• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 85
  • 73
  • Tagged with
  • 158
  • 158
  • 158
  • 158
  • 158
  • 29
  • 20
  • 19
  • 18
  • 15
  • 15
  • 14
  • 14
  • 7
  • 6
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
141

Uppföljningsinventering av Karlsviks och Bohults naturreservat - observerade förändringar sedan reservaten bildades / Follow-up inventory of Karlsvik and Bohult nature reserves - observed changes since their establishment

Ljungkvist, Max, Trapp, Adam January 2020 (has links)
Abstract Broadleaved forests are highly valuable biotopes with important recreational value and contain rich occurrences of species of conservation concern. To monitor the development of nature values in a forest ecosystem during an interval of approximately ten years, follow-up inventories were carried out, following the first inventories which took place ten years ago in two nature reserves (Karlsvik and Bohult) dominated by broadleaved trees in the county of Halland, Sweden. Indicator species of lichen and moss were searched for and compared to the first inventories. The results show that both reserves contain more indicator species today than approximately ten years ago, though a change in the species composition was observed. In Bohult fewer indicator lichens were observed, although more observations were made of indicator mosses - making the total number of indicator species higher than in the previous inventory. Potential explanations to the differing results of the two reserves were discussed and assessed to be for varied reasons. The observed increased occurrences of indicator species may be due to increased continuity leading to bigger and older trees which make way for more epiphytes. The observed decreased occurrences of indicator species may be due to human activity such as newly carried out clearcutting in close proximity to the reserve (which could lead to edge effects or other environmental stresses), nitrogen deposition or exploitation. An observed threat for both reserves is the increasing growth of norway spruce (Picea abies) which may outcompete broadleaved species and the potential indicator species they may inhabit. / Sammanfattning Ädellövskogar är mycket värdefulla naturtyper med höga rekreationsvärden och med rika förekomster av naturvårdsarter. För att utvärdera förändringen av skogliga naturvärden inom en tidsperiod av ca tio år utfördes uppföljningsinventeringar av två tidigare inventerade naturreservat som domineras av ädellövskog i Hallands län i Sverige. Signalarter av lavar och mossor eftersöktes och jämfördes med tidigare funna signalarter. Båda reservatens ursprungliga inventeringar utfördes för ca tio år sedan och resultaten visar att de båda reservaten nu har fler signalarter än tidigare, samtidigt som en förändring observerades i artsammansättningen då samtliga signalarter ej återfanns. I Bohult observerades färre signalartslavar, men fler signalartsmossor - vilket resulterade i ett större antal signalarter totalt för området. Potentiella förklaringar till de skilda förändringarna diskuterades och bedömdes bero på varierande orsaker. Det större antalet observerade signalarter skulle kunna förklaras av ökad tid för kontinuitet med fler grova och äldre träd som utgör lämpliga substrat för kolonisering av de eftersökta signalarterna. Det färre antalet observerade signalartslavar i Bohult skulle kunna bero på mänsklig påverkan i form av nyligen utförda kalavverkningar i angränsning till reservatet, vilket kan bidra till kanteffekter eller andra påfrestningar på miljön. Kvävenedfall, dikning av vattendrag eller annan exploatering föreslås också som möjlig orsak. Ett observerat hot för båda reservaten var igenväxningen av gran, vilken skulle kunna konkurrera med ädellövträden och de signalarter de kan husera.
142

Beteenden hos befruktad allmän dammussla (Anadonta anatina) i en stressande miljö : Kritiskt temperaturmaximum (KTM) i relation till befruktning / Behaviors of fertilized common duck mussel (Anodonta anatina) in a stressful environment : Critical temperature maximum (CTM) in relation to fertilization

