnisse implizieren, dass auf dem Gebiet die Entwicklung neuer theoretischer Methoden notwendig ist. / Human systems have been modeled and analyzed on the basis of complex networks theory in recent time. This abstraction allows for thorough quantitative analyses to investigate which structural and temporal features of a system influence the evolution of spreading processes, such as the passage of information or of infectious diseases. The first part of this work investigates how the ubiquitous modular hierarchical structure of static real-world networks allows for fast delivery of messages. New heuristics are developed to evaluate random walk mean first passage times and cover times on locally clustered networks. A comparison to average medium approximations shows that the emergence of these minima are pure network phenomena. It is further found that not all modular hierarchical network models provide optimal message delivery structure. In the second part, temporally varying face-to-face contact networks are investigated for their susceptibility to infection. Several studies have shown that people tend to spend time in small, densely-connected groups or in isolation, and that their connection behavior follows a circadian rhythm. To what extent both of these features influence the spread of diseases is as yet unclear. Therefore, a new temporal network model is devised here. Based on this model, circadially varying networks can for the first time be interpreted as following trajectories through a newly defined systemic state space. It is further revealed that in many temporally varying networks the system becomes less susceptible to infection when the time-scale of the disease approaches the time-scale of the network variation. This is in direct conflict with findings of other studies that predict increasing susceptibility of temporal networks, a discrepancy which is attributed to the invalidity of a widely applied approximation. The results presented here imply that new theoretical advances are necessary to study the spread of diseases in temporally varying networks.
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Measurement and relevance of rhythmic and aperiodic human brain dynamics

Kosciessa, Julian Q. 11 November 2020 (has links)
Menschliche Hirnsignale von der Kopfhaut bieten einen Einblick in die neuronalen Prozesse, denen Wahrnehmung, Denken und Verhalten zugrunde liegen. Rhythmen, die historisch den Grundstein für die Erforschung großflächiger Hirnsignale legten, sind ein häufiges Zeichen neuronaler Koordination, und damit von weitem Interesse für die kognitiven, systemischen und komputationalen Neurowissenschaften. Typischen Messungen von Rhythmizität fehlt es jedoch an Details, z. B. wann und wie lange Rhythmen auftreten. Darüber hinaus weisen neuronale Zeitreihen zahlreiche dynamische Muster auf, von denen nur einige rhythmisch erscheinen. Obwohl aperiodischen Beiträgen traditionell der Status irrelevanten „Rauschens“ zugeschrieben wird, attestieren neuere Erkenntnisse ihnen ebenfalls eine Signalrolle in Bezug auf latente Hirndynamik. Diese kumulative Dissertation fasst Projekte zusammen, die darauf abzielen, rhythmische und aperiodische Beiträge zum menschlichen Elektroenzephalogramm (EEG) methodisch zu dissoziieren, und ihre Relevanz für die flexible Wahrnehmung zu untersuchen. Projekt 1 ermittelt insbesondere die Notwendigkeit und Durchführbarkeit der Trennung rhythmischer von aperiodischer Aktivität in kontinuierlichen Signalen. Projekt 2 kehrt diese Perspektive um und prüft Multiscale Entropy als Index für die Unregelmäßigkeit von Zeitreihen. Diese Arbeit weist auf methodische Probleme in der klassischen Messung zeitlicher Unregelmäßigkeit hin, und schlägt Lösungen für zukünftige Anwendungen vor. Abschließend untersucht Projekt 3 die neurokognitive Relevanz rhythmischer und aperiodischer Zustände. Anhand eines parallelen multimodalen EEG-fMRT-Designs mit gleichzeitiger Pupillenmessung liefert dieses Projekt erste Hinweise dafür, dass erhöhte kognitive Anforderungen Hirnsignale von einem rhythmischen zu einem unregelmäßigen Regime verschieben und impliziert gleichzeitige Neuromodulation und thalamische Aktivierung in diesem Regimewechsel. / Non-invasive signals recorded from the human scalp provide a window on the neural dynamics that shape