Blad, Sara January 2022 (has links)
Den globala uppvärmningen förväntas öka jordens medeltemperatur framledes, vilket innebär att nederbördmönster kommer att ändras till följd av torka och översvämningar. Detta kommer att innebära ett ökat hot för många sötvattensmusslor, som redan är en av de mest hotade grupperna i världen. Temperaturen är en essentiell abiotisk faktor som styr fortplantning, tillväxt och överlevnad. Att mäta kritiskt temperaturmaximum (KTM) är en metod som är framtaget för att användas för att få en förståelse huruvida organismer tål värmeökningar. Under processen sker en gradvis uppvärmning under ett snabbt förlopp, och vid uppnådd KTM utsätts organismen för en extrem stress. Vid flertalet utförda inventeringar i Sverige har uteblivna föryngringar av sötvattensmusslor upptäckts. Syftet är därav att vi i detta experiment ska se om det råder skillnader i värmekänslighet hos befruktade musslor kontra obefruktade musslor. Hypoteserna är (1) befruktad dammussla når KTM tidigare än obefruktad dammussla och (2) befruktad dammusslas fot är utan rörelsekontroll vid en lägre temperatur än hos de obefruktade.  Allmän dammussla (Anodonta anatina) användes till experimentet, då den är helt utesluten ur den internationella rödlistan och vanligt förekommande i svenska sötvatten. Musslorna, vilka plockades i Alsterälven, acklimatiserades i fyra dygn i 10 °C. Under experimentet värmdes vattnet kontinuerligt med 0,3 °C/min, tills KTM hade uppnåtts. Resultatet för hypotes (1) visar att befruktade dammusslor hade ett signifikant högre KTM än obefruktade (t-test, p=0,039), vilket är tvärtemot min hypotes. Resultat för hypotes (2) visar ingen skillnad mellan grupperna (t-test, p=0,54). Varför befruktade musslor uppnådde ett högre KTM skulle kunna bero på att glochidierna stört filtreringen, så pass att gälfunktionen stärkts, vilket lett till att de klarar att hålla igång filtreringen och sin egen metabolism vid högre temperaturer. Mer studier behövs för att få en ökad förståelse över musslors känslighet av temperaturförändringar. / Global warming is expected to increase the earth's average temperature in the future, which means that precipitation patterns will change as a result of droughts and floods. This will pose an increased threat to many freshwater mussels, which are already one of the most endangered groups in the world. Temperature is an essential abiotic factor that controls reproduction, growth and survival. Critical temperature maximum (CTM) is a method that has been developed to be used to gain an understanding of whether organisms can tolerate heat increases. During the process, a gradual heating takes place during a rapid process, and when CTM is reached, the organism is exposed to extreme stress. In the majority of inventories carried out in Sweden, missing rejuvenations of freshwater mussels have been discovered. The purpose is that in this experiment we will see if there are differences in heat sensitivity of fertilized mussels versus unfertilized mussels. The hypotheses are that (1) fertilized mussels reaches their CTM earlier than unfertilized mussels and (2) fertilized mussels relax their foot completely at a lower temperature than the unfertilized mussels. The result for hypothesis (1) shows that fertilized mussels had a significantly higher CTM than unfertilized (t-test, p = 0.039), which is contrary to my hypothesis. Results for hypothesis (2) show no difference between the groups (t-test, p = 0.54). The common duck mussel (Anodonta anatina) was used for the experiment, as it is not in the international red list and is commonly found in Swedish freshwaters. The mussels, which are from the Alsterälven River, were acclimatized for four days in 10 °C river water before the experiment. During the experiment, the water was continuously heated at 0.3 °C/min, until the CTM was reached. Why fertilized mussels achieved a higher CTM could be due to the fact that the glochidians disrupted the filtration, so much so that the gill function was strengthened, which led to them being able to keep the filtration going and their own metabolism at higher temperatures. More studies are needed to gain an increased understanding of mussels' sensitivity to temperature changes.
143

What is the potential to increase local biodiversity in semi-urban amenity grasslands through meadow constructions?