perception, cognition and action. Historically motivating the assessment of large-scale network dynamics, rhythms are a ubiquitous sign of neural coordination, and a major signal of interest in the cognitive, systems, and computational neurosciences. However, typical descriptions of rhythmicity lack detail, e.g., failing to indicate when and for how long rhythms occur. Moreover, neural times series exhibit a wealth of dynamic patterns, only some of which appear rhythmic. While aperiodic contributions are traditionally relegated to the status of irrelevant ‘noise’, they may be informative of latent processing regimes in their own right. This cumulative dissertation summarizes and discusses work that (a) aims to methodologically dissociate rhythmic and aperiodic contributions to human electroencephalogram (EEG) signals, and (b) probes their relevance for flexible cognition. Specifically, Project 1 highlights the necessity, feasibility and limitations of dissociating rhythmic from aperiodic activity at the single-trial level. Project 2 inverts this perspective, and examines the utility of multi-scale entropy as an index for the irregularity of brain dynamics, with a focus on the relation to rhythmic and aperiodic descriptions. By highlighting prior biases and proposing solutions, this work indicates future directions for measurements of temporal irregularity. Finally, Project 3 examines the neurocognitive relevance of rhythmic and aperiodic regimes with regard to the neurophysiological context in which they may be engaged. Using a parallel multi-modal EEG-fMRI design with concurrent pupillometry, this project provides initial evidence that elevated demands shift cortical dynamics from a rhythmic to an irregular regime; and implicates concurrent phasic neuromodulation and subcortical thalamic engagement in these regime shifts.
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Immunochemical and chromatographic methods for two anthropogenic markers of contamination in surface waters

Carvalho, Jose Joao 08 December 2011 (has links)
Koffein (1,3,7-Trimethylxanthin) und Coprostanol (5beta-cholestan-3beta-ol) wurden im Berliner Oberflächenwasser nachgewiesen. Ihre Konzentrationen korrelierten mit dem Verunreinigungsgrad der Proben, was nahelegt, dass sie sich als Marker für menschliche Aktivität eignen. Bemerkenswerterweise wurde Koffein in jeder einzelnen Oberflächenwasserprobe oberhalb der Bestimmungsgrenze von 0,025 µg/L gefunden. Um Oberflächenwasserproben in größeren Serien zu untersuchen, war die Entwicklung zweier neuer Methoden erforderlich: ein Immunoassay, basierend auf einem monoklonalen Antikörper für Koffein und eine dispersive flüssig-flüssig Mikroextraktionsmethode (DLLME), gefolgt von Flüssigkeitschromatographie gekoppelt mit Tandem-Massenspektrometrie (LC-MS/MS) für Coprostanol. Der entwickelte Koffein-Immunoassay zeigt die beste je erhaltene Nachweisgrenze für Koffein (0,001 µg/L), erlaubt Hochdurchsatz-Analysen und erfordert keine Probenvorbereitung. Der Assay wurde auch erfolgreich für die Messung von Koffein in Getränken, Haarwaschmitteln, Koffeintabletten und menschlichem Speichel angewendet. Antikörper gegen Coprostanol sind nicht kommerziell erhältlich. Eine neue Strategie Anti-Coprostanol-Antikörper zu generieren wurde erarbeitet, die eine analoge Verbindung – Isolithocholsäure (ILA) – als Hapten verwendet, mit der eine Gruppe von Mäusen immunisiert wurde. Ein polyklonales Anti-ILA-Serum wurde produziert, welches Coprostanol bindet, aber die niedrige Affinität erlaubte nicht den Aufbau eines Immunoassays, der die Messung von Umweltkonzentrationen des Anayten (im Bereich ng/L) zulässt. Spezifische Anti-ILA-Immunglobuline G wurden auch in den Faeces der Mäuse gefunden. Coprostanol wurde in den Wasserproben durch die Verwendung einer neuentwickelten LC-MS/MS-Methode unter APCI-Ionisation (atmospheric pressure chemical ionisation) gemessen. Konzentrationen oberhalb von 0,1 µg/L wurden nach Voranreicherung der Probe mittels DLLME bestimmt. / Caffeine (1,3,7-trimethylxanthine) and coprostanol (5beta-cholestan-3beta-ol) were detected in samples of Berlin’s surface water. Their concentrations correlated with the contamination status of the samples, suggesting their usefulness as markers of human activity. Remarkably, caffeine concentrations were