Östberg, Alexandra January 2022 (has links)
The loss of biodiversity worldwide and methods of prevention are hot subjects receiving increased interest in todays’ research. Meadow construction in urban areas has been the focus of recent studies to increase both local and global biodiversity. In my report, I address potential analyses to conduct in advance before practical meadow constructions in a landscape. The subject I chose to focus on for this report was a LONA-project aimed to construct meadows on contemporary amenity grasslands in a semi-urban municipality. I used vegetation data from an inventory executed in 2021. Patches were in advance classified based on conditions observed during the inventory with class 1 obtaining the highest meadow potential, class 2 obtaining mediocre potential, and class 3 weak or no potential. I analysed vegetation data on species richness, environmental indicator values, and composition. Additionally, I analysed the soil types and historical land uses in the study area to display credible soil characteristics. The order of Lepidoptera was used as a model taxon for pollinators and the red-listed Marsh fritillary (Euphydryas aurinia) was separately analysed for conservational purposes. To illustrate the landscapes’ ability to facilitate the dispersal of butterflies, connectivity analyses of varying meadow construction scenarios were executed. Results indicate higher species richness on average per patch and more indicator species in class 1, suggesting a better starting point and making quality assessments more credible in comparison to class 2. Underlaying soil type seems to some extent to influence the meadow potential by affecting vegetation composition and hence butterfly occurrence in terms of host plant distribution. I could however not draw any conclusions from the effect of historical land use on current patch classifications, and consequently meadow potential. To facilitate for E. aurinia to widen its distribution in the study area, and to avoid local extinction, further conservational efforts should focus on mimicking the conditions and current management of the powerline corridor, that currently yields high diversity of butterflies and abundance of E. aurinia, to other powerline corridors in the study area. To facilitate dispersal of butterflies and other pollinators, target meadow areas of both class 1 and class 2 patches should be constructed to avoid patch isolation, as illustrated in the connectivity analyses. Further research is needed to investigate other factors possibly affecting suitability of grasslands for meadow construction.
144

Hunden som resurs inom svensk naturvård

Jensen, Tina, Langanger, Sofie January 2023 (has links)
Användningen av sökhundar som hjälpmedel och verktyg inom naturvården är i Sverige hittills ett litet område med några få verksamma aktörer. Men precis som hos tull, polis och försvarsmakt kan hundarna implementeras i naturvårdsverksamheten som ett standardverktyg. Hunden har en unik förmåga att selektera dofter och vilja att samarbeta med människan. Dessa egenskaper kan utnyttjas för att effektivisera arbetet inom naturvården. Vi har gjort en sammanställning av aktörer i Sverige samt en litteraturstudie över forskningsområdet och jämfört dessa för att ge förslag till vidare användning av naturvårdssökhundar i Sverige. För flera av användningsområdena finns forskning som stödjer hundarnas effektivitet. Inom några användningsområden finns däremot ingen forskning, därför hade dessa behövt studeras närmare för att bekräfta hudarnas effektivitet. Flera potentiella nationella användningsområden för naturvårdssökhundar har identifierats, som spillningsinventering av fladdermöss, skadegörare som almsjuka, hotade arter, invasiva växter och däggdjur, läckor på avloppsledningar, nedlagda deponier och laboratorieanalyser. Vårt förslag för att underlätta framtida arbete både för kunder och aktörer, är en samlad databas där alla operativa aktörer inom naturvårdssökhund är inkluderade. / In Sweden the use of detection dogs as a tool in nature conservation has until now been a small field, with few practitioners. In the daily operations of customs, police and the armed forces, detection dogs are a natural part of the organization and the same could be possible in conservation work. The dog’s ability to select between scents and their willingness to work with humans make them unique, utilizing these traits can make conservation work more efficient. The Swedish practitioners are compiled, and the available research is reviewed, the practitioners are then compared to the international research, to suggest further implication in Sweden. There are some practitioners working with conservation detection dogs today, research supports the dog’s efficiency in some areas, but in some areas research is absent. These areas would need studies to confirm the dog’s efficiency. We suggest potential areas for implantation in Sweden, such as scat detection of bats, pests like elm decease, threatened species, invasive species, sewage leaks, disused landfills, and laboratory analyses. Our suggestion is a national database for all conservation detection dogs, to aid future work for both practitioners and customers.
145

Tillväxt och etablering efter nyplantering av ålgräs (Zostera marina) i Halland

Rathsman, Jens, Ljung, Angelica January 2023 (has links)
Ålgräs fungerar som ekosystemingenjörer som förser både människan och naturen med en mängd viktiga ekosystemtjänster och tillhandahåller olika ekosystemfunktioner. Ålgräsängens vegetation skapar en fysisk struktur till den annars kala, mjuka ler- eller sandbottnen och ökar den biologiska mångfalden. En annan viktig funktion som ålgräsängar skapar är habitat som fungerar som barnkammare för olika fiskarter, såsom torsk, flundror och sej. Det uppskattas att cirka 30% av de kända arealerna av ålgräsängar har försvunnit globalt och att 7% försvinner årligen. I Sverige kan liknande historiska förluster av ålgräs visas, bara i Bohuslän har 60% försvunnit sedan 1980-talet och ålgräsängarna fortsätter att minska till följd av fortsatt exploatering av kustområden. I detta projekt har vi undersökt ålgräsets förmåga till etablering samt dess tillväxt efter förflyttning och omplantering i ett nytt habitat vid Hallands kust. Plantering av ålgräs har inte tidigare gjorts i Halland och syftet med denna studie var att se om plantering var möjligt och hur stor tillväxt det sker på blad samt antal nya tillväxande vegetativa skott.Våra resultat visade att det fanns signifikanta skillnader för ålgräsets överlevnad mellan de tre olika metoder som vi utförde vid plantering. Vår metod singelskottsmetoden visade sig vara mest lyckad vid platsen, som låg på ett område med relativt hög våg- och vindexponering, vilket vi anser är typiskt för den Halländska kusten. De andra två metoderna, nätmetoden samt grillspettsmetoden, som användes inkluderade förankring av plantorna vilket resulterade i sämre överlevnad. Detta kan ha berott på att det fanns flera stressfaktorer vid platsen som vågor, vind och algpåväxt och att förankring störde ålgräsets etablering. / Eelgrass act as ecosystem engineers, providing both humans and nature with a variety of important ecosystem services and providing various ecosystem functions. The vegetation that eelgrass beds provide is a physical structure to the otherwise bare, soft clay or sand seabed and increases biodiversity. Another important function that eelgrass beds provide is that they create habitats that act as nurseries for various fish species, such as cod, flounder and pollock. It is estimated that around 30% of the known areas of eelgrass meadows have disappeared globally and that 7% is decreasing annually. In Sweden, similar historical losses of eelgrass can be seen, only in Bohuslän, 60% has disappeared since the 1980s and continues to decrease as a result of continued exploitation of coastal areas.  In this project, we have investigated the ability of eelgrass to establish as well as its growth after relocation and replanting in a new habitat on the coast of Halland. Planting of eelgrass has not previously been done in Halland, so the purpose of this study was to see if this was possible and how much growth occurs on leaves and the amount of new growing vegetative shoots. Our results showed that there were significant differences in the survival of the eelgrass between the three different methods we used when planting. Our method the single-shoot method proved to be most successful at the site, which was in an area with relatively high wave and wind exposure, which we believe is typical for the coast of Halland. The other two methods used, the netmethod and skewermethod, included anchoring the plants which resulted in poorer survival. This may have been because there were several stress factors at the site such as waves, wind and algae growth and that anchoring disturbed the establishment of the eelgrass.
146

Nattbelysningens påverkan på förekomsten av nattfjärilar i Halmstads urbana grönområden.