always well above the limit of quantitation of 0.025 µg/L. In order to screen surface water samples in larger series, the development of two novel methods was required: a monoclonal antibody-based immunoassay for caffeine and a dispersive liquid-liquid microextraction (DLLME) method, followed by liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) for coprostanol. The caffeine immunoassay developed shows the best analytical limit of detection (LOD) obtained so far for caffeine (0.001 µg/L), allows high-throughput analysis, and does not require sample pre-treatment. The assay was also successfully employed to measure caffeine in beverages, shampoos, caffeine tab-lets, and human saliva. Antibodies to coprostanol are not commercially available. A new strategy to generate anti-coprostanol antibodies was elaborated using an analogous com-pound as hapten – isolithocholic acid (ILA) – and immunizing a group of mice. A polyclonal anti-ILA serum was produced, which binds coprostanol but the low affinity did not permit setting up an immunoassay to measure environmental concentrations of the analyte (in the range of ng/L). Specific anti-ILA immunoglobulin G were also found in the faeces of the immunized mice. Coprostanol was quantified in the water samples using a newly developed LC-MS/MS method using atmospheric pressure chemical ionisation (APCI). Concentrations above 0.1 µg/L were determined after sample preconcentration using DLLME. This extraction method also proved to be successful for enrichment of coprostanol-related compounds such as cholesterol, cholestanol, cholestanone, ergosterol, and stigmasterol.
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Technik und Bildung in der verwissenschaftlichten Lebenswelt

Lumila, Minna 02 June 2023 (has links)
Die Studie versucht, Husserls Modell einer nicht-wissenschaftlichen Lebenswelt für pädagogische Untersuchungen zum Verhältnis von Technik und Bildung in der verwissenschaftlichen Welt zu öffnen. Sie diskutiert Entwicklungsprobleme der Spätmoderne unter pluralen Fragestellungen und führt Ansätze und Traditionen zusammen, die unterschiedliche Wege zur Weiterentwicklung der modernen Bildungstheorie beschritten haben. Im Zentrum steht die Frage, wie moderne Technik einerseits als lebensweltliche Entfremdung des Menschen problematisiert und andererseits als Produkt menschlicher Freiheit und Weltgestaltung gewürdigt werden kann. In vier Kapiteln werden die methodischen Ansätze und Antworten vorgestellt, die der Philosoph und Pädagoge Eugen Fink (1905–1975), der Philosoph Martin Heidegger (1889–1976), der Philosoph und Erziehungswissenschaftler Theodor Litt (1880–1962) und der Soziologe Helmut Schelsky (1912–1984) auf die Frage nach dem Verhältnis von Bildung und Technik gegeben haben. Im Durchgang durch ihre Positionen wird ein Konzert erarbeitet, dessen Originalität darin liegt, Abstimmungsprobleme von Bildung, Technik und Lebenswelt aus postdualistischer, praxistheoretischer sowie posthumanistischer Perspektive zu thematisieren. / The study attempts to open Husserl's model of a non-scientific lifeworld for pedagogical investigations of the relationship between technology and “Bildung” in the scientific world. It discusses developmental problems of late modernity under plural questions and brings together approaches and traditions that have taken different paths to the further development of modern “Bildungs”-theory. The central question is how modern technology can be problematized on the one hand as the alienation of human beings from the world of life and on the other hand be appreciated as a product of human freedom and the shaping of the world. Four chapters present the methodological approaches and answers that philosopher and educator Eugen Fink (1905–1975), philosopher Martin Heidegger (1889–1976), philosopher and educationalist Theodor Litt (1880–1962), and sociologist Helmut Schelsky (1912–1984) have given to the question of the relationship between education and technology. In the course of their positions, a concert will be developed whose originality lies in addressing the coordination problems of “Bildung” (education), “Technik” (technology) and “Lebenswelt” (lifeworld) from a post-dualist, praxis-theoretical as well as post-humanist perspective.

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