Andersson, Nelly, Lindeberg, Richard January 2023 (has links)
Sammanfattning Nattfjärilar är en utsatt grupp när det kommer till nattbelysning, eftersom nattbelysning påverkar processer som födosök och reproduktion samt ökar deras mortalitet genom stress och ökad risk för predation. Mörka och belysta lokaler i Halmstads urbana grönområden undersöktes för att studera nattbelysningens påverkan på nattfjärilars individantal och artdiversitet. I studien visade vi på signifikanta skillnader hos både nattfjärilars individantal samt artdiversitet mellan de mörka och belysta lokalerna, där tillhörande analyser visade signifikant färre antal individer och likaså negativ trend för artdiversiteten. Analyserna visade att minskad artdiversitet och individantal i belysta lokaler inte var signifikant korrelerat med belysningsstyrkan i lokalerna. Dock finns det indikationer på att belysningsstyrkan eventuellt haft en negativ påverkan på individantalet och artdiversiteten av nattfjärilar i denna studie. Det fanns en belyst lokal som utmärkte sig med ovanligt hög diversitet där artdiversiteten var det tredje högsta uppmätta värdet i hela studien. Detta kan eventuellt bero på förekomsten av blommande buskage vilket återfanns i direkt anslutning till inventeringsområdet. Vi föreslår därför att blommande växter och buskage kan implementeras som åtgärd för att förebygga nattbelysningens påverkan på nattfjärilspopulationer. Kompletterande samt uppföljande studier av ämnet kring vilka växter som passar specifikt för nattfjärilar behövs, då det i dagsläget är ett ämne som i Sverige behöver utvecklas innan implementering av passande växter kan bli en lämplig åtgärd. / Abstract Moths are a vulnerable group when exposed to night lighting, it affects their basic drives such as foraging and reproduction and increases their mortality through stress and increased risk of predation. Dark and illuminated localities in Halmstads’ urban green areas were inventoried to study the impact of night illumination on the number of individuals and species diversity of moths. In the study, significant differences were found in the individual number of moths and species diversity between the dark and illuminated localities, which could not be significantly correlated to illuminance present in the localities. However, there were indications that illuminance may still have negatively affected the number of individuals and species diversity of moths in this study. There was one illuminated locality that stood out from the rest where species diversity was the third highest measurement from the entire study, which can possibly be attributed to the presence of flowering shrubs. Therefore we suggest that flowering shrubbery can be implemented as a measure to prevent the impact of night illumination on moth populations and becomes the basis for supplementary and follow-up studies of the subject.
147

Sexualkunskapsnorm(h)en : En läromedelsstudie ur queerfeministiskt perspektiv / Normal sex education? : A queer feminist analysis of teaching materials

Ramevik, Amanda January 2022 (has links)
Till hösten 2022 börjar nya läroplaner gälla i den svenska skolan. För gymnasieskolan gäller en av ändringarna hur kunskapsområdet som nu benämns sexualitet, samlevnad och relationer, förkortat SeSaR, ska behandlas. SeSaR kommer även fortsättningsvis vara ett ämnes­övergripande kunskapsområde men då biologiämnet, i synnerhet gymnasiekursen biologi 2, kan anses inneha en av nyckelrollerna i området står just det i fokus här. Denna uppsats avser att besvara frågeställningen: ”Hur förhåller sig de formuleringar och ordval som återfinns i texter om kunskapsområdet SeSaR i läromedel tillhörande gymnasiekursen biologi 2 till hur området uttrycks i styrdokumenten?”. Fyra kapitel i olika läromedel har lästs och analyserats mot styr­dokumenten samt med en queerteoretisk bas. Slutsatsen är att de analyserade läromedlen i sin helhet ej kan anses samstämmiga med hur SeSaR ska behandlas. / By the autumn of 2022, new curricula will come into force in the Swedish school system. Regarding the upper secondary school, one part of the revision concerns how the area that will be called sexuality, coexistence, and relationships, or SeSaR (from the Swedish term sexualitet, samlevnad och relationer) for short, is to be treated. SeSaR will continue to be an inter­disciplinary area of knowledge, but since the biology subject, in particular the upper secondary course called biology 2, can be considered to hold one of the key roles in the area, this is what is in focus here. This essay intends to answer the question: "How does the phrasings and word choices found in texts about SeSaR in teaching materials belonging to the upper secondary course biology 2 relate to how the area is expressed in the governing policies?". Four chapters in different teaching materials have been read and analysed with respect to the governing policies and with a basis in queer theory. The conclusion is that the analysed teaching materials in their entirety cannot be considered consistent with how SeSaR is to be treated.
148

Förekomst av mikroplaster i tångmärlor (Gammaridae) längs södra Hallandskusten

Karlsson, Joakim January 2020 (has links)
Since the middle of the 20th century, scientists have observed that marine organisms ingest plastics in various shapes, directly or through food. Plastics smaller than 5 millimetres, called microplastics, have in recent years gained more attention and been found to accumulate environmental toxins. A family of organisms which have been found to ingest microplastics is Gammaridae, which are important as food sources and detritivores in many ecosystems. In this study, the occurrence of microplastics in marine gammarids was investigated in three rural and three urban areas, along the coast of Halland and northern Skåne. The aim was to find out if these organisms contain microplastics and to compare the occurrence in rural versus urban areas. Microplastics were found in 33 (approx. 14.9 %) of 221 samples, ranging from 0 to 3 microplastics per individual. A significant difference in the average amount of microplastics per individual was found between the rural and urban areas; the urban areas had a higher average, with one exception. In other studies, urban areas have been found to often contain more microplastics than rural areas, increasing the possibility that organisms in these areas ingest plastics. With more boat traffic and inhabitants in general, along with streams transferring plastics from inland areas, the amount of emissions in urban areas can be greater than in rural parts. The result shows that microplastics occur in marine gammarids in the 3 examined areas and that these organisms therefore may have an important part in the transfer of microplastics between trophic levels. / Sedan mitten av 1900-talet har forskare observerat att marina organismer tar in plaster i olika former, direkt eller via föda. Plastpartiklar mindre än 5 millimeter, så kallade mikroplaster, har på senare år fått större uppmärksamhet och har också visat sig kunna ackumulera miljögifter. En familj av organismer som man funnit mikroplaster i är tångmärlor (Gammaridae), vilka i många ekosystem är viktiga som födokällor och nedbrytare. I denna studie undersöktes förekomsten av mikroplaster i marina tångmärlor på tre lokaler i stadsområden respektive landsbygdsområden, längs Hallandskusten och Skånes norra kust. Syftet var att se ifall dessa organismer innehåller mikroplaster samt jämföra förekomsten i landsbygdsområden kontra stadsområden. Av 221 analyserade prov förekom mikroplaster i 33 (ca 14,9 %) och förekomsten per individ varierade från 0 till 3 mikroplaster. En signifikant skillnad i medelvärde av mikroplaster per individ fanns mellan landsbygdsområden och urbana områden; urbana områden innehöll i genomsnitt mer men med ett undantag. I andra studier har man funnit belägg för att stadsområden ofta innehåller mer mikroplaster än landsbygdsområden, något som ökar risken för att organismer i dessa områden tar in plaster. Med mer båttrafik och antal invånare överlag, tillsammans med vattendrag som för med sig plast från inlandet, kan det i dessa områden ge en större utsläppsmängd i jämförelse med i landsbygdsområden. Resultatet visar på att mikroplaster förekommer i marina tångmärlor i de undersökta områdena och att dessa organismer därmed kan vara en viktig del i överföringen av mikroplaster mellan trofiska nivåer.
149

Avloppsvattenbaserad epidemiologi med fokus på SARS-CoV-2 : Analys inom Västerås kommun

Gruvnäs, Amanda January 2021 (has links)
Globalt har hela världens befolkning påverkats både ekonomiskt och psykiskt av coronaviruset SARS-CoV-2, som har drabbat så många människor med covid-19 att det klassas som en pandemi. Strax efter pandemins utbrott upptäcktes det att viruset utsöndras från avföring och ut i spillvattennätet som leder till reningsverken. Då virusmängden ökar i avloppsvattnet ökar även covid-19 fallen i samhället. Ökning av virusmängd i avloppsvatten kan nämligen signalera om att det förekommer smittspridning i samhället. Avloppsvattenbaserad övervakning kan dock användas som komplement till andra teststrategier vilket EU-kommissionen har nämnt i en rekommendation. Trender kan analyseras för att i ett tidigt skede informera sjukvård och regioner om ökad smittspridning.  På Kungsängens reningsverk i Västerås kommun har Mälarenergi analyserat avloppsvattnet för att ta reda på om ökning av virus i avloppsvatten kan indikera på ökad smittspridning i Västerås kommun. De har samlat in proverna och skickat det till SGS Analytics AB Sweden som har analyserat proverna med RT-qPCR. CT-värdena har normaliserats med vattenflöden. Korrelationstest har gjorts mellan virusmängd i avloppsvattnet och covid-19 fall, dödsfall samt IVA-fall. Det fanns ett signifikant svagt negativt samband mellan virusmängd i avloppsvatten och covid-19 fall per vecka. Mellan virusmängd och IVA-fall eller dödsfall fanns inget samband. Det finns en del felkällor som kan ha påverkat virusmängden. Vid höga vattenflöden kan PCR inhibitorer från tillskottsvatten och lakvatten ha påverkat CT-värdena. Värdena är höga på sommaren trots att covid-19 fall, dödsfall och IVA-fall var som lägst. Inhibitorer skapar direkt eller indirekt högre CT-värden vilket tolkas som lägre virusmängder.
150

Design, expression and purification of virus-like particles derived from metagenomic studies : Virus-like Particles (VLP) of novel Partitiviridae species, Hubei.PLV 11, and novel Soutern pygmy squid flavilike virus were designed, expressed using the bac-to-bac expression system and then pruified using various methods

Ayranci, Diyar January 2021 (has links)
Viruses are entities which are made of a few genes and are reliant on obligate parasitism to propagate. Due to the obligate connection to their hosts, virus evolution is constrained to the type of host. Viruses however do transmit to evolutionary distinct hosts; in these cases, the phylogenetic relationship of the hosts usually are close. In some instances, RNA-viruses have made host jumps between evolutionary distant hosts, such as the host jump from invertebrates to vertebrates, and fungi to arthropod. Partitiviruses are double stranded RNA viruses which mainly infect fungi and plants. The defining characteristic of these double stranded RNA viruses are the double layered capsids which are formed by a single open reading frame (ORF). The capsid proteins form icosahedral virus particles which are in the magnitude of 30-40 nm. Metagenomic studies have discovered partitiviruses originating from an insect in the Odanata family, a finding which contradicts the fungal host specificity of partitiviruses. The finding of the Hubei.PLV 11 thus implies the existence of a partitiviruses containing structural elements in their capsids which could be involved in the infection of arthropods. Thus, this virus could be used as a model for a structural comparison with its fungi infecting relatives with hopes to identify common viral structural factors necessary for the infection of arthropods. For this purpose, the Hubei.PLV ORF was cloned and then transfected into insect Spodoptera frugiperda (Sf-9) cells using a baculovirus expression system, “bac-to-bac” expression system. The FLAG-tagged capsid proteins were expressed by the Sf-9 cells to be approximately 60 kDa. After ultra-centrifugation in a sucrose gradient, some spontaneous assembly into the expected ~40 nm icosahedral virus-like particles were observed using low resolution scanning electron microscopy. The observed particles were also confirmed by a dynamic light scattering experiment (DLS) and a higher resolution cryo-EM microscope. Thus, the bac-to-bac expression system can be used to produce VLPs from this genus of viruses, and this metagenomically derived virus genome. However, for future success in defining a high-resolution model of this virus, it is recommended that the Sf-9 culture volume is sufficiently high for enough particle production which is necessary for a high-resolution map. The other virus, the Southern pygmy squid Flavilike virus (SpSFV) has been suggested to be the oldest relative of the land based flaviviruses. The SpSFV was found to be the most divergent of the flaviviruses, and to infect invertebrates. Solving for the structure of the SpSFV and comparing it to vertebrate infecting flaviviruses could therefore lead to the identification of factors necessary for the adaptation to vertebrates and thus the humoral immunity by flaviviruses. The soluble E-protein was expressed using the bac-to-bac expression system. The protein was indicated to be multiglycosylated and approximately 50 kDa which is in line with other strains in the genus. Affinity chromatography did not elute this protein, likely due to the His-tag not being spatially available. Cation exchange could elute some protein, but not much from the small ~30 mL culture. To conclude, VLP assembly was confirmed by the Hubei.PLV, thus, solving for the structure is a distinct possibility when a larger Sf-9 culture is used to produce the VLPs. For the SpSFV soluble E-protein, the protein is secreted into the supernatant of the Sf-9 cultures, making purification a possibility. For this, a large Sf-9 culture can be used to produce this protein and then purify it with a cat-ion exchange chromatography.

Page generated in 0.0739 seconds